В третьей главе «Позднее Средневековье и раннее Новое время» Льюис, вкратце обрисовав геополитическую обстановку еврейской жизни от Центральной Азии до Марокко, концентрирует затем основное внимание на Османской империи, которая по сравнению с классическим периодом предлагает «столь широкие возможности», однако же, «столь малы достижения». Льюис излагает содержание примечательных документов, обнаруженных в османских архивах, а также других материалов, связанных с этим периодом. С 1984 года с этими данными проведена большая дополнительная работа, и соответствующий грант в немалой степени обязан своим появлением новаторским результатам Льюиса и поощрению его дальнейших исследований. Подробные данные о еврейской демографии, предоставленные архивными документами Османской империи, уникальны в еврейской историографии периода до младотурецкой революции. Общинная жизнь и интеллектуальный вклад османского еврейства, представленные во множестве еврейских источников, значительно отличаются от того, что имело место в классический период ислама, в том числе и из-за наличия сильного европейского элемента в виде испаноязычных изгнанников из Иберии, а также пришедших вслед за ними эмигрантов, спасающихся от христианских преследований. Эти эмигранты прежде всего были полезны империи своими предпринимательскими способностями.
На практике османская политика в отношении евреев была не особо обременительной, султаны подчас покровительствовали евреям за их экономические навыки и международные контакты, а также потому, что правители предпочитали их бесспорно лояльную службу деятельности своих греческих, армянских и христианских арабских подданных. В целом же взаимодействие евреев и турок не ознаменовалось проявлением такого культурного симбиоза, который имел место в классический период. Да и сама еврейская жизнеспособность после цветущего XVI века постепенно скатилась до упадка в веке XVII, отчасти в результате упомянутой экономической конкуренции, но в целом упадок отражал растущую слабость самой Османской империи. Режим стал менее толерантным, хотя наихудшие эксцессы были спровоцированы христианами, в частности кровавым наветом. Такое порой случалось и в XVI веке, а затем чаще, с более серьезными последствиями, в веке XIX.
То обстоятельство, что в третьей главе основное внимание уделено османскому еврейству, отражает собственные научные интересы Льюиса и его намерение стимулировать исследования этого несколько забытого периода. Глава завершается относительно короткой кодой о Марокко и Иране. «Исторический закон» о том, что плюрализм действует во благо евреям, Льюис иллюстрирует изображением убогого положения марокканского еврейства — единственной общиной зимми, оставшейся в стране. Евреи Ирана в этот позднесредневековый/раннесовременный период страдали от доктрины скверны и периодических давлений ради обращения в ислам. Положение дел не улучшилось и при Каджарах (1794–1925).
В последней главе Льюис описывает то, что он назвал «Конец традиции». Картина еврейской жизни в XIX веке, будь то в Иране, Марокко или Османской империи, выглядит весьма удручающе. Кровавые наветы, внедрение методов европейского христианского антисемитизма в исламский мир распространяются по нарастающей, хотя проводниками выступают обычно христиане, а не мусульмане. Также по нарастающей идет проникновение западных держав на эти территории для защиты собратьев-христиан и собственных национальных интересов. Что касается евреев, то такие европейские организации, как французский Alliance Israélite Universelle, выступают в их защиту, не забывая в то же время и о французской миссии «цивилизовать» «отсталый» исламский мир. Худшим местом для евреев в этот период оказывается Иран. Османская империя, занятая реформами, включающими и полное упразднение зиммы, аттестуется Льюисом гораздо более позитивно.
Как и для предшествующих столетий, среди многих причин ухудшения еврейской жизни в эту последнюю эпоху Льюис выделяет упадок власти и отсутствие у мусульман уверенности в себе, на сей раз из-за «мертвой хватки» британского, французского и российского вмешательства — словом, западного империализма. Нетерпимость мусульман по отношению к немусульманскому населению — в первую очередь к более многочисленным европейским христианам, но в конечном счете также и к евреям — нарастает прямо пропорционально вновь обретенному влиянию и защите, которые многие немусульмане получают от западных держав. Если что-то из общей «иудео-исламской традиции» еще сохранялось в XIX веке, то Льюис рассказывает скорее о том, что иностранное вмешательство и еврейская восприимчивость к европейскому образованию и модернизации стали вбивать клин между евреями и их мусульманскими соседями. В то же время восточные христиане, стремясь причинить неудобства своим еврейским бизнес-конкурентам, все чаще обращались к антисемитизму в европейском духе. Со своей стороны, евреи Османской империи, в отличие от греков и армян, не соблазнились ни европейским образованием в виде школ, ни другими атрибутами модернизации по крайней мере до конца XIX века; в этом они отличались даже от евреев Северной Африки, живущих в странах под французским колониальным правлением.