Предложенные заводом по немецкому прототипу спонсоны для орудий следовало доработать на месте в ходе постройки. 20 августа утвердили "общий чертеж" миноносца, 3 октября 1905 г. МТК должен был согласиться с изменениями в спецификации в связи со всеми этими требованиями. Уже в июле завод называл свои корабли "Крейсера в 615 т", но МТК согласился лишь на увеличение их водоизмещения при испытаниях с 570 до 605 т, а так как расположение их сохранилось в основном по прототипу (завода "Германия"), то решено было именовать их "увеличенными миноносцами типа 570 т".
Эскадренный миноносец "Капитан-лейтенант Баранов" на достройке.
В отличие от минных крейсеров, строящихся заводом "Германия" и комитетом по усилению военного флота, на которых нумерация шпангоутов (согласно германской практике) шла от кормы к носу, на кораблях Николаевского завода нумерацию изменили на принятую в русском флоте от носа в корму. На этом решении рапортом в МТК в августе 1905 г. настаивал главный командир Черноморского флота вице-адмирал Г.П. Чухнин, указавший на существенные неудобства различия нумерации для личного состава при освоении кораблей и переводах их с одного на другой.
В новой спецификации "миноносца увеличенного типа 570 т" длина корабля по ватерлинии (прежняя – в скобках) составляла 73,5 (71,0) м, ширина по ватерлинии 7,7 (7,2) м, наибольшая ширина по палубе 8,3 (7,4) м, высота корпуса от верхней кромки киля до середины бимсов верхней палубы 4,6 (4,5) м, осадка в средней части корпуса без киля 2,32 (2,3) м, с килем 2,53 (2,51) м, с лопастями винтов 3,05 (3,05) м. Водоизмещение 605 метрических тонн или 595,3 английских тонн "в полном снаряжении в готовности для испытания на ходу" составляли: корпус и оборудование 202 т, механизмы и электрооборудование 212,7 т, судовые системы и устройства 18,6 т, вооружение и боеприпасы 42,1 т, снабжение 21,6 т, нормальный запас угля 9,8 т, запас водоизмещения 10 т.
Корабль разделялся на отсеки 12 водонепроницаемыми поперечными переборками, доведенными от киля до верхней палубы на шпангоутах №№ 8, 27, 35, 47. 59, 71, 83, 93, 98 (ломаная переборка в машинном отделении), 108, 124, 129, 143 и доведенные до жилой палубы на шпангоутах №№ 11, 14, 18, 113, 196. Переборка на шпангоуте 8 доводилась до палубы полубака, горловины в переборках не допускались. Предусматривались водонепроницаемые продольные переборки угольных ям. Толщина наружной обшивки в пределах машинных и котельных отделений составляла 6 мм, в оконечностях 5 мм. Ширстрек толщиной 8 мм шел на половине длины корпуса, в оконечностях уменьшался до 5 мм, вертикальный киль состоял из листа с двумя непрерывными угольниками толщиной 7 мм на верхней кромке и 8 мм на нижней.
По чертежу, разработанному заводом 27 мая и утвержденному МТК 28 июня, каждый котел Нормана имел по 1292 водогрейных трубки наружным диаметром 35 мм и толщиной стенок 3 мм. У трубок, подвергавшихся непосредственному воздействию пламени, толщина увеличивалась до 3,5 мм. Диаметры цилиндров двух главных паровых машин составляли: высокого давления 550, среднего 820 и двух низкого 830 мм. Водоотливные средства включали семь водоструйных эжекторов отечественной системы инженер- механика Н.И. Ильина с подачей воды 80 т/час. Одна паровая рулевая машина располагалась в штурманской рубке, другая в корме в сходном люке в помещении кондукторов. Экипаж включал 7 офицеров, 3 кондуктора и 80 рядовых.
Эскадренный миноносец типа “Лейтенант Шестаков”.
(Теоретический чертеж )
Новое изменение проекта произошло вследствие усиления вооружения, предложенного 3 января 1906 г. главным инспектором морской артиллерии генерал-майором К.Т. Дубровым. Под давлением опыта войны признали неэффективность недавно принятых на вооружение 57-мм пушек. Теперь их исключали из вооружения кораблей, а для минных крейсеров Николаевского завода взамен шести 57-мм пушек предлагалось установить четыре 75-мм, а к двум имеющимся пулеметам добавить еще два. Проектирование кораблей задерживали и другие неясности. Завод, предлагая применять втяжные якоря, предусмотрел для них бортовые клюзы, обеспечивающие повсеместно оцененную простоту уборки якоря. Но в МТК ориентировались на традиционные якоря Паркера, со штоками, крепившимися по-походному на верхней палубе.
Менять пришлось и чертежи рулевой рамы, конструкция которой при осуществлении предложенных заводом технологических усовершенствований была по требованию МТК усилена за счет увеличения числа ребер жесткости. В нижней части ахтерштевня предусмотрели отвод для предохранения переднего конца рамы от ударов о грунт и от случайного защемления троса между штевнем и рулем. Для уменьшения вибрации кормы ее подзор связали продольным ребром с верхней частью кормовой переборки.
Вслед за первым изменением артиллерийского вооружения кораблей пришлось выполнить и второе. На этом в обстоятельной записке от 15 июня 1906 г. настаивал командир "Капитан-лейтенанта Баранова" капитан 2 ранга A.M. Лазарев, который в Порт-Артуре командовал минным крейсером "Всадник" и канонерской лодкой "Отважный". Доводы его были следующие. Опыт частых стычек с японскими миноносцами требовал для борьбы с кораблями этого класса орудия калибром не менее 100-120 мм. Именно такие орудия ставились теперь на иностранные 400 тонные миноносцы. Тем более необходимы такие орудия строящимся кораблям, которые уступают иностранным в скорости, подчеркивал A.M. Лазарев. Возможность такой замены кормового 75-мм орудия одним 120-мм подтверждала и дирекция завода. Артиллерийский отдел МТК принял такое предложение без энтузиазма и. сочтя гарантии завода "голословными", потребовал расчетного подтверждения. Вопрос решился лишь 25 сентября 1907 г.
Ввиду незначительного влияния на морские качества и существенного улучшения боевых качеств корабля кораблестроительный отдел счел допустимыми перегрузку от установки 120-мм орудий длиной ствола 45 калибров (массой со станком и щитом 9,1 т, а с запасом из 100 патронов 12,7 т) и уменьшение метацентрической высоты на 50 мм. Соответствующей перегрузки потребовали и подкрепления корпуса и фундамента под установку орудия, отдача которого доходила до 29,5 т, а также и переоборудование кормового 75-мм погреба под новые, удлиненные до 1,3 м, 120-мм фугасные снаряды. Сами орудия, ввиду нежелательности их переделок в случае передачи со строящихся линейных кораблей типа "Андрей Первозванный", срочно заказывались на Обуховском заводе.
Тем временем постройка корпусов кораблей, начатая одновременно 24 января 1906 г., быстро продвигалась вперед. На день официальной закладки 3 сентября 1906 г. корабли имели до 40% готовности (по отношению к полной стоимости постройки). Наибольшее продвижение 46,75% было на "Лейтенанте Шестакове", в корпусе которого установили около 100 т материала, включая и закрепленный 200-кг форштевень. В марте 1907 г. на всех четырех кораблях установили 1,7 т ахтерштевни, в июле-августе 3,4 т кронштейны гребных валов. Шла установка пиллерсов, машинных и котельных фундаментов, светлых люков, леерных стоек, якорных шлюзов. Начали навешивать рули, крепить румпеля, отводы гребных винтов.
В августе 1907 г. на "Шестакове" появилась и надпись названия корабля. Первым он и был спущен на воду. За ним последовали 1 сентября "Капитан Сакен", 16 октября "Лейтенант Зацаренный" и последний 23 октября "Капитан-лейтенант Баранов". От завода судостроительными работами на миноносцах руководил морской инженер (выпускник Петербургского политехнического института) С Т. Каменский, наблюдающими до апреля 1907 г. были корабельные инженеры А.А. Терентьев и В.Е. Карпов, а затем штабс-капитан корпуса корабельных инженеров А.Э. Влашимский.