Если бы Керкинитида добилась на рубеже IV—III вв. до н. э. независимости, то логичнее было бы — для пропаганды своей автономии — воспроизвести наименование родного полиса в исконно ионийской форме, что, как известно, сделано не было. Все вышесказанное предполагает синхронность херсонесской присяги и последней монетной серии Керкинитиды. В ином случае (неважно, клятва более раннего или позднего времени) возможно и другое объяснение, например, власть в Керкинитиде захватили «отпавшие» олигархи. При таком развитии событий легко оправдать сходство монетного чекана обоих городов, в том числе и совпадение личных имен. Дорийский урбоним на монетном кружке мог подчеркивать оппозиционность по отношению к Херсонесу, а не автономию ионийской общины Керкинитиды.
В конце первой трети III в. до н. э. все степное Причерноморье и смежные с ним территории постигла катастрофа регионального масштаба, когда практически одновременно погибли или прекратили существование Великая Скифия, полисные хоры и сельские поселения Европейского Боспора. Губительный смерч пронесся по всей херсонесской хоре. Так, вблизи Керкинитиды в рассматриваемое время гибнут такая сильная крепость, как «Чайка», а также другие поселения, сельскохозяйственные усадьбы в непосредственной близости от стен города, на берегу Мойнакского озера. Сами же обитатели упомянутых поселений, вероятно, укрылись за стенами Керкинитиды.
Сразу же после того, как обстановка в регионе более или менее стабилизировалась, вероятно, в рамках всего Херсонесского государства постепенно укрепляют обороноспособность основных опорных пунктов. Так, усиливаются дополнительными поясами куртины на наиболее уязвимых - с севера и с запада - участках обороны Керкинитиды, а само городище поперек центральной части перегораживается мощной крепостной стеной толщиной 2,65-2,70 м. Она поделила всю территорию города примерно на две равные части. Таким образом, был возведен дополнительный рубеж обороны, защищавший приморскую часть Керкинитиды.
70-30-е гг. можно назвать «темными» десятилетиями в истории Керкинитиды, как, впрочем, и всего Северо-Западного Крыма. При раскопках памятника не найдено ни одной херсонесской монеты, относящейся к этому историческому периоду. Лишь несколько их экземпляров в конце XIX - начале XX вв. было приобретено в Евпатории. Добавим к сказанному: до сих пор в некрополе Керкинитиды не обнаружено ни одного погребения, четко относящегося к III в. до н. э.
Начало оживления экономики Херсонеса приходится на середину 30-х гг. III в. до н. э., когда поднимаются из руин заброшенные поселения, восстанавливаются усадьбы на берегу Мойнакского озера. Если только судить по количеству заселенных пунктов, освоенная хора значительно уступала по своим масштабам периоду ее первоначального расцвета. После почти полувекового более или менее стабильного существования хоры начинается процесс ее увядания. Уже в начале II в. до н. э., где-то на рубеже первой и второй четвертей, погибают или прекращается жизнь в поселениях вблизи Керкинитиды, таких как Чайка, Песчанка, Ново-Федоровка, Кизил-Яр и др.
Во второй половине II в. до н. э. Херсонес утратил все владения на западном побережье Крыма, включая и расположенные тут малые города Керкинитиду и Калос-Лимен. Как показали раскопки, их население покинуло обжитые места в связи с вполне реальной опасностью прямого захвата укреплений скифами. Вся территория Северо-Западного Крыма была включена в состав Малой Скифии Скилура и полностью заселена скифами, следы постоянного пребывания которых отмечены практически на всех памятниках. Для нас, однако, остается не до конца решенным вопрос о том, когда точно произошла утрата хоры и Керкинитиды. Обычно это событие относят к середине II в. до н. э. (Щеглов, 1978, 131). Переход города в руки скифов мы датируем 40-ми гг. II в. до н. э. Основанием для такого предположения послужила найденная на территории городища афинская тетрадрахма 151/150 гг. до н. э.
За все время нахождения Керкинитиды в составе Херсонесского государства (более чем 200 лет), как это ни странно, территория города не расширялась, не производилась капитальная перестройка жилых кварталов, а лишь локальное строительство и текущий ремонт. Вся деятельность сводилась к реконструкции оборонительных сооружений, возведению перегораживающей город — примерно пополам — новой крепостной стены, то есть усилия направлялись на обеспечение безопасности населения и предотвращение захвата Керкинитиды скифами.