При реконструкции Малого Эрмитажа архитекторы планируют существенно изменить его подвальную часть. «Непроходной» подвал высотой около 1.3 м, возможно, будет углублен в центральной части для размещения там вестибюля, кассового зала, гардероба и бытовых помещений. Расположенные в первом этаже Малого Эрмитажа помещения Каретного сарая и Манежа, занятые сейчас под хранилища крупногабаритных экспонатов, после перевода хранилищ в новый дипозитарий будут превращены в два сообщающихся между собой выставочных зала общей экспозиционной площадью более 2000 м2. Основная часть посетителей временных выставок будет попадать в них через новый вход с Шуваловского проезда, который предполагается открыть со стороны улицы Халтурина. Вход в эти залы будет сохранен также из музея со стороны так называемого Сивковского перехода, соединяющего Зимний дворец и Малый Эрмитаж.
Помимо организации новых выставочных залов в Малом Эрмитаже, большая работа предстоит по восстановлению гидроизоляции Висячего сада, расположенного над Каретным сараем и Манежем. Как уже сообщалось, гидроизоляция углублений для слоя земли за два века существования здания неоднократно заменялась. Сейчас на потолке Манежа снова появились следы просачивания влаги. Для восстановления гидроизоляции из сада предстоит убрать всю скульптуру, кустарники, вынуть из кирпичных траншей сотни кубометров земли и только тогда можно обнаружить дефекты изоляционного ковра. Учитывая относительную недолговечность существующей изоляции, сейчас исследуются возможности замены ее на более надежные современные материалы. Изучается также и проблема восстановления стеклянной крыши над Висячим садом. Дело в том, что в XIX в. около трети сада со стороны Павильонного зала была защищена стеклянной крышей и прозрачной стеной. В этом объеме помещался Зимний сад, в котором росли экзотические теплолюбивые растения и содержались заморские птицы и редкие зверьки. Участники званых ужинов могли прямо из-за столов, расставленных в Павильонном зале, выйти в диковинный сад, наполненный живыми голосами птиц и зверей.
Сегодня проблема восстановления стеклянной крыши над Висячим садом преследует, конечно, другие цели. Это прежде всего включение в планировку данной части музея так необходимого здесь дополнительного пространства для создания экспозиции скульптуры и рекреационной зоны, в которой посетители могли бы отдохнуть, собраться с мыслями, спокойно посмотреть путеводитель.
Наш суровый климат позволяет использовать территорию Висячего сада всего 3 - 4 месяца в году. В сырую погоду во избежание попадания песка в залы он также закрыт. Бывают годы, когда «нога посетителей» вообще не ступает в сад. Не просто обстоит дело и с садовой скульптурой, выставленной на дорожках Висячего сада.
Многие посетители музея, наверно, не подозревают, что несколько лет назад подлинные скульптуры XVIII в., украшавшие сад, были убраны в хранилище, а вместо них поставлены копии, изготовленные из особо прочного стоматологического цемента. Кстати, аналогичные работы проводятся и в Летнем саду, где также происходит замена мраморных скульптур на болев прочные копии. К сожалению, этот процесс начался слишком поздно, и поверхность уникальных подлинников, украшавших эти сады, уже успела изрядно разрушиться под воздействием сильно загрязненной городской атмосферы.
Проблема создания стеклянной кровли над Висячим садом потребует решения ряда технических вопросов - подбора оптимального профиля будущего сооружения, исключающего нарушение привычного облика музейных зданий, разработки мер по удалению снега, препятствующего попаданию света в Петровскую и Романовскую галереи, а также в Павильонный зал. Необходимо принять меры к недопущению условий парникового эффекта и к поддержанию в этой зоне в течение круглого года такой же температуры, как в соседних сообщающихся с ней залах, и т. д. Все эти и многие другие вопросы реконструкции Малого Эрмитажа решаются в процессе обследования и проектирования, которые ведет сейчас Ленинградский филиал института «Гипротеатр» в тесном контакте с архитекторами и инженерами Эрмитажа.