В 1679 году произошло знаменательное событие — был сооружён новый шестиярусный иконостас в Вознесенском соборе. Его особенность состоит в том, что иконы свидетельствуют о влиянии западноевропейской гравюры на русскую живопись того времени. Принято считать, что одним из образцов для иконостаса стали гравюры из известной Theatrum Biblicum (Лицевой Библии Пискатора), изданной за несколько десятилетий до этого в Голландии. Альбом Пискатора широко распространялся в России со стихотворными славянскими подписями. К счастью, иконостас Вознесенского собора сохранился. При закрытии монастыря в советское время его перенесли в кремлёвскую церковь Двенадцати Апостолов. Сохранилась и храмовая икона в драгоценном окладе 1686 года, которая находилась в более поздней — Екатерининской церкви.
Вознесенский монастырь стал важным духовным центром столицы государства — Москвы, и был им, даже когда столицей стал Санкт-Петербург. В XVII веке число монашествующих здесь превышало сто шестьдесят человек. XVIII век не стал исключением. Императрица Анна Иоанновна в 1730 году подарила обители серебряное кутейное блюдо. Затем, уже в 1731 году, к Вознесенскому храму пристроили северный придел в честь Успения Пресвятой Богородицы, а в 1732 году — южный в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость». В 1737 году в Кремле произошёл большой пожар, но он не нанёс большого ущерба монастырю.
Что же происходило позднее? Вот что пишет историк XIX столетия И. К. Кондратьев. «В соборной Вознесенской церкви иконостас украшен живописью старинного греческого письма. Царские врата обложены серебром и вызолочены. Возле Царских врат по левую сторону образ Смоленской Божьей Матери в серебряной вызолоченной ризе. За престолом крест с мощами, устроенный игуменьей Трефиной в 1816 году».
Действительно, с 1794 по 1819 год в монастыре настоятельницей была игумения Трифена (Слепцова, иногда её называли Трефиной). Упомянутый крест чудом сохранился до наших дней. Ныне он находится в Музеях Московского Кремля. Величественный запрестольный крест с четырнадцатью круглыми образами-мощевиками из соборного алтаря был по заказу монастыря изготовлен в 1816 году мастером Осипом Ивановым Смирновым в память об изгнании французов из Москвы в 1812 году. Святыню не раз использовали в крестных ходах.
Продолжим чтение труда историка Кондратьева. «По правую сторону Царских врат — образ храмовый Вознесения. По левую — Благовещения, святителя Николая и др. Из других святынь замечательны два золотых напрестольних креста — дар царя Михаила Фёдоровича, водосвятная серебряная чаша — дар царя Алексея Михайловича, семь серебряных блюд, золотые потир, дискос, звезда, лжица (ложка), к потиру ковшичек — дар императрицы Анны Ивановны, два Евангелия на александрийской бумаге, обложенные серебром и украшенные жемчугом и каменьями. Из особенно достопамятных святостью и древностью утварей замечателен образ чудотворный Божьей Матери Казанской. Образ этот украшен крупным жемчугом и разными дорогими каменьями. Он находится в тёплой Екатерининской церкви на хорах».
Автор называл среди гробниц обители «древнейшей и богатейшей» — гробницу самой основательницы монастыря, преподобной Евфросинии. Она располагалась у правой стены церкви, недалеко от боковой южной двери. К другим подробностям описания монастыря, сделанного в XIX столетии, можно добавить следующие. «Из других гробниц особенно замечательны при входе в старую соборную церковь на правой стороне подле стены: государыни царицы Анастасии Романовны, первой супруги Грозного, второй супруги — Марии Темрюковны, третьей — Марфы Васильевны Собакиной, седьмой — Марии Фёдоровны. Затем идут гробницы: Елены Васильевны (Глинской), царицы Евдокии Лукьяновны (Стрешневой), второй супруги царя Михаила Фёдоровича, царицы Марьи Ильиничны Милославской, первой супруги царя Алексея Михайловича, царицы Натальи Кирилловны (Нарышкиной), второй супруги царя Алексея Михайловича, несколько гробниц дочерей Михаила Фёдоровича и Алексея Михайловича. Здесь же погребена и царица Ирина Фёдоровна: она одна из фамилии Годуновых покоится в стенах Кремля…
За левым столпом подле западных дверей на левой стороне у стены: гробницы царицы Марии Владимировны (Долгорукой), первой супруги царя Михаила Фёдоровича, царевны Анны Алексеевны, старицы Иулианы, супруги боярина Романа Юрьевича Захарьина и матери известной добродетелью своей Анастасии, первой супруги Ивана Грозного.