Александр, конечно, понимал: для того, чтобы обеспечить беспрепятственный переход к нему власти от Ахеменидов, бесперебойный сбор подати и работоспособность административной системы, он нуждался в опытном аппарате. Ему пришлось обратиться к местным традициям управления. Местное население также было заинтересовано в быстром и ненасильственном возврате к повседневной жизни. В 331 году до н. э. Вавилон встретил завоевателя восторженно — как нового монарха. Такой прием был ясным выражением этого желания, на которое Александр ответил благоразумно. Он почтил уважением традиционных богов и оставил сатрапов на их постах, хотя и направил в провинции для укрепления своей власти македонских военачальников. Он воссел на трон великого царя в Сузах в декабре 331 года и принял иноземные знаки власти, которые любой грек тут же счел бы варварскими, — например, персидское царское платье. Он посетил гробницу Кира в Пасаргадах и похоронил Дария в царской усыпальнице. Он пытался ввести персидский ритуал общения монарха с подданными, известный как проскинесис — поклон или коленопреклонение перед царем — и использовавшийся греками лишь в общении с богами; сопротивление двора заставило его оставить этот план. Его женитьба на Роксане, дочери локального правителя из Согдианы, установила прочную связь с местной иранской аристократией. Он признал Пора, одного из наиболее способных военачальников, когда-либо противостоявших ему, правителем наиболее отдаленных восточных земель. Он набрал в свою армию 30 000 иранцев, обученных на македонский манер, и принял в македонские кавалерийские части лучших иранских наездников. К концу своего правления Александр окружил себя персидскими телохранителями. Он признал связь 10 000 воинов с местными, главным образом иранскими, женщинами браком, а их детей — законными. На массовой свадьбе в Сузах 90 ближайших его товарищей женились на иранках по персидскому обычаю; на этой свадьбе Александр и его близкие друзья Гефестион и Кратер взяли в жены представительниц персидской царской семьи.
Для некоторых историков эти меры были знаком великой дальновидности, а другие считали их попыткой справиться с задачей управления огромной империей, для которой ограниченного количества македонской знати и немногочисленных греков попросту бы не хватило. Второе более правдоподобно. Принимая иранцев в свою армию и администрацию, Александр следовал, в более широком масштабе и более коренным образом, политике, которую испытал уже его отец, включавший в свой двор членов враждебных кланов македонской знати. Как представляется, Александра больше заботило увеличение рекрутской базы для его армии и управленческого аппарата, нежели устранение этнических различий в завоеванном им традиционно многокультурном мире.
Примечательно упорство, с которым Александр проводил эту политику несмотря на сильное сопротивление. За причастность к действительным или воображаемым заговорам или за открытую критику царя он уничтожил несколько человек из своего ближайшего окружения: в 330 году до н. э. были казнены командующий кавалерией Филота и его отец, старый полководец Парменион; один из высших военачальников, Клит, бранивший новое немакедонское поведение Александра, был убит им в 328 году до н. э.; историк Каллисфен, олицетворявший дух свободных греков, был доведен до смерти в 327 году до н. э. вместе с несколькими юными царскими служителями, которых он обучал. Борьба против подобной оппозиции не оставляет сомнений в том, что Александром двигал план, а не чутье и не прихоть.
Александр следовал единственной известной ему модели — самодержавной монархии, в которой все зависит от царя. Важнейшие военные и административные функции были возложены на его приближенных. На верхушке иерархии находились люди, занимавшие высшие военные посты. Среди них ближайшие друзья царя были известны как «телохранители» (somatophylakes). Высшей должностью был пост хилиарха («командира тысячи»), соответствующий сану ахеменидского визиря и, вероятно, заимствованный из иранской традиции. Некоторые члены иранской аристократии также входили в ближний круг «родственников» (syngeneis), которым было позволено целовать царя. Воины знатного происхождения служили гетайрами, то есть «товарищами», в агеме — элитном подразделении кавалерии — и в качестве солдат в элитных отрядах пехоты.