Керкинитида оставалась последним оплотом на отдаленной хоре Херсонеса и была оставлена ее обитателями и гарнизоном. Видимо, угроза захвата города стала настолько реальной, что Херсонес полностью эвакуировал население. На руинах греческого города во второй половине II в. до н. э. возникло скифское поселение. Как показали раскопки памятника, оно не было обнесено крепостными стенами, а более ранние греческие фортификационные сооружения были разобраны скифами до основания. Более того, скифская застройка вышла за пределы периметра более ранних оборонительных стен. В самом конце II в. до н. э. Керкинитида, как, впрочем, и остальные поселения Северо-Западного Крыма, была освобождена от варваров понтийским экспедиционным корпусом под предводительством Диофанта, полководца известного царя Митридата VI Евпатора. Видимо, слухи о приближении понтийских войск заставили скифов срочно покинуть заселенные ими места. Воины Диофанта занимали уже опустевшие поселения бывшей херсонесской хоры. Диофантовы войны в последнее время относят к 113—111 гг. до н. э.
По всей видимости, небольшие Понтийские или херсонесские гарнизоны были оставлены в наиболее важных пунктах западного побережья Крыма, в том числе и в Керкинитиде, хотя их остатков пока не обнаружено. Несмотря на полное поражение скифов и их союзников, Херсонес не воспользовался плодами этой победы: подорванная длительными войнами экономика не позволила ему вновь восстановить свою аграрную округу, хотя бы в минимальных размерах. Практически ни на одном памятнике Северо-Западного Крыма нет следов возобновления херсонесской деятельности. Эти памятники так и остались в руинах.
Дальнейшая судьба Керкинитиды нам практически не известна. Каких-либо строительных остатков и четко выраженных культурных отложений I в. до н. э. — первых веков нашей эры на территории древнего городища пока не выявлено. Однако отдельные керамические находки, относящиеся к указанному времени, встречаются на памятнике, но особенно обильно они представлены — в качестве керамического боя — на дне современной Евпаторийской бухты. Последнее упоминание Керкинитиды в письменных источниках относится к 134 г. В «Перипле» Арриана приведено расстояние в шестьсот стадиев от Херсонеса до Керкинитиды и от последней до Прекрасной Гавани — в семьсот [Arr. 30]. По всей видимости, это свидетельство указывает на продолжающееся использование при плавании вдоль побережья керкинитидской бухты, расположенной посреди западного побережья полуострова. Нельзя исключить и возможность существования какого-то поселения не городского типа над остатками древнегреческого города, которое нам еще предстоит открыть.
Общая характеристика памятника. Керкинитида была основана на выступающем в Каламитский залив мысу, на незначительном пространстве между современной Евпаторийской бухтой, берегом моря и балкой, в низовьях которой находился небольшой мелководный лиман. Уровень моря во время выведения сюда древнегреческой колонии находился приблизительно на отметке минус 2 м, а следовательно, конфигурация античного побережья в районе Евпатории мало отличалась от современной: кромка берега в то время проходила на расстоянии не более 100 м от нынешней.
Сейчас территория древнего городища представляет собой прямоугольное всхолмление, размерами 400×135 м, вытянутое с юго-востока на северо-запад. Культурные отложения памятника залегают над береговым песчаным валом, на снивелированной поверхности которого начинали свою строительную деятельность колонисты. Отложения имеют мощность до 5 м, не считая современного баластного слоя. Их нижний горизонт сейчас подтоплен грунтовыми водами — в результате трансгрессии Черного моря от 0,30 и до 1,7—1,8 м.
В поперечном вертикальном сечении культурные отложения напоминают трапецию с приблизительно одинаковыми сторонами. Такой силуэт античных напластований объясняется прежде всего тем, что они накапливались внутри периметра крепостных стен, в дальнейшем почти полностью разобранных. Поскольку, как выяснилось в процессе раскопок, Керкинитида являлась сырцово-каменным городом (основным строительным материалом служил сырцовый кирпич), культурные отложения памятника представляют собой мощные развалы сырцовых кладок, разделенные глинобитными полами, утоптанными золистыми поверхностями, каменными и галечными вымостками и строительным отесом. Причем подобные напластования накапливались не перманентно, а в результате периодического и сознательного разрушения обветшалых стен и нивелирования их продуктов. Разравнивание сырцовых развалов каждый раз приводило к значительному повышению дневной поверхности квартала — на 0,6—0,8 м. Эти завалы преимущественно желтого цвета, реже светло-серого оттенка. Их цвет меняется в зависимости от времени года и влажности атмосферы.