В результате явного провала внешней агрессии было решено кардинально изменить тактику. Армас получил приказ вывести свои отряды из Гватемалы 30 июня и обосноваться в Гондурасе. Тем временем администрация США усилила свой нажим на правительство Гватемалы. Опираясь на реакционную военщину и пользуясь обстановкой острого соперничества между претендовавшими на власть в стране высшими офицерами, Перифуа развил большую активность в попытке организовать государственный переворот с целью свержения президента Арбенса и приведения к власти американского ставленника. «Операция Гватемала», потерпевшая на стадии вооруженной агрессии жестокое поражение, все же обернулась успехом, в который уже мало кто верил в Вашингтоне.
Обращает на себя внимание тот факт, что с появлением в Гватемале Перифуа всякая маскировка вмешательства США во внутренние дела суверенной страны была отброшена. На последнем этапе вторжения он неоднократно открыто признавал не только сам факт такого вмешательства, но и то, что лично был связан с силами заговорщиков и оказывал на них известное влияние. Из посольства США в Гватемале постоянно отправлялись военные директивы в штаб-квартиру Кастильо Армаса в Копане. Некоторые высшие чины армии, предавшие свою родину, выдавали Перифуа планы военных операций и сообщали о сугубо секретных действиях командования гватемальских вооруженных сил. Этим объясняется то, что авиация наемников заранее знала о передвижениях правительственных войск и атаковывала их на марше.
Конспиративные сборища реакционных офицеров гватемальской армии проходили в помещении посольства США. Там же обсуждалась и судьба законного президента страны: сначала замышляли физически устранить Арбенса, а потом было решено сохранить ему жизнь, если он добровольно откажется от власти.
25 июня возобновились бомбардировки столицы с самолетов, предоставленных американцами Кастильо Армасу. Чтобы вывести гватемальскую армию из повиновения и подтолкнуть ее на антиправительственные выступления, самолеты, проходя на бреющем полете над столицей и другими городами страны, разбросали тысячи листовок. В них сообщалось (о том же вещали и радиопередатчики), что правительство Арбенса замышляет распустить регулярные войска, которые будут заменены гражданскими полицейскими формированиями из рабочих. Это вызвало волнения в армейских кругах, особенно среди высших офицеров. Противники демократического правительства добились усиления оппозиционных настроений. В столице был инспирирован марш протеста рыночных торговок.
В этих условиях, в обстановке начинавшегося хаоса и непрерывно нараставшего нажима со стороны США, Арбенс, выслушав ультиматум офицеров-предателей, предъявленный ему 27 июня 1954 г., отказался от поста президента, считая, что этот акт облегчит разрешение гватемальского кризиса, о чем в тот же день сообщил по радио. Вынужденный уступить, он тем не менее выдвинул два требования: первое — будут уважаться жизнь и свобода всех граждан; второе — армия не сложит оружия и продолжит борьбу до полного изгнания захватчиков. На заседании, где в полном составе присутствовал кабинет министров, офицеры, совершившие предательство, дали клятву выполнить оба требования. Был подписан акт, в котором зафиксировали это обязательство.
Итак, правительство Арбенса было свергнуто, а сам он покинул страну. Произошло то, что Говард Хант называл «хирургической операцией». Президент Арбенс передал власть человеку, который хотя и считался в правительстве консерватором и противником наиболее радикальных реформ национальной революции, но пользовался его доверием. Это был командующий вооруженными силами полковник Карлос Энрике Диас.
Американцы не стали сразу ставить полковника Кастильо Армаса во главе правительства. Этим они хотели замаскировать свое участие в перевороте, подчеркнуть, что происходящее в стране будто бы не внешняя агрессия, а «восстание гватемальцев против гватемальского правительства». Именно так и заявил представитель США Генри Кэбот Лодж на заседании Совета безопасности 20 июня 1954 г. в ответ на предъявленное Соединенным Штатам обвинение в вооруженной интервенции.