Быстрое распространение рационалистических и протестантских учений в России начала века вовлекало в себя старые мистические секты, быстро их трансформируя. По таким изданиям, как Миссионерское обозрение, видно, что хлысты меньше беспокоили православных миссионеров в начале 20 века, чем в конце 19-го. Описывались, впрочем, разного рода промежуточные культы, которые миссионеры обозначали искусственными понятиями 'новохлыстовство' или'штундохлыстовство'. В 1890-х главным предметом миссионерских забот Синода становится 'штундизм' (от немецкого Stunde — час), быстро распространявшийся по югу России. Так в синодальных отчетах без разбору именовались все протестантские секты, членами которых были этнически русские. Этим актом классификации церковная бюрократия пыталась справиться с более чем реальной проблемой: инородцам, например немецким колонистам, она не могла запретить быть иноверцами, но пыталась воспрепятствовать конверсии русских. Церковь особенно боялась связей русских протестантов с их могущественными западными единоверцами. Называя сектантов 'штундистами', экзотизируя русские общины, описывая их похожими на хлыстов, церковь отрицала их родство с протестантскими сектами и пыталась нарушить их общение. На деле, в 'штундисты' оказывались зачислены русскоязычные евангелисты, адвентисты, а более всего баптисты.
Определенную роль в уменьшении реального влияния мистических сект сыграла эмиграция наиболее активных общин: часть меннони-тов сумела уехать в 1874 в США, часть духоборов в Канаду в 1898— 1900, часть хлыстов-новоизраильтян в Уругвай в 1912. Немалую роль в трансформации сектантских общин играло развитие толстовского движения-. В итоге революции 1905 года раскол добился свободы вероисповедования; но определяющую роль в этом событии играли старообрядцы, а не сектанты1. В событиях 1917 года и гражданской войне мистические секты заметного участия не принимали. После большевистской революции новая власть предпринимала систематические усилия по установлению союза с народными сектами2. Они, однако, не отзывались, либо не доверяя властям и предпочитая оставаться в подполье, либо будучи уже разрушенными, Отказ сектантов служить в армии определил невозможность сотрудничества между сектами и революционным правительством.
Для сект считается характерным взаимный антагонизм, отрицание другого, борьба за души и тела верующих. В тяжелые времена, однако, идейные разногласия уступали место сотрудничеству, которому (пособствовал постоянный переток членов между общинами. В 1883 Глеб Успенский наблюдал на Кавказе такую семью: «муж баптист, жена молоканка, мать ее православная, а отец 'общий'»3. В 1917 году к Самаре был «сектантский центр или клуб», которым управляла пожилая хлыстовка А. Т. Казокина. Она оказала помощь десяткам сектантов — субботникам, добролюбовцам, 'свободным', которые подвергались преследованиям за отказ от военной службы. На ее дочери, которая вперемежку посещала собрания баптистской и хлыстовской общин, женился толстовец И. Ярков4. Со слов этого мемуариста известна история Александра и Арины Баденковых, самарских хлыс-тов-'мормонов', которые около 1910 года сделались Добролюбовыми5. Арина долго еще тяготела к «радельному колесу», но когда здоровье ее испортилось, она окончательно покинула хлыстов. Как видно, до некоторой степени сектантство было единым миром, скрепленным человеческими связями и общим отношением к окружающему.
Остатки мистических сект продолжали существовать. Последние процессы над скопцами прошли в тридцатые годы6; хлысты же в это время известны только по этнографическим опросам в сельской глубинке. В 1960 году численность сектантов и старообрядцев в России оценивали в 2—3 миллиона7. Антирелигиозная пропаганда советского времени была более всего озабочена протестантскими сектами, в наибольшей степени баптистами.
По-видимому, народные мистические секты к началу 20 века пришли в относительный упадок и не представляли из себя заметной социальной и, тем более, политической силы. В исторической борьбе за народное сознание они проиграли сначала рационалистическим сектам, ориентированным на религиозную реформу, а потом светским энтузиастам, ориентированным на политическую революцию. Возможно, развитие мистических сект в 18-19 веках надо интерпретировать как самостоятельный ответ низших классов на те же потребности, которые в странах Центральной Европы породили протестантскую Реформацию. Одним из механизмов успеха Реформации был союз между массовым религиозным движением и интеллектуальными усилиями религиозно-культурной элиты. В послепетровской России такого единства достичь не удалось. Интеллигенция не смогла стать лидером религиозной реформы общенационального значения. Несмотря на интерес отдельных интеллектуалов, протестная активность тысяч полуграмотных мистиков оставалась изолированной в своего рода культурных гетто, где подвергалась систематическим репрессиям церкви и не отделившегося от нее государства. Упадок мистических сект к началу 20 века определялся, наряду с глобальными процессами секуляризации, их поглощением протестантскими общинами.