Различие между логическим мышлением и перцепцией отчетливо видно на примерах людей, страдающих нарушением сенсомоторной зоны головного мозга. У таких людей проявляется синдром контралатеральной потери чувствительности. В мозг этих людей не поступают сигналы от определенной части их тела. Например, если у этих людей поражено правое полушарие, то они могут ощущать свою левую руку онемевшей, хотя с ней все в порядке. Впрочем, такие люди чаще будут полностью игнорировать ту часть их тела, которая больше не представлена в сенсомоторной коре. К примеру, они могут продевать правую руку через рукав рубашки, а левый рукав оставлять ненадетым. Сакс (1995) описывает человека с таким нарушением, который в течение всей ночи был вынужден возвращаться в кровать каждый раз после того, как сваливался на пол. Когда его спрашивали о причинах этого, он утверждал, что пытался избавиться от чужой ноги, которая находилась на одной с ним кровати. Конечно, каждый раз, когда он пытался скинуть чужую ногу с кровати, остальная часть его тела следовала за ней, поскольку «чужая нога» является его собственной! Бесполезно пытаться с ним спорить, используя логические рассуждения. Даже если это абсолютно здравомыслящие и умные люди, они не могут уяснить тот простой факт, что конечность, которую они больше не чувствуют, является частью их собственного тела, и ничем другим быть не может.
Иллюстрацией модульного принципа организации является использование информации или знаний, хранящихся в головном мозге. Головной мозг, вероятно, группирует информацию интуитивно, не очевидным образом. У одних людей с повреждением головного мозга происходит потеря понятия инструментов, хотя сохраняется понятие животных, у других же наблюдается обратная картина. Были случаи, когда люди не могли идентифицировать музыкальные инструменты по их изображениям, но по-прежнему узнавали эти инструменты, когда слышали их звучание. Еще более удивительно то, что за такие абстрактные понятия, как размер, отвечают специфические участки головного мозга. Одна женщина перенесла нейрохирургическую операцию из-за тяжелой формы эпилепсии, и хирург дотрагивался с помощью электрода до участков коры больших полушарий ее головного мозга, с тем чтобы установить, какие именно зоны не должны быть повреждены. Когда электрод коснулся определенного участка, она потеряла способность давать суждения о размерах. Когда задавался вопрос типа, что больше, пчела или дом, она отвечала случайным образом.
Даже когда дело касается способностей, которые могут казаться едва ли не метафизическими по своей природе, например способности к преднамеренному или волевому действию, то оказывается, что и они управляются специфическими зонами головного мозга. Без нормального функционирования префронтальной коры больших полушарий люди не могут строить планы и осуществлять поведение, необходимое для их выполнения. Именно из-за последствий повреждения префронтальной доли в 50-е и начале 60-х годов XX века широко применялась хирургическая операция, получившая название префронтальной лоботомии. Изначально эта операция применялась для лечения психически больных, представлявших угрозу для себя и окружающих. Удаление или разрушение префронтальных долей у этих людей, бесспорно, действовало успокаивающе, вследствие чего операция получила широкое распространение по всему Западу. Префронтальная лоботомия не улучшала психологического состояния больных. Любой бред или психическое искажение реальности, которые испытывали люди до хирургического вмешательства, не покидали их и потом. Нарушалась именно их способность действовать в соответствии со своими бредовыми идеями и импульсами. Любопытно отметить тот факт, что разработчик префронтальной лоботомии Эгаз Мониц погиб от рук одного из своих пациентов, который ранее перенес подобную процедуру и явно сохранил достаточно воли и стремления, чтобы отомстить хирургу.