Вскоре Беньовский вместе с Хрущевым начали разрабатывать план побега. Позднее в этот замысел были посвящены около двадцати человек. В ночь с 26 на 27 апреля 1771 года заговорщики заняли
Большерецкий острог, арестовали всех, кто попытался оказать им сопротивление, причем комендант крепости погиб в стычке. В цейхгаузе они захватили мортиру, три пушки, много ружей, пуль и пороха, запасы вина и продовольствия. В руки восставших попала и казна (около семи тысяч рублей), а также собранная пушнина. Беньовский писал, что ему досталось одна тысяча девятьсот соболей, семьсот сорок восемь бобров и много другой «мягкой рухляди». 12 мая галиот «Святой Петр», на борту которого находилось несколько десятков человек, вышел в море. Миновав Курильскую гряду, он направился к берегам Японии. В конце мая на корабле был раскрыт контрзаговор. Штурман Измайлов с группой матросов хотели захватить судно и повернуть обратно. Беньовский сурово расправился с ними, высадив четверых руководителей контрзаговора на необитаемый остров. Но эти люди не погибли: на третий день они наткнулись на старое жилье, оставленное год назад промышленниками купца Протодьяконова, охотившимися здесь на котиков. Группа нашла там соль, огниво и прочее. Через год к острову подошел корабль и забрал находившихся там людей. Впоследствии Измайлов принимал участие во многих морских экспедициях, в том числе и в одной из экспедиций Джеймса Кука. Последний отозвался о нем как о прекрасном моряке.
Между тем, спустя два с половиной месяца после отъезда с Камчатки, галиот Беньовского подошел к берегам Японии. Бухта, в которой стал корабль, находилась в пятидесяти километрах от Нагасаки. Это был первый русский корабль, оказавшийся так близко от Японских островов. Местные жители довольно недоверчиво отнеслись к путешественникам. Опасаясь нападения, экипаж вскоре ушел на юг. Двигаясь к берегам Китая, путешественники бросили якорь у острова Танао-Сима.
Беньовский, сообщая об этом, пишет, что мягкий климат и обилие фруктов так понравились русским, что восемь человек вообще остались жить на острове. 28–29 августа во время высадки на берег острова Тайвань на маленький отряд, отправившийся за водой, было совершено внезапное нападение. В стычке погибли поручик В. Панов и еще два человека, трое других были ранены. Погибших похоронили. Над их могилой была высечена следующая надпись на французском языке: «Здесь лежат русский дворянин Василий Панов, благородный от рождения, известный своими заслугами, верный друг Мауриция Беньовского, и два его товарища, Иван Логинов и Иван Попов, предательски убитые жителями этого острова 29 августа 1771 года».
Покинув Тайвань, корабль Беньовского попал в жестокий шторм. Сбившись с курса, «Святой Петр» несколько дней блуждал в океане. Только в середине сентября беглецы бросили якорь в гавани китайского города Чен-Чеу. Китайские купцы с жадностью скупили все меха, а местный мандарин, получив от Беньовского богатые подарки, презентовал русским козла и корову с теленком. Чуть позже галиот пришел в португальскую колонию Макао. Здесь Беньовский за четыре с половиной тысячи пиастров продал корабль губернатору Макао Сальданьи и в январе 1772 года, погрузив своих спутников на два французских фрегата, отправился во Францию; но смогли уехать не все, ибо за время пребывания в Макао пятнадцать сотоварищей Беньовского умерли от лихорадки. В марте 1772 года Беньовский высадился в Порт-Луисе на острове Иль-де-Франс (современное название Маврикий), находившемся во владениях французской короны.
Отсюда Беньовский и его спутники отправились во Францию. 24 марта они вышли в море и в июле того же года благополучно достигли берегов Франции. Однако у многих из беглецов тоска по родине оказалась сильнее страха наказания, и в марте 1773 года семнадцать русских, пройдя пешком от порта Лориан в Бретани до столицы Франции более пятисот километров, явились к русскому резиденту в Париже Н. К. Хотинскому с просьбой отправить их в Россию. Екатерина II первоначально «всемилостивейше простила» раскаявшихся, нравоучительно добавив, что прощает их за то, что «русак так любит свою страну». По возвращении же на родину всех их отправили в Сибирь, «определив к тем должностям, в коих они прежде находились».
От Парижа до Мадагаскара
В то самое время, когда часть беглецов добивалась разрешения вернуться на родину, Беньовский предложил французскому правительству направить на Тайвань военную экспедицию для захвата острова, однако в Париже сочли более целесообразным послать Беньовского для установления французского владычества на Мадагаскаре. Вместе с ним отправились В. Устюжанинов, приказчик Чулошников, матрос Андреянов с женой, матрос Потопов и еще шестеро русских. По королевскому декрету, вся монопольная торговля на острове переходила к Беньовскому. Это вызвало позднее сильное недовольство у местных колониальных властей и купцов, торговавших в зоне Мадагаскара. 14 февраля 1774 года Беньовский высадился на северо-востоке острова, в бухте Антонжиль. Здесь он построил крепость Луисберг и начал завоевание Мадагаскара. Действуя на первых порах, скорее хитростью, чем силой, он расположил к себе туземного короля Хиави и с его помощью разбил силы племени сафиробаев. Беньовский привлек также на свою сторону потомков белых поселенцев, образовавших этническую группу «зана малата». Одержав победу над еще одним большим и сильным племенем – сакалавов, – Беньовский стал неограниченным властителем северной части острова. Осенью 1776 года местная туземная знать провозгласила его «ампансакабе» – великим королем.
По свидетельству современников и ученых, изучавших историю Мадагаскара, Беньовский, став владыкой острова, вел себя довольно умно и сильно отличался от крайне алчных негоциантов или типичных завоевателей эпохи первоначального накопления капитала. Ему были чужды сословная ограниченность и национальные предрассудки. Известный историк У. Эллис писал, что «взгляды Беньовского опередили его эпоху, а обращение с мальгашами было справедливее и лучше, чем обращение других европейцев, прибывавших на этот остров».
Британский консул в Мозамбике Лайонс Маклеод, тщательно проверивший документы и опросивший жителей Мадагаскара, писал о том, что Беньовский пользовался у мальгашей огромным авторитетом. Он прокладывал дороги, рыл каналы, строил крепости, насаждал грамотность. Такая деятельность нередко вызывала активное противодействие колониальных властей, и в декабре 1776 года Беньовский вследствие интриг французского губернатора Маскаренских островов Пуавра вынужден был покинуть Мадагаскар.