Вместе с энергичной достройкой на плаву продолжалась корректировка целого ряда проекто-технических решении. В связи с решением об установке на миноносцах радиостанций наблюдавший за постройкой корабельный инженер взамен предусматривающихся по контракту легких (17 м от ватерлинии) мачт в 1907 г. спроектировал новые длиной 21 м, но и их в 1908 г. пришлось переделывать в связи с требованием заведующего радиотелеграфным делом в Черноморском флоте капитан-лейтенанта В.Н. Кедрина.
Только в мае 1909 г. после опытов на "Лейтенанте Шестакове" грот-мачту по его образцу высотой 16,3 м начали устанавливать на остальных миноносцах серии. Дополнительными были выстрелы для шлюпок, специальные сигнальные огни (быстроходных кораблей, адмиральский и кильватерный), барбеты и подкрепления под 75-мм орудия (взамен 47-мм). Металлическую мебель вместо уже начатой деревянной изготовили по образцам, разработанным корабельным инженером Н.И. Егоровым для 350-т миноносцев. Отделку жилых помещений усовершенствовали парусиновыми щитами на рамах по указанию главного командира Черноморского флота Р.Н. Вирена.
Увеличили емкости цистерн питательной и питьевой воды. Кроме ручной подачи 75-и 120-мм боеприпасов, заводом была изготовлена также и элеваторная с приводом от ручных лебедок. Менялся и способ покрытия верхних палуб кораблей. Предлагавшаяся по спецификации толстая просмоленная лаком парусина была признана непрактичной по опытам в Балтийском флоте, но только после официальной сдачи кораблей их уже начинавшие ржаветь палубы решили покрыть линолеумом.
В августе 1908 г. перешедший первым в Севастополь "Лейтенант Шестаков" начал ходовые испытания, но контрактной 25-уз скорости добиться не удалось. Диаметр винтов уменьшили с 2,83 до 2,5 м, а площадь развернутой поверхности каждого с 2,3 до 1,9 м . Но и с этими измененными винтами вступивший в испытания "Капитан Сакен" достиг лишь 22-уз скорости. Частота вращения составляла только 300 об/ мин., вместо контрактных 350-360. Советы из Петербурга известного инженер-механика В.И. Афанасьева помогли добиться лишь 310 об/мин., и обескураженный завод заявил, что "наши миноносцы вследствие своеобразного образования корпуса не соответствуют условиям для определения формы и размеров винтов".
Для привлечения к делу "авторитетов морской техники" в Петербург со всей документацией отправился представитель завода А.Н. Харкевич. Винты пришлось проектировать вновь, и лишь в мае 1909 г. скорость каждого корабля подошла к контрактной: 24,26 уз у "Лейтенанта Зацаренного", 24,4 у "Капитан-лейтенанта Баранова", 24,58 у "Лейтенанта Шестакова", 24,78 у "Капитана Сакена". Проектная (6500 л.с.) мощность была перекрыта на каждом корабле, составив соответственно 6963, 6675, 7136, 7310 л.с. В недостатке скорости повинна была и перегрузка. Водоизмещение кораблей на испытаниях, даже за вычетом "министерской", принятой на себя заказчиком перегрузки 16 т и с контрактным запасом угля составило от 639 до 645 т, вместо 605 по контракту. При полных угольных ямах (вместимость до 214 т) водоизмещение соответственно увеличивалось.
Еще не вступившие в строй корабли, продолжая интенсивные испытания (включая прогрессивные на Лукульской мерной миле и 42-часовые пробеги в море) и доделочные работы в Севастополе и на Николаевском заводе, часто привлекались к маневрам и учениям флота. Вместе или порознь они совершали плавания в Николаев. Ялту, Феодосию, Одессу, участвовали в конвоировании царской яхты "Штандарт", а "Лейтенант Шестаков" под императорским брейд-вымпелом 3 сентября принимал смотр миноносцев флота. 18 сентября 1909 г. председатель приемной комиссии капитан 1 ранга И.Г. Васильев (он же начальник образованного кораблями дивизиона строящихся эскадренных миноносцев) подписал акт о приеме в казну "Лейтенанта Шестакова", за ним 30 сентября были приняты "Капитан Сакен" и "Капитан-лейтенант Баранов", а 3 октября "Лейтенант Зацаренный". Надежность их конструкции и доброкачественность работ лично в Севастополе проверяли председатель МТК генерал-майор по адмиралтейству А.Н. Крылов и товарищ морского министра контр-адмирал И.К. Григорович, под брейд-вымпелом которого "Лейтенант Шестаков" 17 октября 1909 г. совершил 20-узловой скоростью переход из Севастополя в Ялту и обратно.
И.К. Григорович, согласившись с предложением А.Н. Крылова принять миноносцы в казну, в своем докладе морскому министру подчеркивал, что на кораблях "исполнение работ отмечается законченностью и тщательностью при общей правильности и рациональности деталей конструкции".
Эскадренный миноносец "Капитан Сакен" в Севастополе.
Приказом по Морскому ведомству от 12 ноября 1909 г. корабли зачислили в действующий флот Черного моря. Они образовали второй дивизион эскадренных миноносцев и вместе с первым дивизионом (миноносцы 350 т серии "3" и "Ж") были сведены в минную бригаду. Но и после этого до конца года продолжалась энергичная "доводка" кораблей силами Севастопольского военного порта. Неоценимой была помощь командированных заводских специалистов, из которых И.К. Коносович, например, бессменно проплавал на "Капитане Сакене" 1,5 года сначала наблюдающим машинистом, потом гарантийным механиком. В течение декабря 1909 г. на каждом из четырех эсминцев взамен 75-мм пушки, временно смонтировали кормовой фундамент, установили по одному 120-мм орудию и приступили к их регулировке и испытаниям стрельбой. Орудия снабдили оптическими прицелами и начали осваивать ручные дальномеры системы Мякишева. Одновременно заканчивали оборудование радиорубок, подогнали в доке запасные винты, окрасились в защитный шаровой цвет, переделывали подачу к 120-мм орудиям, для которых элеваторы были признаны излишними.
В напряженных учениях осваивался широкий круг боевых задач, значительно расширенных с учетом опыта русско-японской войны. Привычными становились приемки мин заграждения в Сухарной балке и последующие учебные минные постановки, траления мин щитовыми тралами, ночные торпедные атаки и залповые торпедные стрельбы, разведывательные завесы и эволюции на полной скорости. Часть задач выполнялась в первых летних плаваниях с флотом у крымских и кавказских берегов и весенних двухсторонних маневрах. Успешными были и повторные прогрессивные испытания механизмов кораблей на предельной скорострельности с измерением упругих и остаточных деформаций. Редкие наблюдения о результатах обрастания кораблей за год были сделаны командиром "Капитана Сакена" капитаном 2 ранга Ф.А. Винтером. Так, при 160 об/мин. скорость составляла 11,82 уз вместо 12,7 уз, а при 220 об/мин. 15,55 вместо 17 уз. В полной мере достоинства кораблей, как первых в Черном море подлинных эскадренных миноносцев, проявились в последующих походах в 1911 г., когда флот, ввиду назревавшей балканской войны, совершил редкий в то время обход всех зарубежных берегов от анатолийского до балканского.
Первые изменения в артиллерийском вооружении кораблей произошли уже в декабре 1910 г., когда сняли броневые щиты с 75-мм орудий, а затем пришла очередь и самих этих орудий, давно признанных неподходящими для настоящих эсминцев. В декабре 1913 г. на "Капитане Сакене" приступили к замене пяти 75мм орудий одним 120-мм. К началу 1914 г. артиллерийское вооружение кораблей составляло по два 120мм орудия, из них носовое было установлено на полубаке, обеспечивая возможность ведения огня на значительном волнении. Ликвидировали и пресловутые спонсоны.
С августа 1911 г. 2-й дивизион миноносцев вошел в состав Черноморской минной дивизии, а в сентябре 1914 г, в связи с вступлением в строй новых эсминцев типа "Новик", корабли прежнего 2-го дивизиона составили 3-й дивизион. В 1914 ("Капитан-лейтенант Баранов") и в 1915 гг. корабли прошли капитальный ремонт. На каждом корабле к двум 120-мм орудиям прибавилось по две 47-мм зенитных пушки с углами возвышения до 80-87°, число принимаемых мин заграждения увеличилось до 50, вдвое больше (1 кВт) стала мощность новых радиостанций, установленных в 1916 г. на "Лейтенанте Зацаренном" и "Капитан-лейтенанте Баранове".