Другой важной компонентой политики дискриминации в странах Балтии стала ликвидация социальных институтов, которые воспроизводят национальную идентичность нетитульного населения.
Сразу после провозглашения независимости было запрещено преподавание в государственных высших учебных заведениях на русском языке и из вузов уволили подавляющую часть русских преподавателей. В Латвии учредили частный вуз гуманитарного профиля с преподаванием на русском языке – Балтийский русский институт. Филиалы этого вуза открыли в Литве и Эстонии. Однако власти двух последних республик под надуманными предлогами закрыли эти филиалы. По их мнению, даже за свои деньги русские не имели права обучаться в высшей школе на родном языке.
К началу 2000‑х годов обучение русских детей в государственных средних школах стали принудительно переводить на латышский, эстонский и литовский языки. В Литве на литовский язык принудительно переводилось также обучение польских детей. Из содержания школьных программ нетитульного населения целенаправленно изымалась всякая родная этническая компонента, а взамен навязывались ценности титульных народов.
Практически прекратилось финансирование из государственных и муниципальных бюджетов учреждений русской и польской культуры. Из музейных экспозиций исчезли артефакты, свидетельствовавшие о жизни нетитульного населения стран Балтии на протяжении последнего тысячелетия. Власти стали издавать книги и журналы, в которых история нетитульного населения представлялась в искаженном виде. Наибольшую известность получила книга «Латвия: история XX вв.», в которой концлагерь Саласпилс, в котором местные нацисты в годы войны осуществляли массовое уничтожение нетитульного населения, был представлен как обыкновенный трудовой лагерь. Государственные библиотеки перестали закупать книги, журналы и газеты на русском и польском языках, а старые книжные фонды на этих языках стали целенаправленно уничтожать.
Русское и польское население балтийских стран не может свободно восстанавливать старые и устанавливать новые памятники своим политикам, ученым, деятелям культуры, чем подрывается их ценностная система. Например, в Вильнюсе властями был снесен памятник русскому генералу И. Черняховскому, а памятник польскому поэту А. Мицкевичу восстановить не разрешили. В Таллине варварски перенесен из центра города на окраину памятник Воину-освободителю. В Риге предпринимались неоднократные попытки взорвать памятник Воинам-освободителям. Во всех трех республиках безнаказанно оскверняются захоронения советских воинов, русские, польские, еврейские кладбища. Отдельно следует отметить дискриминационное отношение властей к русской православной церкви: ей не возвращают конфискованные государством культовые и хозяйственные здания, не разрешают сделать выходными пасхальные и рождественские праздники. Все эти действия можно охарактеризовать как попытки стереть коллективную память нетитульного населения.
В-четвертых, нетитульное население балтийских стран подвергается запугиванию и деморализации со стороны правящих титульных элит. Русскому населению навязывается чувство вины за «советскую оккупацию», за мифические репрессии против латышей, литовцев и эстонцев, которые были в свое время, но носили исключительно социальный, а не этнический характер. С этой же целью активисты русских и польских общественных организаций подвергаются преследованиям со стороны полиции и спецслужб.
В качестве элементов политического давления на нетитульное население следует рассматривать и включение в состав государственной идеологии элементов национал-социализма. Например, на государственном уровне почитаются герои национальных формирований СС, празднуются дни образования нацистских войск, предоставляются государственные пособия и льготы бывшим легионерам войск СС и национальным партизанам, сражавшимся на стороне нацистов. Напротив, участники войны на стороне сил антигитлеровской коалиции пособия и льготы не получают. Некоторые из них, как, например, Василий Кононов в Латвии, были привлечены к суду и осуждены за то, что боролись с местными нацистскими формированиями в годы войны.
Под влиянием ассимиляционного давления правящих элит из сильно советизированного нетитульного населения бывших прибалтийских республик начали формироваться самостоятельные этнические общности. В Латвии, Литве и Эстонии возникли русские общности, в состав которых вошли практически все этнические великороссы, малороссы, белорусы и русифицированные этнические меньшинства. Процесс становления русских общностей затруднялся тем, что в составе их интеллигенции преобладали специалисты технического профиля, которые не владели навыками управления массами населения. В Литве сформировалась самостоятельная польская общность.