Аналогичные трудности испытывали и другие центральные организации помощи. Октябрьский переворот нарушил всякую планомерность в работе Петроградского комитета ОЗЕ. Государственные субсидии практически прекратились, в условиях обнищания не приходилось полагаться на самообложение. На поддержку действовавших учреждений Комитет тратил остатки иностранных пожертвований предыдущих лет и мелкие суммы, поступавшие от советов Петроградской и Московской общин.
Весной 1918 г. ОЗЕ выработал подробную программу работ «на переходной период», большая часть которой так и осталась на бумаге из-за нехватки средств. Вдобавок ко всему в июне 1918 г. Евотдел запретил ОЗЕ контактировать с иностранными миссиями без разрешения Наркомнаца, предупредив, что игнорирование запрета «будет рассматриваться как измена отечеству, а виноватые будут подвергаться беспощадной революционной каре». Видимо, власти не хотели утечки за границу информации о положении беженцев, которая собиралась в ОЗЕ и в ЕКОПО. Запрет означал и невозможность получения иностранной помощи через дипломатические каналы. Бюджет Общества 1918 г. уменьшился в 6 раз, но масштабы работы сократились не так сильно благодаря самоотверженности служащих ОЗЕ. К концу 1918 г. учреждения Общества все еще функционировали в 102 городах 35 губерний России.
Петроградский Комитет осуществлял координацию всей работы в течение еще нескольких месяцев 1919 г., сосредотачивая свои усилия на помощи возвращавшимся военнопленным и инвалидам войны. На это дело Общество сумело получить финансовую поддержку государства. В ответ на новую вспышку погромов и эпидемий в различные районы страны посылались группы помощи ОЗЕ. В Петрограде был образован кружок из 70 студентов-медиков старших курсов для их подготовки к работе в учреждениях ОЗЕ. Для координации своей деятельности и ведения переговоров с властями ОЗЕ, ЕКОПО и ОРТ образовали Объединенный комитет.
9 декабря 1919 г. по решению Петросовета ОЗЕ было перерегистрировано. В 1918 —1919 гг., в трудный для печатного дела период, ОЗЕ выпускало собственный ежемесячник Известия Петроградского ЦК ОЗЕ (Известия ОЗЕ). Под руководством М.Грана, А.Брамсона, ЕДембо, Н.Ботвинника, В.Бинштока не прекращалась кропотливая работа по накоплению материалов о социальной биологии и психофизиологии (тогда писали — психо-физики) евреев, отражавших тяжелые потрясения российского еврейства в годы революции, погромов, мировой и гражданской войн. Приводились в порядок архив, музей и библиотека Общества. На пути осуществления планов ОЗЕ стояли не только финансовые трудности, но и изоляция Петрограда от провинции. Поэтому часть бремени Комитет переложил на местные еврейские общины — Москвы, Крыма и т.д.
Октябрьская революция привела к упадку деятельность ОРТа: он лишился своих вкладов в банках, правительственной помощи и почти всех частных пожертвований. Борясь с финансовым крахом, Комитет ОРТа, как и другие общественные организации, прибегал к ссудам у частных лиц в обмен на обязательства возвратить деньги за счет пожертвований за границей. Но это была капля в море. В 1918 г. у ОРТа оставалось лишь 20 бюро труда и 10 кооперативных столовых для рабочих. Окончание войны и демобилизация поставили перед ОРТом задачу смягчения последствий надвигавшейся безработицы. Было начато обследование экономического состояния еврейского населения. В ответ на голод и разруху в Петрограде, в апреле 1918 г. ОРТ приступил к организации артели огородников для выращивания овощей на пустующих окраинах города. В начале мая уже возделывались первые две десятины земли, которые удалось получить Правлению. Чтобы спасти население от голода, руководители ОРТа Борис Бруцкус и Яков Цигельницкий предложили основывать сельскохозяйственные поселения, но угроза погромов в деревне отталкивала петроградских евреев от этого.
В Петрограде работа ОРТа сосредоточилась на издательской деятельности, трудной и с финансовой и с цензурной точек зрения. В 1918 —1919 гг. удалось выпустить три номера Бюллетеня Петроградского ЦК ОРТа, после которого в 1920 —1922 гг. вышли несколько номеров журнала Дер Эрд-Арбетер (Земледелец). В те же годы Петроградский ОРТ издал несколько книг на идиш по сельскому хозяйству. В начале 1919 г., после непродолжительного ареста, в составе делегации ЦК выехал на Украину, а оттуда за границу, председатель ОРТа Леонтий Брамсон. Отъезд Брамсона и других членов ЦК еще более ослабили роль петроградского ОРТа.