Осенью 1479-го Иван III наверняка знал и о сношениях между Казимиром и Ахматом, и об их планах совместного удара по Руси, и о том, что союзники рассчитывают на недовольство удельных князей, или даже находятся в прямом с ними сговоре. А тут еще, по утверждению В. Н. Татищева, к великому князю поступили известия о том, что новгородцы, «забывше свое крестное целование, мнози начата тайне колебатися, и королем ляцким и князем литовским съсылатися, зовуще его с воинствы в землю новгородскую, и король обещал итти к Новугороду, a к хану Большой орды посла звати на великаго князя, и к папе посла просить денег на подмогу». Над Русским государством нависла страшная угроза — оказаться в кольце врагов, действующих совместно с внутренней оппозицией.
Столь же драматическая для Москвы ситуация сложилась почти за сто лет до описываемых событий в 1375 году, когда ярлык на великое княжение получил Михаил Тверской и перед Москвой замаячила мрачная перспектива союза Литвы, Твери и Орды. Тогда Дмитрий Донской отреагировал не мешкая: выступив против Твери и осадив город, вынудил Михаила отказаться от ярлыка.
Схожим образом решил действовать и Иван III: не дожидаясь соединения неприятельских сил, ударить по самому слабому звену. Его появление в Новгороде было обставлено как самая настоящая спецоперация. Стремясь соблюсти неожиданность, великий князь, выехавший из Москвы 29 октября, взял с собою только 1000 человек, известив новгородцев, что «идет на немцы». Для сохранения тайны от Торжка и Бежецкого Верха были поставлены заставы, «да не уводят о многом воинстве». В день въезда в Новгород Иван III велел схватить по заранее составленному списку 50 «пущих крамольников».
В городе на Волхове великий князь пробыл четыре месяца, и все это время шло следствие. Результаты розыска, по-видимому, обнаружили, что размер подготовлявшегося заговора значительно превосходил первоначальные о нем сведения. Более 100 человек «больших крамольников» было казнено. Под пыткой арестованные выдали архиепископа Феофила, который был с ними «заедин». Феофан был арестован 19 января и спустя несколько дней отправлен в Москву.
В условиях, сложившихся к ноябрю — декабрю 1479 года, когда великий князь принимал решение об аресте Ивана Лыка, у него был резон спровоцировать братьев на выступление: новгородских заговорщиков он вывел из игры, Орда и Литва не начали бы войну раньше мая следующего года. Риск, повторимся, был велик, но если бы мятеж удельных князей разразился во время нашествия Ахмата летом — осенью следующего года, подобное развитие событий грозило куда более серьезными последствиями для будущего Руси. Кстати, невольный виновник этой смуты князь Иван Оболенский Лыко впоследствии бодро служил великому князю, словно ничего особенного не произошло.
Получив вести о демарше братьев от Ивана Молодого, оставшегося в столице «на хозяйстве», великий князь «вборзе» отправился в Москву, куда вернулся перед «великим заговейном» — канун великого поста перед Пасхой — 13 февраля. Так как переезд от Новгорода до Москвы должен был занять около недели, то можно предположить, что новость об измене была получена великим князем в первых числах февраля. Между тем мятеж удельных крамольников вызвал переполох в московских окрестностях: «все людие быша в страсе велице отъ вбратьи его: все грады быша в осадехъ, и полесом бегаючи, мнози мерли и от студени безъ великого князя». Борис Васильевич мог угрожать Клину, Звенигороду, Можайску, Боровску; Андрей — Ярославлю, Ростову, Переяславлю. Защищать их действительно было некому, значительные силы были отряжены для защиты Пскова от вторжения Ливонского ордена.
В декабре 1479-го войско под командованием Андрея Оболенского «да с ним двор свой» Ивану III пришлось послать «на немцы» — этого обстоятельства, серьезно ослабившего позиции правительства, великий князь не мог предполагать в октябре. Оставшиеся части, верные государю, сконцентрировались в Москве, но и нападать мятежники, похоже, не собирались. Борис, «княиню свою и дети во Ржеву отпусти», направился к брату Андрею в Углич, куда прибыл на Масленой неделе, чтобы потом вместе с Андреем, его семьей и объединенным войском двинуться на Ржев через тверскую вотчину по волжскому льду.
