Военную мощь империи Филиппа II подрывали неустойчивая экономика и несовершенная социальная структура Испании. Не хватало средств ни на поддержание армии, ни на крупные военные кампании. Во время его правления государственная казна была на грани опустошения. Филипп унаследовал от отца большие долги, и, отдавая их кредиторам в 1557 и позже, в 1575 г., он осознал порочность своей финансовой системы. Он был не в состоянии добиться былого богатства страны — знать была освобождена от налогов. Знать владела половиной земель в Кастилии, и средства, которые могли бы поступать от уплаты аренды 30 герцогами и 30 маркизами, составили бы миллион дукатов в год — это было больше, чем доходы от поставки слитков из Америки до 1580 г. Но эти деньги были недостижимы. Не мог Филипп взять достаточно и с торговцев и рабочих — в Испании этот класс был слишком мал по сравнению с остальными странами в Западной Европе. Единственным классом, с которого он мог брать налоги и делал это, были крестьяне. Он тратил американское золото очень быстро — как только оно появлялось в стране, — иногда даже закладывая будущие поставки. Но армия Филиппа поглощала все золото и все, вместе взятые, налоги. Когда жалованье военным стало задерживаться, армия погрязла в бесконтрольных бунтах и восстаниях. Лучше вообще не иметь армии, чем иметь армию, которую не можешь содержать, понял Филипп.
Одним из основных налогов во времена Филиппа был cruzada — сбор денег на священный поход, учрежденный папством для возобновления войны испанцев против ислама. Испанцы не могли понять настойчивости католиков в проведении церковной реформы. Испанская церковь опробовала свою собственную реформу в XV в., то есть раньше Лютера. С 1478 г. появляется испанская инквизиция, призванная очистить страну от ереси среди обращенных мусульман и евреев. Их ненавидели, их боялись, и к моменту начала правления Филиппа II проявились расистские действия против общественной деятельности всех, чья кровь была нечиста. Инквизиция действовала одинаково на территории и Кастилии, и Арагона, и Наварры, и, когда восстание протестантов было подавлено, инквизиция распространилась на огромную территорию, чтобы изгнать ересь из Испании. Все, что хотя бы слегка отклонялось от католичества, было объявлено лютеранством; жертвы подвергались пыткам и тайному суду, и, если была признана их вина и уклонение от нее, они передавались в руки светских властей для публичной расправы. Святой Игнатий Лойола был дважды осужден испанской инквизицией за пособничество в распространении ереси. Даже архиепископ Толедо, главный в Испании, был заточен в темницу своими врагами из инквизиции с 1559 по 1576 г. за помощь в распространении ереси. Несмотря на такую атмосферу, на горизонте страны ярким новым светом засияли двое святых конца XVI в. — святая Тереза из Авильи (1515–1582) и святой Иоанн Креста (1542–1591), так ярко показанные на полотнах Эль Греко (ок. 1548–1614). Испанская восторженность не распространялась на папство. Отношения между Мадридом и Римом постоянно оставались натянутыми. Как любой правитель своего времени, Филипп ревностно относился к любым вмешательствам в его церковь, и, кроме того, как утверждает Ж.Х. Эллиотт, «в своем сердце он считал религию слишком серьезным делом, чтобы доверить ее папе».