Вместе с тем в постановлении указывалось на недопустимые недостатки, «выявленные за последнее время в работе органов НКВД и Прокуратуры». Среди главнейших из них назывались следующие:
«Во-первых, работники НКВД совершенно забросили агентурно-осведомительную работу, предпочитая действовать более упрощенным способом, путем практики массовых арестов, не заботясь при этом о полноте и высоком качестве расследования. (...)
Во-вторых, крупнейшим недостатком работы органов НКВД является глубоко укоренившийся упрощенный порядок расследования, при котором, как правило, следователь ограничивается получением от обвиняемого признания своей вины и совершенно не заботится о подкреплении этого признания необходимыми документальными данными (показания свидетелей, акты экспертизы, вещественные доказательства и пр.). (...)
Следственные дела оформляются неряшливо, в дело помещаются черновые, неизвестно кем исправленные и перечеркнутые карандашные записи показаний, помещаются не подписанные допрошенным и не заверенные следователем протоколы показаний, включаются неподписанные и неутвержденные обвинительные заключения и т.п.
Органы Прокуратуры со своей стороны не принимают необходимых мер к устранению этих недостатков, сводя, как правило, свое участие в расследовании к простой регистрации и штампованию следственных материалов. Органы Прокуратуры не только не устраняют нарушений революционной законности, но фактически узаконивают эти нарушения.
Такого рода безответственным отношением к следственному производству и грубым нарушением установленных законом процессуальных правил нередко умело пользовались пробравшиеся в органы НКВД и Прокуратуры — как в центре, так и на местах — враги народа.
Они сознательно извращали советские законы, совершали подлоги, фальсифицировали следственные документы, привлекая к уголовной ответственности и подвергая аресту по пустяковым основаниям и даже вовсе без всяких оснований создавали с провокационной целью «дела» против невинных людей, а в то же время принимали все меры к тому, чтобы укрыть и спасти от разгрома своих соучастников по преступной антисоветской деятельности. Такого рода факты имели место как в центральном аппарате НКВД, так и на местах. (...)
В целях решительного устранения изложенных недостатков и надлежащей организации следственной работы органов НКВД и Прокуратуры — СНК СССР и ЦК ВКП(б) постановляют:
2. Ликвидировать судебные тройки, созданные в порядке особых приказов НКВД СССР, а также тройки при областных, краевых и республиканских управлениях РК милиции.
Впредь все дела в точном соответствии с действующими законами о подсудности передавать на рассмотрение судов или Особого Совещания при НКВД СССР.
3. При арестах органам НКВД и Прокуратуры руководствоваться следующим:
а) согласование на аресты производить в строгом соответствии с постановлением СНК СССР и ЦК ВКП(б) от 17 июня 1935 года;
б) при истребовании от прокуроров санкций на арест органы НКВД обязаны представлять мотивированное постановление и все обосновывающие необходимость ареста материалы;
в) органы Прокуратуры обязаны тщательно и по существу проверить обоснованность постановлений органов НКВД об арестах, требуя в случае необходимости производства дополнительных следственных действий или представления дополнительных следственных материалов;
г) органы Прокуратуры обязаны не допускать производства арестов без достаточных оснований.
Установить, что за каждый неправильный арест наряду с работниками НКВД несет ответственность и давший санкцию на арест прокурор.
4. Обязать органы НКВД при производстве следствия в точности соблюдать все требования уголовно-процессуальных кодексов.
В частности: (...) 5. Обязать органы Прокуратуры в точности соблюдать требования уголовно-процессуальных кодексов по осуществлению прокурорского надзора за следствием, производимым органами НКВД.
В соответствии с этим обязать прокуроров систематически проверять выполнение следственными органами всех установленных законом правил ведения следствия и немедленно устранять нарушения этих правил; принимать меры к обеспечению за обвиняемым предоставленных ему по закону процессуальных прав и т.п.
6. В связи с возрастающей ролью прокурорского надзора и возложенной на органы Прокуратуры ответственностью за аресты и проводимое органами НКВД следствие признать необходимым:
а) установить, что все прокуроры, осуществляющие надзор за следствием, производимым органами НКВД, утверждаются ЦК ВКП(б) по представлению соответствующих обкомов, крайкомов, ЦК нацкомпартий и Прокурора Союза ССР;
б) обязать обкомы, крайкомы и ЦК нацкомпартий в месячный срок проверить и представить на утверждение в ЦК ВКП(б) кандидатуры всех прокуроров, осуществляющих надзор за следствием в органах НКВД;
в) обязать Прокурора Союза ССР тов. Вышинского выделить из состава работников центрального аппарата политически проверенных квалифицированных прокуроров для осуществления надзора за следствием, производимым центральным аппаратом НКВД СССР, и в двухмесячный срок представить их на утверждение ЦК ВКП(б).
7. Утвердить мероприятия НКВД СССР по упорядочению следственного производства в органах НКВД, изложенные в приказе от 23 октября 1938 года. В частности, одобрить решение НКВД об организации в оперативных отделах специальных следственных частей. (...)
Установить, что все следователи органов НКВД в центре и на местах назначаются только по приказу народного комиссара внутренних дел СССР.
8. Обязать НКВД СССР и Прокурора Союза ССР дать своим местным органам указания по точному исполнению настоящего постановления. (...)
СНК. СССР и ЦК ВКП(б) предупреждают всех работников НКВД и Прокуратуры, что за малейшее нарушение советских законов и директив партии и правительства каждый работник НКВД и Прокуратуры невзирая на лица будет привлекаться к суровой судебной ответственности.
Председатель Совета народных комиссаров СССР В. Молотов.
Секретарь
Центрального Комитета ВКП(б) И. Сталин».
Однако новый нарком не сразу добрался до самых высоких чиновников. Для этого требовалось время. Только 17 июня 1939 года Берия направил Ворошилову «имеющийся в НКВД СССР компрометирующий материал на работников Главной военной прокуратуры». Он был основан на показаниях ранее арестованных бывших заместителей и помощников Главного военного прокурора:
Гродко, Иосселья и Казаринского, а также бывших прокуроров военных округов: Оганджаняна, Бермана, Малкиса Малютина, Кузнецова.
В сообщении Берии указывалось, что в Главной военной прокуратуре существует еще не выкорчеванная заговорщическая организация, которую возглавляет сам Главный военный прокурор Н. С. Розовский. В нее входят два прокурора ГВП (Л. М. Брайнин и Д. С. Клебанов) и два помощника ГВП (Л. М. Калугин и А. Х. Кузнецов).
Вскоре он был арестован. Следствие длилось почти два года. И только за неделю до начала Отечественной войны он наконец предстал перед Военной коллегией Верховного суда СССР, осудившей его на 10 лет лагерей и 5 лет поражения в политических правах. Но Розовский протянул недолго и умер в ИТЛ в 1942 году. Одновременно с бывшим Главным военным прокурором оказался под следствием и его приятель — заместитель Вышинского.
Судьба заместителя Прокурора Союза ССР Григория Константиновича Рогинского описывается в книге государственных советников юстиции А. Г. Звягинцева и Ю. Г. Орлова «Заговор прокуроров». Именно он курировал органы НКВД, утверждал почти все обвинительные заключения по контрреволюционным делам, участвовал в подготовительных заседаниях Военной коллегии Верховного Суда СССР, присутствовал во время казни лиц, осужденных к расстрелу. А, в отсутствие Вышинского, исполнял и обязанности Прокурора Союза ССР.
Рогинский тоже родился в еврейской семье — в 1895 году в г. Бобруйске и также совершил головокружительную карьеру. До Октябрьской революции он нигде не работал, давая лишь частные уроки. В партию он вступил сразу после революции и уже в 1918 году двадцатитрехлетний коммунист встретился с Н. В. Крыленко, являвшимся тогда Председателем революционного трибунала и главным обвинителем по политическим делам. Эта встреча и определила его жизненный путь. Молодой человек приглянулся «прокурору», и он взял его к себе техническим секретарем.