Крепкое сложение Батенькова, его молодость и, вероятно, хороший за ним уход содействовали скорому его выздоровлению. После полуторамесячного пребывания в госпитале он поступил снова в свою батарею, так как в это время Монмираль был занят уже русскими войсками.
По возвращении армии в Россию Батеньков выдержал экзамен на звание инженера и уехал на службу в Томск. Здесь в 1819 г. Сперанский, ревизовавший сибирские учреждения, его заметил и оценил его способности. Он пригласил его к себе на службу в Иркутск, где Батеньков и состоял при генерал-губернаторе Сперанском до самого отъезда последнего в Петербург в 1821 г. Во время своей службы в Иркутске он выполнял самые разнообразные поручения. Укажу на некоторые из его многих работ, исполненных по указанию Сперанского. Он укреплял берега Ангары, исследовал путь вокруг Байкала, собирал статистические сведения о Сибири, составил и напечатал в Иркутске учебник геометрии для ланкастерских школ, написал проект устава о ссыльных и принимал самое близкое участие в работах Сперанского по преобразованию сибирских учреждений.
Блестящие способности Батенькова, неутомимость его в работе, основательность его трудов и, может быть, всего более одинаковость нравственных понятий сблизили с ним Сперанского. Между молодым инженером и сибирским генерал-губернатором установилась такая тесная связь, что Батеньков по возвращении его в Петербург в 1821 г. поселился у Сперанского и при помощи последнего был назначен производителем дел в сибирском комитете и членом совета военных поселений. Внимание, оказываемое Батенькову всесильным в то время гр. Аракчеевым, обещало ему блестящую служебную карьеру. Современники Батенькова считали его очень честолюбивым человеком; на эту черту его характера указывает и «Донесение следственной комиссии». Но если он и действительно предавался честолюбивым мечтам, им не суждено было сбыться. В конце 1825 г. он принужден был оставить службу в совете военных поселении, а в последних числах декабря этого года был арестован, обвинен в заговоре против правительства и приговорен к 20-летней каторжной работе. Из «Донесения следственной комиссии» видно, что хотя он и не был членом тайного общества, но сблизился со многими из заговорщиков, высказывал полное сочувствие их планам и ободрял их к действию.
Батеньков не был сослан в Сибирь в каторжную работу. Он был отвезен в форт Свартгольм, находившийся на Аландских островах, затем обратно привезен в Петропавловскую крепость, где и пробыл 20 лет в одиночном заключении. Камера Алексеевского равелина, в которой содержался Батеньков, была 10 аршин в длину и 6 в ширину, при 4-аршинной высоте. Страже было запрещено говорить с заключенным. Ежедневно, утром и вечером, в определенные часы, в камеру входил офицер наведаться о здоровье арестанта и спросить, не надо ли ему чего; но офицер этот не вступал ни в какие разговоры и не отвечал ни на какие вопросы. Первое время Батеньков находился безвыходно в запертой камере. В этой же камере его лечили, когда он был болен; в нее же, великим постом, приходил священник исповедовать и приобщать св. тайн заключенного. Такой порядок содержания в крепости, как узаконенный, соблюдался строго, но во всем остальном к заключенному относились крайне внимательно. Батеньков мне рассказывал, что когда он убедился, что не скоро освободят, то, желая сохранить здоровье, страдавшее уже от недостатка движения, он отказался от мясной пищи. Ему стали тогда подавать очень хороший обед, без мясных блюд, нередко приносили ему любимые им фрукты, а иногда и конфеты; по его просьбе давали ему также легкое французское вино пли рейнвейн. Во время болезни уход за ним был очень внимательный. Летом, в хорошую погоду заключенного выводили под караулом на некоторое время в садик Алексеевского равелина. Здесь Батеньков посадил однажды зерно из съеденного им яблока и к концу заключения мог уже отдыхать под тенью яблони, выросшей из этого зерна. По прошествии первых трех лет заключения в крепости, Батенькову было дозволено прохаживаться по коридору, прилегающему к дверям его камеры и постоянно охраняемому часовыми. Ему давали и книги, по исключительно набожного содержания. По его просьбе ему принесли Библию на нескольких языках, изучение ее не только историческое, но и филологическое было его постоянным занятием в крепости. Языков еврейского, греческого и латинского он ранее совершенно не знал, но через сличение текстов полиглотной Библии, он наконец дошел до того, что свободно читал ее на этих языках. Есть указание, что он занимался в крепости математикой, по занятие это могло состоять только в умственном решении математических задач, так как у него не было ни бумаги, ни чернил. В продолжение долгого заключения были минуты, когда умственные занятия по в состоянии уже были успокоить расшатавшиеся нервы. По словам Батенькова, иногда через два, иногда через три года он требовал бумаги и чернил, чтобы написать письмо государю. Он мне подробно рассказывал содержание некоторых из этих писем. Опп состояли из общих рассуждений о правительстве. Вслед за отдачей каждого письма содержание Батенькова в крепости делалось более строгим и затем мало-помалу опять смягчалось.
В феврале 1846 г. Батеньков был по высочайшему повелению отправлен из крепости на поселение в г. Томск. В первый день по прибытии в этот город Батеньков был очень озабочен приисканием квартиры, так как домовладельцы опасались иметь у себя такого ссыльного постояльца, по на другой день Н. И. Лучшев сам предложил ему переехать к нему в дом. В семье Лучшевых Батеньков прожил в полном спокойствии 10 лет, до самого выезда его из Сибири; семья эта сделалась как бы его родной семьей.
Я познакомился с Батеньковым через восемь лет по освобождении его из крепости, по следы долгого в ней пребывания были в нем очень заметны. Он не мог хладнокровно видеть затворенных в комнате дверей, и когда по возвращении из ссылки он останавливался у меня, в Москве, то никогда не затворял на ночь дверей своей спальни. Вследствие долговременной отвычки от разговора, употребляемые им выражения иногда были недостаточно ясны, хотя общий смысл их был понятен. Он часто задумывался, и его лицо сохраняло почти всегда суровое выражение, хотя в сущности он был человек очень добрый. На умственные способности Батенькова крепость не имела никакого влияния: он был человек замечательно умный и в его интересных рассказах характеры знакомых ему лиц обрисовывались им необыкновенно топко. В обществе он избегал обсуждения политических вопросов, но когда мы оставались вдвоем, он свободно высказывал мне свои убеждения, ничем не стесняясь. Разговор мой с ним нередко касался его отношений к Сперанскому. Он всегда говорил о нем с глубоким чувством любви. Привожу отзыв Батенькова об этом замечательном государственном человеке, записанный мною вскоре после того, как он был высказан.
«Сперанскому, — сказал мне Батеньков, — я всем обязан, даже и тем, что я в Сибири. Первый раз, когда я его увидел, меня поразила определенность, с какою он говорит. Этого не встречается у нас почти ни в ком: обыкновенно ставят слово, какое попадется, не думая о точном его значении. Сперанский, напротив, строго определял и слово, и мысль, которая в них заключалась. Сперанского даже и в наше время немногие понимали, он шел впереди своего времени.
Его все считают честолюбивым человеком, между тем как в нем не было и тени честолюбия. Это мнение основано на его жизни по возвращении из ссылки, но забывают, что эта ссылка продолжалась и в Петербурге, что ему нельзя уже было действовать; у пего по-прежнему были скованы руки, а потребность действовать была страшная. Он был человек твердых убеждений, нисколько не жалевший себя для дела. За убеждения свои он готов был идти и в ссылку, и в каторжные работы. Он ничего бы не побоялся; но если Вы видите в нем потом другого человека, то не потому, что он действовал из страха, по потому, что он видел, что не мог действовать, не сделав уступок. Врагов у него было много; я помню, раз у меня был с ним разговор о возможности ссылки: «Ну что ж, — сказал оп, — наденут колодки и поведут, что за важная вещь колодки, да они и стоят всего два с полтиной, чего же их бояться?». Вы знаете, что главною причиной гонения против него было то, что он попович: всех ужасно оскорбляло, что попович имеет такое влияние на государственные дела, по Вы, может быть, не знаете, какое уважение имели к его характеру и уму. Когда его вернули из Сибири, то к нему тотчас же приехали все посланники, весь дипломатический корпус. И точно, он был неизмеримо выше всех своих современников и по характеру, и по уму».