Великая опасность, грозившая от мятежного казачества с юго-востока, вызвала в столице усиленные меры для борьбы с Заруцким. Из Москвы посылались многие грамоты, от царя, от духовенства, бояр и Великой Земской думы с увещаниями казачеству, чтобы оно оставалось верным новоизбранному царю и не соединялось с Ивашкою Заруцким; причем те же грамоты рассказывали о его вероломных, изменнических действиях во время московского разорения.
Увещания эти подкреплялись посылкою на Дон и на Волгу царских подарков деньгами, сукнами, хлебными и военными припасами. Отправленные против него воеводы, князь Ив. Ник. Одоевский и окольничий Семен Васильевич Головин, с дьяком Юдиным, собрав рать в украинных областях, зазимовали в Казани и с своей стороны также посылали увещательные грамоты казакам. Увещания, очевидно, подействовали. Казацкие общины с их атаманами, в свою очередь, начали пересылаться между собою, обсуждать дело в своих кругах. Тут скоро обнаружилось, что старые казаки более наклонны были служить новоизбранному царю Михаилу, а молодые тянули к Заруцкому, ради добычи и разгула. Часть покинула Заруцкого еще на походе его к Астрахани и принесла повинную; царь простил их и отправил под Смоленск. На место них в Астрахань пришло на Вербной неделе более пяти сотен волжских казаков, «хотевших добыть себе зипунов», как они выражались. Но прибытие их вместо помощи ускорило его падение.
Естественно, господство свое Заруцкий поддерживал казнями и пытками недовольных граждан и грабежом их имущества. Обижал также духовенство и кощунствовал: например, взял из одного храма серебряное кадило и велел слить из него себе стремена. Подобно калужскому вору, он окружал себя татарами, которых щедро кормил и поил и с которыми разъезжал по окрестностям. Марина, с своей стороны, держала себя высокомерно, наподобие царицы; помня московскую кровавую заутреню 17 мая, она между прочими мерами предосторожности, запретила благовест к заутрене, под предлогом, что он пугает ее маленького сына. С прибытием помянутого отряда казаков Заруцкий сделался еще более жестоким и самовластным, что наконец вызвало открытое восстание астраханцев; поводом к тому послужил пущенный между ними слух, что в самое Светлое воскресенье должна была произойти резня лучших граждан. Заруцкий с 800 волжских казаков и несколькими сотнями других мятежников заперся в Кремле, а восставшие граждане защищались на посаде; между той и другой стороной начались ожесточенные бои.
Решительный удар делу Заруцкого нанесло отложившееся от него, ближнее к Астрахани, терское казачество.
Воеводою на Тереке был Петр Головин, по-видимому, любимый жителями. Заруцкий вздумал отделаться от него, по примеру Хворостинина, велел взять его и привести в Астрахань. Но терские люди не выдали Головина. А когда между ними также прошел слух, что Заруцкий на Великий день (Светлое воскресенье) собирается нагрянуть в Терский город, чтобы казнить воеводу и непокорных людей, там немедля присягнули на верность царю Михаилу Феодоровичу. После чего Головин отправил под Астрахань 700 человек под начальством стрелецкого головы Василия Хохлова. Прибытие этого отряда дало явный перевес восставшим астраханцам, которым плохо приходилось от пушек, направленных из Кремля. Несколько тысяч народу, по преимуществу жен и детей, спаслись из посада в стан Хохлова. Союзный дотоле Заруцкому Иштерек-бей с ногайскими татарами также отложился от него и принес присягу Михаилу Феодоровичу. В скором времени должны были прибыть и московские воеводы с царским войском. При таких обстоятельствах Заруцкий не стал более медлить и покинул Астрахань в мае 1614 года. Хохлов нагнал его и побил. Тогда Заруцкий с Мариной, ее сыном и оставшеюся у него небольшою шайкой бросился на стругах в Каспийское море.