Дядя Зои — император Иоанн VIII Палеолог был инициатором и горячим сторонником решений, принятых на Флорентийском соборе. Опять же им руководило благое, хотя и недостижимое намерение спасти империю, заручившись поддержкой католического Запада. Но был ли мучительным для него этот выбор? Иоанн и его придворные, патриарх и византийские епископы несколько лет, пока шли заседания собора сначала в Ферраре, а потом во Флоренции, жили на Апеннинах на содержании Ватикана, тесно сойдясь с католическими прелатами.
Католичкой была мать Зои, как, кстати, и обе супруги последнего византийского императора Константина. Не факт, что замужество сопровождалось обязательным переходом в православие — в 418 году папа Мартин V официально разрешил латинским принцессам выходить замуж за Палеологов при условии сохранения ими католической веры. Отец будущей московской государыни деспот Фома официально принял католичество. В марте 1461 года его с почестями приняли в Риме, папа наградил беглого деспота орденом Золотой Розы и назначил содержание в 300 дукатов, к которым позже прибавилось еще 500 дукатов.
В 1465 году Фома вызвал в Рим своих детей и через несколько дней после их прибытия умер. Мы не знаем, кто занимался их воспитанием после смерти матери, возможно, дети деспота соблюдали православные обряды. Существует предание, что, когда во время первой церковной службы, на которой они присутствовали в Риме, провозгласили долголетие понтифику, дети Фомы вышли из собора. Возможно, они в действительности смутились, но скорее это легенда, призванная продемонстрировать верность Зои и ее братьев греческой вере. Известно, что Андрей Палеолог стал католиком. Точных сведений о Зое нет, но она воспитывалась при папском дворе католическим кардиналом — было бы очень странно, если бы ватиканское окружение Деспины поддерживало в ней приверженность к православию.
Сохранилось любопытное письмо Виссариона, в котором он начертал программу занятий и воспитания детей византийского деспота. Из этого письма узнаем, что папа по-прежнему будет отпускать определенную сумму на их нужды, в том числе на покрытие расходов по содержанию скромного двора. Среди придворных Виссарион упоминает одного медика, одного профессора греческого языка, одного профессора латыни, переводчика и одного или двух латинских священников.
По вопросу о религии он указывает на волю их отца, деспота Фомы, который просил воспитать детей в лоне западной церкви, а потому они должны жить и одеваться, как «латины», посещать латинскую церковь и вести себя смиренно и покорно перед папой. У вас будет все, заключает Виссарион, если вы станете подражать латинам; в противном случае вы не получите ничего. Зоя вполне подчинилась этому требованию и с того времени жила в Риме и называлась на официальном языке возлюбленной дочерью римской церкви, питомицей апостольского престола.
Существует еще одно обстоятельство, весьма определенно указывающее на конфессиональную принадлежность Зои Палеолог. Как известно, в Москве византийскую принцессу стали называть Софьей. Вызывает удивление и сам этот факт, и индифферентное отношение к нему исследователей. Что за странная и дерзновенная прихоть?! При таинстве крещения ребенок нарекается в честь кого-либо из святых угодников Божиих, который считается небесным покровителем человека, к которому он будет прибегать за молитвенной помощью в течение всей своей жизни. Следовательно, при смене имени человек пренебрегает еще и своим святым, в честь которого он назван.
Православный человек и тогда, и сейчас может изменить имя в трех случаях: при крещении, при постриге и при принятии схимы. Наша героиня ни монашкой, ни схимницей не была. Значит, Зою в Москве накануне венчания окрестили Софьей — очевидно, в честь бабки великого князя Софьи Витовтовны. Значит ли это, что Зоя была католичкой? У нас нет достаточных оснований, чтобы делать столь категоричный вывод. На Руси бытовал обычай перемены имени невесты при венчании. Можно вспомнить, что княжна Екатерина Буйносова-Ростовская, на которой женился царь Василий Шуйский, получила в царицах имя Мария, а девица Мария Хлопова, взятая на царский двор в качестве невесты для царя Михаила Федоровича, была переименована в Анастасию (возможно, в память царицы Анастасии Романовой), когда же брак не состоялся, она снова стала Марией.