С 1 января 1898 года важнейшие дела Третьего делопроизводства были переданы в особый отдел. Он ведал внутренней и заграничной агентурой; вел негласное наблюдение за корреспонденцией частных лиц и членов императорской семьи и высших сановников государства, подозреваемых в нежелательных связях; наблюдал за политическим настроением во всех слоях общества, за деятельностью политических партий и всевозможных организаций, вел регистрацию произведений нелегальной печати, ведал политическим розыском.
У Особого, а затем Политического отдела было семь отделений. Первое занималось общими делами и перепиской. Второе ведало эсерами, Третье – большевиками и меньшевиками, Четвертое занималось буржуазными организациями национальных окраин России, Пятое разбирало шифры, Шестое занималось следствием, Седьмое выдавало справки о политической благонадежности.
В ведении Департамента полиции находилась особая агентура, гласная и негласная. Департамент имел особый денежный секретный фонд, не подлежащий государственному контролю.
С 1880 года Корпус жандармов перешел в ведении Департамента полиции МВД, хотя шефом корпуса стал лично министр внутренних дел. Во всех губерниях и краях империи существовали жандармские управления, руководившие политическим сыском в регионах, и ведение следствия по государственным преступлениям и политическим делам. В 1880 году большие жандармские дивизионы стояли в Петербурге, Москве, Варшаве, сто двадцать три команды располагались в крупнейших городах империи, жандармский полк и лейб-гвардии жандармский эскадрон находились в армии. Жандармы боролись с массовым рабочим и крестьянским движением, осуществляли сыск революционных организаций, сопровождали особо опасных арестантов, осуществляли внешнее оцепление, вели поимку беглых и рекрутов, собирали сведения и готовили царские доклады о настроениях различных сословий. В жандармерии и в полиции, и в охранных отделениях офицеры получали двойное жалование.
Охранные отделения были созданы в Петербурге в 1866, в Москве и Варшаве – в 1880 годах. К началу ХХ века существовали почти тридцать охранных отделений, местных органов Департамента полиции, ведавших политическим надзором и сыском. «Отделения охранения общественной безопасности и порядка» формально входили в состав канцелярии полицмейстеров и градоначальников, но в то же время сохраняли все права самостоятельного учреждения, подчиняясь Департаменту полиции. С начала ХХ века охранные отделения сосредоточились на розыске революционеров, которых для проведения следствия передавали жандармам. Их основной задачей являлся политический сыск революционных организаций и революционеров. Непосредственный арест и дознание по собранным охранными отделениями материалам осуществляли жандармские управления. Отделения имели обширную специальную агентуру – агентов наружного наблюдения, филеров и секретных агентов, сотрудников, сексотов в «обследуемой зоне».
Основной частью каждого охранного отделения была канцелярия, подразделявшаяся на несколько столов. Отделения имели филиалы на всех почтах, вокзалах, которые назывались отделениями секретной цензуры, или «черными кабинетами», ежегодно перлюстрировавшими десятки тысяч частных писем подданных. Гением охранных отделений, создавших их сеть по всей стране, стал полковник Сергей Зубатов, в тридцатилетнем возрасте ставший начальником Московского охранного отделения, в 1902 году возглавивший Политический отдел Департамента полиции МВД, что и привело его к самоубийству в марте 1917 года.