21 мая 1891 г. Фишер становится начальником военных верфей в Портсмуте. На новой должности, как и на всех предыдущих, он развивает кипучую деятельность. Контр-адмирал приложил максимум усилий, чтобы ускорить ввод в состав флота головного эскадренного броненосца новой серии "Роял Соверен". Заложенный в сентябре 1886 г. он должен был быть закончен, как и семь его собратьев, через 3 года — сравнительно короткий период по тем временам. Обычно на строительство эскадренного броненосца уходило тогда от 4 до 7 лет[157]. Фишер лично проследил, чтобы изготовление и установка корабельной артиллерии осуществлялась без проволочек. Благодаря его усилиям "Роял Соверен" был построен в рекордно короткий срок — за 2 года и 8 месяцев.
В результате выполнения новой расширенной программы позиции Великобритании на морях существенно укрепились. Сыграл свою роль и тот факт, что новый министр финансов Артур Джеймс Бальфур проявил живейший интерес к вопросам обороны. В 1892–1893 гг. один за другим вступили в состав флота 7 эскадренных броненосцев типа "Роял Соверен" — сильнейшее соединение линейных кораблей. Они величественно утюжили моря и бесспорно считались наиболее удачными кораблями, разработанными Уильямом Уайтом. За время с 1886 по 1892 г., когда кресло морского министра занимал Джордж Гамильтон, Великобритания была выведена на уровень двухдержавного стандарта по отношению к Франции и России. Но благодушие и успокоенность 60—70-х гг. больше уже не возвращалось в британское Адмиралтейство. Гонка морских вооружений продолжалось, и Англии из года в год приходилось пребывать в напряжении и прилагать титанические усилия для удержания "трезубца Нептуна" в своих руках.
В начале эпохи шаткого морского превосходства Великобритании Джон Фишер в возрасте 51 года становится третьим морским лордом, т. е. получает пост главного инспектора военно-морского флота. В новую должность Фишер вступил 2 февраля 1892 г. "Дейли Ныос" так отреагировала на это событие: "Выбрав контр-адмирала Фишера преемником вице-адмирала Гопкинса, Адмиралтейство не ошиблось. Адмирал Фишер, заслуживший основательную репутацию под Александрией мастерским командованием броненосцем собственной конструкции, считается среди морских офицеров человеком исключительных дарований… В качестве главного инспектора военно-морского флота адмирал Фишер будет иметь большие возможности для проявления своих качеств и все, кто служил под его началом, выражают удовлетворение этим назначением"[158].
Фишер оправдал возлагавшиеся на него надежды, прослужив на этом посту с февраля 1892 г. по август 1897 г. Главными его достижениями за указанный период были разработка и ввод в состав флота истребителей миноносцев, установка на военных кораблях водотрубных котлов, а также борьба за утверждение либеральным кабинетом судостроительной программы Спенсера.
Одной из проблем, которыми занялся Фишер в начале 90-х гг., была задача что-либо противопоставить на случаи военного столкновения многочисленным французским миноносцам, базировавшимся в портах северного побережья Франции. Еще в 1891 г. Фишер представил пространную докладную записку "Увеличение французских торпедных сил, базирующихся на побережье Ла-Манша, с предложениями наилучшего способа борьбы с ними". Рапорт был основан на информации, доставленной отделом военно-морской разведки. "В случае войны с Францией, — писал Фишер, — будет совершенно необходимо любой ценой либо уничтожить миноносцы, либо заблокировать Булонь, Кале и Дюнкерк таким образом, чтобы полностью парализовать их действия. Поскольку миноносцы с этих баз имеют достаточный радиус действия, они смогут полностью перекрыть проход через Ла-Манш для торговых судов, а при плохой видимости и для военных"[159].
Противопоставить французским миноносцам англичане могли только свои миноносцы. Однако в зоне пролива у англичан было 49 миноносцев, а у французов — 80. И Фишер берется за разработку истребителя миноносцев — корабля с более мощным артиллерийским и торпедным вооружением и достаточно высокой скоростью хода для борьбы с миноносцами потенциального противника. Воспользовавшись своим высоким служебным положением, в марте 1892 г. он создает специальный комитет по разработке проекта "истребителя миноносцев". Вскоре фирма Торникрофта получила заказ на первую серию таких кораблей[160]. Нельзя сказать, что взгляды Фишера оказались чересчур уж новаторскими. В составе британского флота уже имелись большие миноносцы типа "Рэтлснейк" и типа "Шарпшутер" около 750 т водоизмещением. Но они были недостаточно быстроходными и маневренными для эффективной борьбы с миноносцами. Первые "истребители", разработанные с участием Фишера, оказались слишком малы по размерам (240–600 т водоизмещением) для операций за пределами Ла-Манша в открытом океане. Но в главном Фишер был прав — в определении основных параметров "истребителей" или эскадренных миноносцев.