В другой своей работе – о теории приливов и отливов (1624) – Доминис правильно объяснял это явление влиянием Луны и Солнца в то время, когда еще не существовало теории гравитации. Как известно, эту точку зрения не принимал Галилей, хотя позднейшие исследования, разумеется на ином научном уровне, доказали ее справедливость. В последнем своем сочинении Доминис касался также проблемы формы Земли, считая ее шарообразной.
Сочинения Доминиса, направленные против абсолютной власти Рима, как и его постоянные выступления против засилья иезуитов, не могли не привлечь к себе пристального внимания римской церкви. Издание в 1617 году книги «О церковном государстве» и в 1619 году протоколов Тридентского собора и секретной переписки отдельных его участников с определенными комментариями вызвало ярость Ватикана.
Все сочинения Доминиса на латинском и итальянском языках вошли в Индекс запрещенных книг, многие из них после смерти автора были уничтожены. «Вероятно, сочинения его как злейшего врага папы уж очень усердно истреблялись иезуитами, которые, как известно, приобрели в этом деле замечательную специальность», – писал еще в 70-х годах прошлого пока киевский профессор И.И. Петров. Он же установил, что в начале XVII века сочинения Доминиса была переведены на украинский язык и использовались в борьбе против католической реакции.
Руками иезуитов были зажжены костры, на которых горели пользовавшиеся европейской славой ученые-гуманисты, не подчинившиеся слепой догме. В 1549 году по приказу инквизиции было извлечено из могилы и подвергнуто сожжению тело известного поэта и философа феррарца Палингения; в 1600 году после семи лет заключения был казнен Джордано Бруно, а спустя девятнадцать лет – его ученик и единомышленник Джулио Ванини. Неудивительно, что призрак костра преследовал Марка Антония Доминиса…
Научное наследие Доминиса начинает привлекать все более пристальное внимание исследователей. В 1967 году ему был посвящен симпозиум в Сплите, на котором в новом аспекте была представлена эта своеобразная и, несомненно, значительная историческая личность. В 1974 году общественность Югославии симпозиумом на родине ученого, острове Раб, отметила трехсотпятидесятую годовщину со дня его смерти.