Однако активизация церковной жизни на местах и рост авторитета не только самого церковного лидера, но и возглавляемого им руководящего органа Церкви вовсе не входили в планы тех, кто «отвечал за религию» в стране. Советская власть не возражала против наличия духовного центра адвентистов, ибо так легче было контролировать умы и души рядовых верующих, но она была категорически против того, чтобы этот центр проявлял свою инициативу и самодеятельность. Ему, по планам советских аппаратчиков, предписывалась лишь пассивная роль исполнителя тех директив, циркуляров и инструктивных писем, которые исходят от Совета по делам религий при правительстве.
П. Мацанов был приглашен в названный Совет, где ему «посоветовали» прекратить поездки по стране и свести общение с поместными церквями до минимума. П. Мацанов, не привыкший к такого рода «опеке», естественно, стал возражать, что и явилось началом его конфликта с властями. Последние вскоре узнали и еще об одной инициативе возглавляемого П. Мацановым ВСАСД – о деятельности церковного фонда по оказанию материальной помощи семьям репрессированных служителей и семьям, оставшимся без кормильца. Подобная деятельность в СССР того времени рассматривалась как преступная. Ну и наконец, каплей, переполнившей терпение властей, явились агентурные сообщения органов госбезопасности, которые содержали информацию о «нелегальной» деятельности П. Мацанова. В них сообщалось о его контактах с незарегистрированными общинами, рукоположении проповедников, на которых Совет по делам религии не давал своего согласия, о слишком частых крещениях в Московской общине (ведь борьба с ростом религиозности вовсе не была прекращена в СССР), о переводе им религиозной литературы с иностранных языков (это в эпоху борьбы с космополитизмом!) и т.д. и т.п. Все это и многое другое было инкриминировано П. Мацанову как незаконная деятельность, «не соответствующая занимаемой должности главы конфессии».
Получив такого рода информацию, Совет по делам религий в конце 1954 г. отобрал регистрационную справку у председателя ВСАСД П. А. Мацанова и предложил ему покинуть пределы Москвы и Московской области в 24 часа. Конечно, в тридцатые годы с ним не стали бы разговаривать, а отправили бы в ГУЛАГ. Но и это «указание», полученное из органов безопасности, было столь недвусмысленным и безапелляционным, что чиновники из Совета по делам религий не стали даже дожидаться созыва внеочередного Пленума ВСАСД, чтобы провести отставку П. А. Мацанова с соблюдением официальных правил игры. Вместо в 24 часа высланного Мацанова «высокие инстанции» назначили одного из членов ВСАСД В. Д. Яковенко исполнять обязанности председателя.
Расширенный пленум ВСАСД был созван лишь в апреле 1955 г. Руководители адвентистской Церкви в СССР встали перед нелегкой дилеммой: или вновь утвердить П. Мацанова в должности председателя ВСАСД на дальнейший срок, не признав безосновательные обвинения в его адрес, и тем самым показать властям, чтоЦцерковь не признает никакого вмешательства в свою внутреннюю жизнь, или же во имя сохранения самой Церкви пойти на компромисс с властями и избрать другого председателя, с кандидатурой которого власти были бы согласны.
Целых два дня длилась на Пленуме дискуссия вокруг этой дилеммы. Завершились горячие споры принятием второго варианта. На Пленуме был избран новым председателем уполномоченного ВСАСД по Винницкой области С. П. Кулыжский. Членов Пленума очень легко понять. Церковь только-только стала вставать на ноги после довоенного разгрома. Принятие иного варианта означало бы новый виток в конфронтации с большевистским государством, который закончился бы весьма трагически для Церкви: она была бы вновь объявлена вне закона, снята с регистрации, после чего последовали бы массовые репрессии против ее членов – аресты, ссылки и т.д. Но слишком свежи были в сознании присутствовавших на Пленуме людей воспоминания о ГУЛАГе, чтобы решиться их обновить. Сегодня, конечно, по прошествии более чем 50 лет со дня тех событий легко делать выводы, давать оценки поведения тех, кто жил в те нелегкие годы. Но вряд ли это позволит нам понять мотивы, которыми руководствовались участники Пленума ВСАСД 1955 года. Конечно, им стоило бы вспомнить в момент голосования уроки V Всесоюзного съезда адвентистов 1928 года, показавшего, что компромисс во имя спасения вовсе не означает, что это спасение станет реальностью. Так и случилось. Новый компромисс вовсе не избавил Церковь от новых испытаний. А они не замедлили обрушиться на Церковь в ближайшие за этим Пленумом годы.
После пленума ВСАСД 1955 г. для Церкви наступили тяжелые времена: в Церкви произошел по существу новый раскол. Часть адвентистов не признала решения вышеупомянутого Пленума законными, не признала избрание нового председателя ВСАСД С. П. Кулыжского законным и продолжала считать настоящим председателем ВСАСД его прежнего лидера П. А. Мацанова, который к тому времени переехал из Москвы в Ростов-на Дону, где кроме миссионерско-организаторской деятельности организовал нелегальную подготовку миссионерских работников. К нему в Ростов-на-Дону стали постоянно приезжать те служители с Кавказа, Украины, Центральной части России и других мест за консультацией, поддержкой и т.п., которые, не признав нового председателя ВСАСД и решений пленума ВСАСД 1955 г., по-прежнему считали лидером церкви П. А. Мацанова. Так в Церкви сложилось две линии, которые условно можно назвать как консервативная и либеральная. Представители первой при формировании своей позиции в отношении к требованиям властей проявляли непримиримость, не отступая даже в мелочах, не имеющих по сути дела никакого отношения к принципам Церкви. Представители же второй считали, что в несущественных по отношению к вероучению Церкви вопросах вроде занятий в субботних школах, участия детей в богослужении, отмены практики вопросов во время проведения уроков субботней школы, да и самого названия этой части адвентистского богослужения можно и поступиться принципиальностью, ибо это не нанесет большого ущерба для общины, но зато даст возможность собираться и вести богослужение вместе.
«Консерваторы» группировались вокруг фигуры видного адвентистского лидера, — бывшего председателя ВСАСД П. А. Мацанова, переехавшего в Ростов-на-Дону. В этом же городе был избран, как альтернатива не признаваемому частью адвентистов официальному ВСАСД, появившемуся на свет после пленума ВСАСД 1955 года, и его руководителю С. П. Кулыжскому, подпольный адвентистский центр, в который помимо его руководителя П. А. Мацанова, также вошли К. Е. Титоренко, П. С. Кулаков, Я. П. Дмитриенко и др. Осенью 1957 г. под видом праздника жатвы в Ростове-на-Дону было проведено совещание, на которое съехались некоторые лидеры и служители адвентистского движения, относившиеся к консервативной линии и не признававшие московского руководства. Они обвиняли «либералов» в отступничестве от принципов адвентизма, в нарушении традиций пионеров адвентистского движения, стоявших на позициях невмешательства государства во внутреннюю жизнь Церкви.
Компетентные органы были напуганы растущей популярностью Мацанова и процессом становления по сути второго, подпольного центра адвентистского движения. В связи с этим они вынудили П. А. Мацанова покинуть Ростов-на-Дону, который через некоторое время отправился в Сибирь для организации там миссионерской работы, где он с конца 1959 г. вместе с семьей провел около 5 лет, в результате чего там было организовано 46 адвентистских общин. К нему, все так же признанному многими верующими истинным и единственным лидером Церкви, по-прежнему приезжали служители со всех краев страны.