Тем временем ситуация не улучшалась, и часть беженцев в поисках выхода стала перебираться в крупные города, что вызвало жалобы местных комитетов ЕКОПО на невозможность принимать новых беженцев. Некоторые из них на пути в родные места, то есть на оккупированную противником территорию, застревали в Петрограде. Наплыв беженцев к концу лета еще более обострил продовольственный кризис в столице. Видимо, это побудило Министерство внутренних дел обратиться в национальные организации помощи с просьбой принять меры к широкому оповещению беженцев о безусловном воспрещении им приезда в Петроград и в Москву. Не исключено также, что правительство, напуганное вооруженными выступлениями большевиков, опасалось того, что беженцы, как радикализированный элемент, могут повлиять на и так неустойчивую политическую ситуацию в Петрограде. В сентябре представители петроградских общественных организаций специально выезжали на станции Дно и Бологое распределять по разрешенным для проживания губерниям прибывшую туда огромную волну беженцев.
Между тем положение беженцев повсеместно продолжало ухудшаться с каждым днем. В этих условиях Петроградский комитет вновь стал тем центром, куда поступали жалобы на местные беспорядки и произвол, просьбы о помощи со всех концов страны. С другой стороны, в беженской массе развилось крайнее недовольство самим Комитетом, распространялись слухи о злоупотреблениях, растратах беженских средств. Беженцы все настойчивее добивались контроля над распределением помощи, угрожая пожаловаться на Комитет Временному правительству или Совету рабочих и солдатских депутатов. Иногда эти угрозы выполнялись.
Вследствие Октябрьского переворота число желающих вернуться домой, видимо, возросло. К ним прибавились и стремившиеся на родину демобилизованные солдаты. Поэтому усилия ЦК ЕКОПО сконцентрировались на решении проблемы реэвакуации. Для разработки конкретного плана реэвакуации в январе 1918 г. в Петроградском Комитете ЕКОПО было решено образовать комиссию с участием представителей ОПЕ, ОЗЕ, ОРТ и ЕКО. Комиссия должна была заняться также и помощью военнопленным по возвращению их в Россию. Подписание мирного соглашения в Брест-Литовске дало надежду на решение проблемы. Тем не менее в своем обращении, опубликованном в апреле, Комиссия (преобразованная к тому времени в комитет) призвала еврейских беженцев не рваться на родину, так как условия возвращения туда могли оказаться невыносимо тяжелыми, позиция германских оккупационных властей еще не была тогда установлена, транспорт был расстроен.
Несмотря на значительные трудности, испытываемые еврейскими общественными организациями социальной помощи в связи с приходом большевиков, последним не удалось быстро прекратить их деятельность, так как число нуждающихся было велико, а средств у новой власти катастрофически не хватало. Закрыв общественные организации, большевикам пришлось бы самостоятельно заботиться о тысячах жертв погромов и войны, беженцах, сиротах, стариках, бездомных. Кроме того, участие еврейской общественности в деле помощи обеспечивало приток средств от иностранных еврейских организаций, которые не дали бы денег прямо большевикам. В этих условиях задача еврейских коммунистов — нейтрализовать влияние общественных деятелей на «еврейскую массу» — казалась невыполнимой. ЕКОПО, ОЗЕ и ОРТ были успешно зарегистрированы Евотделом Петрогубнаца в 1918 г. и, несмотря на растущие трудности, продолжали свою работу.
Так как немедленно после своего образования Евком установил жесткий контроль над денежными операциями ЕКОПО, а национализированные банки отказывались выдавать Комитету принадлежавшие ему деньги, Комитет оказался в труднейшей ситуации. Даже библиотека ЕКОПО в августе 1918 г. была реквизирована и перевезена в Евком к услугам только что образованной редакции Ди Коммуне. ЦК ЕКОПО, потеряв самостоятельность и большинство источников финансирования, пытался какое-то время продолжать свою деятельность, обменивая финансовые обязательства иностранных еврейских организаций помощи на средства, собранные русскими сионистами для отправки в Палестину, а также на деньги частных лиц, стремившихся перевести их за границу. Так, хотя и в трудных условиях, ЕКОПО продолжал функционировать вплоть до бегства его председателя Слиозберга в Финляндию в марте 1920 г.