Когда князь Одоевский на походе к Астрахани узнал об очищении от воров и поражении Заруцкого Хохловым, известие это, очевидно, было ему неприятно, так как подвиги стрелецкого головы отодвигали опоздавшего воеводу на второй план. Одоевский отправил Хохлову приказ не посылать донесения государю о своих успехах, а если уже послал, то вороти посланного с дороги, так как ему, воеводе, надобно «Государю писать о многих государевых делах». Мало того, князь Одоевский и Головин предписали Хохлову выйти к ним с астраханскими и терскими людьми и встретить их верст за тридцать от города, а затем всему освященному собору и всему народу с колокольным звоном и со крестами встречать «новоявленную чудотворную икону Казанскую», находившуюся при царском войске.
Водворясь в Астрахани, Одоевский послал Хохлова в Москву к государю «с сеунчом», т. е. с донесением; а когда узнал, что Заруцкий с Мариною ушли на Яик, то отправил для их поимки двух стрелецких голов Пальчикова и Онучина, с их приказами, придав им отряд наемных немцев и западноруссов. После двухнедельного плавания рекою Яиком, головы нашли беглецов на Медвежьем острове, где они поставили острожек и укрепились. Около них собралось до 600 казаков волжских и яицких. Но Заруцкий уже утратил свою власть над казаками; здесь начальствовал атаман Треня Ус с товарищами. Пальчиков и Онучин окружили острожек и начали добывать его силою. Казаки недолго защищались и вошли в переговоры. Они присягнули на верную службу Михаилу Феодоровичу и выдали Заруцкого с Мариною и ее сыном, да еще какого-то «чернеца Николая»; кроме того, выдали находившихся у них заложниками детей и мурз ногайского князя Иштерека, а также враждебного ему мурзу Джан-Арслана. 6 июля стрелецкие головы привезли пленников в Астрахань. Князь Одоевский немедля послал этих двух голов в Москву к государю «с сеунчом»; а вслед за ними отправил Марину с сыном под сильным конвоем и Заруцкого под особым конвоем в Казань, до государева указу, не смея держать их в Астрахани, по причине «смуты и шатости». Начальники конвоя имели приказ в случае нападения более многочисленного воровского отряда побить своих пленников. Московское правительство было очень обрадовано поимкою опасных врагов, и, конечно, поспешило вытребовать их в столицу. Об участи их имеем только краткое известие: Заруцкого посадили на кол, сына Марины повесили; а сама она умерла, по-видимому, в тюрьме. Так окончила свое бурное, исполненное великих превратностей существование эта женщина, «от которой все зло московскому государству… учинилось», как выразилась увещательная грамота в марте того же 1614 года, посланная от Земской думы волжскому казачьему войску.
С устранением Заруцкого еще не окончились бедствия, производимые воровскими казацкими шайками, которые рассеялись почти по всем областям государства. В особенности они свирепствовали на Верхнем Поволжье, в Пошехонье, Белозерском, Бежецком и других соседних краях. Эти одичалые шайки не ограничивались грабежом беззащитных сел, но и подвергали крестьян, равно мужчин и женщин, всяким мукам, и, между прочим, жгли их огнем до смерти, вероятно вымучивая указания на спрятанное добро; церквей не щадили, обдирали самые иконы и всячески кощунствовали. Врывались они также в плохо огражденные города и монастыри и вконец их разоряли. Но хорошо укрепленные города и большие монастыри давали им отпор; так, например, тщетно приступали они к богатой Кирилловой обители. Между атаманами воровских шаек особою свирепостию отличался прозванный Баловнем. Шайки эти прерывали сообщение между городами, между столицею и ее областями, так что предписанные по указам государевым, денежные и хлебные запасы для жалованья ратным людям нельзя было собирать в областях, а собранные нельзя было доставлять в Москву. Безнаказанность воровских казаков вредно влияла на казаков служилых вообще. Так целый отряд их, посланный со стольником Леонтием Вельяминовым в Новгородскую область на помощь царским воеводам против шведов, самовольно воротился с похода и занялся воровством. Это обстоятельство побудило государя предложить на обсуждение Земского собора или Великой земской думы вопрос: что делать с воровскими казаками? 4 сентября 1614 года Собор приговорил послать из всех чинов разумных людей, которые бы увещевали казаков стоять за святые церкви и православную веру, служить и прямить государю; затем составить списки тем, которые отстанут от воров и покажут свою службу, их награждать денежным жалованьем; а которые не отстанут от воровства, тех казаками не называть (чтобы казачьего имени не бесчестить), а поступать с ними как с ворами, убийцами и разбойниками. Жителям строго запрещалось иметь сношения с воровскими казаками, что-либо им продавать и у них покупать. Для выполнения этого приговора по указу государя отправлены были в Ярославль суздальский архиепископ Герасим, боярин князь Борис Михайлович Лыков и дьяк Богдан Ильин. Сюда же приказано было собраться дворянам и детям боярским, из многих ближних и дальних городов и уездов, а также охочим и даточным людям, чтобы под начальством князя Лыкова «промышлять» над теми атаманами и казаками, которые от воровства не отстанут. Тех дворян и детей боярских, которые не явятся на государеву службу, велено сыскивать, бить батогами, сажать в тюрьму, отписывать от них поместья, а их крестьянам «ни в чем их не слушать». Меры эти, как видно, подействовали. Князь Борис Лыков успел собрать достаточную рать. Он начал с того, что побил в Балахонском уезде только что пришедшую в Московское государство и занимавшуюся грабежом шайку черкас или запорожцев, состоявшую под предводительством полковника Захария Заруцкого. Затем, посылаемые им отряды захватывали и приводили к нему мелкие воровские шайки, которые он присуждал к виселице и другим казням. Тогда воровские атаманы собрались и пошли к Москве, говоря, что хотят бить челом государю. Они остановились табором под Симоновым монастырем. Лыков последовал за ними и стал в Дорогомилове. Так как это казачество не унималось от своего воровства, то государь велел идти на них окольничему Измайлову и князю Лыкову. Воры бросились бежать по Серпуховской дороге. Воеводы последовали за ними; в Малоярославском уезде на реке Луже Лыков разбил их наголову; после чего значительная часть их добила челом и присягнула на верную службу. Лыков привел с собою в Москву более трех тысяч раскаявшихся казаков. Баловня здесь повесили.