Современная теория эволюции, как назвал ее Гексли — «современный синтез», основана на концепциях классического дарвинизма. Тем не менее учение имеет своих противников, аргументация которых нередко совладает с критикой современных Дарвину оппонентов. В «Происхождении видов» ученый обстоятельно и убедительно дал многим из них ответ, который вполне бы удовлетворил добросовестных оппонентов, однако зачастую критики серьезно не знакомы с учением и демонстрируют только свое искаженное представление о нем. Считается, что положения Дарвина могли быть опровергнуты генетикой, начало развития которой оказалось вне поля зрения Дарвина. Но случилось обратное: генетика помогла раскрыть механизмы эволюции, расшифровать ее пути для крупных групп растительного и животного мира. В развитие синтетической теории эволюции, сформировавшейся к 30-м годам XX века, серьезный вклад внесли отечественные генетики школы профессора С. С. Четверякова, школы мирового класса. Ими было доказано, что мутации широко распространены в природных популяциях — эволюция продолжается. Это были передовые концепции своего времени, поскольку исследователи других стран, в том числе США, изучали в тот период мутации на уровне пробирки. Можно назвать ряд блистательных имен: Н. И. Вавилов, Н. К. Беляков, Н. К. Кольцов, Н. В. Тимофеев-Ресовский, С.Г Левит, И. И. Агол, С И. Давиденков и другие — эти ученые своими трудами развили эволюционную теорию, подготовили новый виток «современного синтеза». К сожалению, подготовленный ими виток начинался в мировой науке уже почти без участия отечественных ученых: в стране шел «ледниковый» для биологии период «лысенковщины».
В современном учении об эволюции выделились два главных направления — изучение эволюции внутри видов (микроэволюция) и анализ общих закономерностей эволюционного процесса в крупных масштабах (макроэволюция). Представления о возможностях изменения видов шагнули далеко вперед благодаря развитию молекулярной биологии, химии, математики, физики, вычислительной техники, ультраструктурной цитологии. Моделируя природные процессы, человек выращивает себе подобного в пробирке. А процессы макроэволюции, которые длились миллионы лет, в считанные минуты или часы может воспроизвести компьютер. В Институте эволюционной физиологии и биохимии РАН была выполнена серия экспериментов по машинному моделированию эволюции членистоногих и хордовых. В память компьютера заложили описание прототипа хордовых животных, типа дожившего до наших дней ланцетника, которое содержало 24 признака этого вида. Исходный вид мог преобразовываться в другие, причем с неопределенной — по Дарвину — изменчивостью. Прогрессивные и регрессивные изменения были равновероятными; исключались крупные скачки, например, появление хорошо развитого головного мозга.
После каждого временного шага (по палеонтологической летописи он равнялся бы одному миллиону лет) машина «перебирала» варианты, оценивая их по степени приспособленности. «Неприспособленные» стирались из памяти компьютера, а их ячейки занимали новые, прошедшие отбор. Так моделировались борьба за существование и естественный отбор. Исходный «праланцетник» породил множество рыбообразных существ (через сто временных шагов — сто миллионов лет). Через 350 миллионов лет появилось странное существо — хищник с развитой нервной системой, передвигающийся на двух ногах, с освобожденными передними конечностями. То ли австралопитек, то ли питекантроп.
Каждый новый эксперимент при одинаковых исходных данных и той же программе давал результаты, отличающиеся в деталях. Следует вывод — макроэволюция неповторима и непредсказуема в частностях. Для ее протекания не нужно никаких потрясений (космических катастроф или оледенений), которые только могут ускорить или замедлить эволюцию. Основной же движущей силой эволюции являются отношения членов биосферы между собой. Для нее достаточно ненаправленных, случайно оказавшихся полезными в данных условиях изменений. Это полностью подтверждало теорию эволюции Дарвина.
Расхожее представление: Дарвин доказал, что мы произошли от обезьян. Напрямую доказательств этому нет в трудах ученого. Есть попытка объяснения с точки зрения теории родственного происхождения многих сходств в живой природе. Сходное распределение костей в руке человека, например, и в крыле летучей мыши, плавнике дельфина, ноге лошади. Поразительное сходство зародышей млекопитающих, птиц, пресмыкающихся и рыб, взрослые формы которых так различны- Родство царств живой природы могло быть доказано только после расшифровки строения нуклеиновых кислот. И оказалось, что у бактерии и человека есть сравнимое, на уровне генов, строение белков, рибонуклеиновой кислоты, которая является носителем наследственности. Тем более вероятным представляется родство человека и обезьяны, хотя пока ученые сомневаются в том, какая порода этих животных предпочтительнее в качестве нашего предка.