Со смертью Джона Кальвина в 1564 г. инициатива протестантов несколько угасла. Более того, со смертью святого Игнатия Лойолы в 1556 г. и завершением деятельности Тридентского собора католическая реформистская программа практически прекратила существование. Идеологическая борьба на время замерла. Поскольку и протестанты, и католики потеряли свою духовную инициативу, они взамен развили политическую активность.
Конфликт между католиками и протестантами конца XVI в. произошел во многом из-за доктрины предопределения. Центральные вопросы духовных и интеллектуальных споров были исследованы, обсуждены и сформулированы между 1517 и 1564 гг. Во второй половине века не появилось ни одного протестантского теолога, сравнимого с Лютером, Цвингли или Кальвином. Протестанты разделились на целый спектр сект, ревностно оберегающих заветы своей церкви, с хорошо прописанной доктриной, идеологическими и институциональными особенностями. С точки зрения католиков, эффект церковной реформы 1530 г. заключался в сломе всех главенствующих протестантских догматов. Тридентский собор провозгласил духовный приоритет существующих католических ритуалов. Задолго до разделения церкви соборная реформа увеличила иерархическую власть пап, кардиналов, священников. Римская инквизиция и список разрешенных книг помогали защитить верующих от протестантской пропаганды, так же как женевская консистория защищала ортодоксальных кальвинистов от разрушительного внешнего влияния. После 1560 г. протестанты и католики потеряли интерес к духовным или интеллектуальным спорам, казалось, что им больше нечего сказать друг другу. Каждая сторона старалась теперь повергнуть другую с помощью явного применения силы.
Если религиозная сторона спора постепенно утрачивала свою значимость и важность, то политическая неуклонно набирала вес. Ранее, как раз между 1520 и 1550 гг., короли и принцы Центральной и Восточной Европы были вынуждены организовать борьбу между протестантами и католиками на очень высоком уровне. Кронпринц Германии, который защищал Лютера от папы и императора, воспользовался новой религией с энтузиазмом. Национальная протестантская церковь Швейцарии, Дании и Англии, развивавшаяся в 1520–1530 гг., также была основана королями, которые быстро присвоили себе доходы, полученные от папы.
Как замечает Г.Р. Элтон, «реформация поддерживала себя, когда она была угодна высшей власти, правителям и королям, она бы не выжила, если бы власть решила задавить ее». К середине XVI в. даже католические правители выбрались из кризиса. Германские князья, Габсбурги в Испании и Валуа во Франции требовали папского договора, который ужесточал бы их власть над местной церковью. Они относились подозрительно к любому проявлению власти папы. Солдаты Карла V разграбили Рим, а не Виттенберг в 1527 г. И когда папство с запозданием отдало часть денег для реформы, и Габсбурги, и Валуа отказались подписать большую ее часть, отклонив особенно те статьи Тридентского собора, которые затрагивали их суверенную власть. В отказе сотрудничать с Римом католические правители пресекли намерение папства возвратить церкви политическую власть, как это было в Средневековье.
Покровительствуя протестантским реформаторам, протестантские правители были уверены в том, что их реформы не зайдут слишком далеко.
После 1560 г. восточноевропейские правители недолго смогли сдерживать натиск революционной силы религиозного кризиса. Кальвинисты и воинствующие католики начали восставать против политической неприкосновенности. Они организовали эффективную оппозицию против правителей, не разделяющих их религиозных убеждений. Под знаменами священной войны поднялась волна гражданских беспорядков и восстаний против конституционной власти. Мария, королева Шотландии, потеряла свой трон и собственную жизнь. Французская королева Екатерина Медичи оказалась между гугенотами и радикальными католиками. Во время ее правления рухнула династия Валуа и централизованная французская власть потерпела крах. Король Испании Филипп II был гораздо более героической фигурой, нежели Мария или Екатерина, и первым из всех правителей XVI в. сумел сдержать натиск церкви. Он надеялся продлить правление своей династии за счет уничтожения еретиков, но, как оказалось, чрезмерно рисковал ради веры. Как доказывают события, он пошел на слишком большой риск и вместо того, чтобы приобретать территории, он их терял. Он спровоцировал кальвинистское восстание в Нидерландах, которое не смогли подавить; его вмешательство во французские Религиозные войны вызвало обратный эффект, и ему не удалось завоевать протестантскую Англию. Это было поучительно для двух других восточноевропейских правителей, которые намного лучше пережили религиозный кризис, так как они были более осмотрительными, чем Филипп. Английская королева Елизавета I и французский король Генрих IV проводили политику умеренности и компромиссов, которая в конечном итоге преодолела кальвинистский и католический кризисы. Но даже Елизавета и Генрих большую часть времени были заняты обороной.