В 1644 г. во время приезда московских послов по делу самозванца Лубы, по их желанию, игумен сообщил им все нужные сведения о своем бывшем ученике, с которым он вновь познакомился в Бресте. Когда король Владислав отправил Лубу с послом своим Стемпковским в Москву, то Филиппович был взят под стражу и заключен в оковы в качестве заложника, т. е. он должен был своею головою отвечать за безопасность самозванца. По возвращении сего последнего игумен получил свободу. Во время своего заключения он написал несколько полемических сочинений против латино-униатов и, между прочим, наиболее известное из них, озаглавленное «Диариуш», где горячо и живо изображает гонения, воздвигаемые на православие, а также рассказывает бывшие ему чудесные видения и таинственные голоса. В 1648 году, при начале восстания Хмельницкого, поляки схватили Филипповича под предлогом, будто он тайно посылал казакам порох и возмутительные листы. Когда же на требование иезуитов, чтобы он принял унию, игумен отвечал решительным отказом и проклятием унии, поляки подвергли его мучительной смерти.
Итак, хотя король Владислав IV не следовал католическому фанатизму своего отца, много смягчал или отменял правительственные меры, направленные в пользу унии и против православия, однако толчок, данный латино-униатскому движению, продолжал действовать и в царствование сего веротерпимого короля. Латино-униатская партия, опираясь на сильную католическую иерархию, особенно на Иезуитский орден, а также на польско-русскую католическую аристократию, после недолгого перемирия, вызванного смертию Сигизмунда III, возобновила свой наступательный образ действия; опять всеми возможными средствами стала теснить православие и постепенно отнимать у него почву, несмотря на его успешную оборону в эпоху Петра Могилы. Почти во всех областях Юго-Западной Руси кипела то открытая, то глухая вероисповедная борьба; причем обиды и насилия, чинимые православным, обыкновенно остаются безнаказанными, а их обращения к суду тщетными. Постепенная утрата почвы прежде всего обусловливалась отступничеством русских дворянских родов, которые продолжают переходить в католичество отчасти под влиянием иезуитской пропаганды, а главное, из-за мирских выгод: так как королевская власть наделяет должностями, сенаторством, староствамии тому подобными благами по преимуществу католиков; людей же православных обходит, невзирая ни на какие их заслуги. И, однако, православие все еще было крепко, преимущественно в южнорусском населении, собственно, в мещанстве и крестьянстве, опиравшихся на казачество. С католичеством в Польше и Литве продолжала еще бороться сильная протестантская партия, в особенности Социнианская секта; поэтому возникновение раскола, раздвоившего Южнорусскую церковь на унитов и дизунитов (православных), и происшедшие отсюда их враждебные отношения только увеличили элементы государственного разлада и разложения.
Ближайшею целью унии было церковное объединение, которое теснее сблизило бы русских с поляками. Потом, при усвоении первыми родственного польского языка и польской культуры, могло бы произойти сплочение их в одну народность, конечно польскую, и сия последняя чрез то сделалась бы самою сильною среди славянских племен. Таков обычный процесс усвоения (ассимиляции) какого-либо народа, лишенного политической самобытности, другим народом, поставленным в господствующее положение или вообще в более благоприятные условия. Но в данном случае этот исторический закон вошел в столкновение с другими историческими законами, а именно: во-первых, западнорусская народность численностию своею далеко превосходила народность польскую, а ее старая, греко-славянская культура, несмотря на свой упадок, нелегко могла уступить культуре латино-польской. Во-вторых, хотя западные и южные руссы и были тогда лишены политической самобытности, но и поляки, при внешнем величии Речи Посполитой (опиравшемся преимущественно на ее русские силы), внутри уже страдали недостатком крепкой центральной власти, т. е. недостатком прочной политической организации. А потому религиозные распри и смуты неизбежно должны были еще более расшатать эту непрочную организацию и подготовить ее падение к тому времени, когда на помощь Западной Руси выступит ее могучая соплеменница, Русь Восточная.