На организационное собрание Евкома, созванное Добковским 25 января в здании Наркомпроса, явилось чуть более пятидесяти человек, включая около десятка большевиков. Остальные представляли Бунд, Поалей Цион, Фарейнигге. Часть из них пришла, видимо, для выяснения характера нового учреждения. В вступительном, полном противоречий докладе Добковский заявил: «Мы интернационалисты. Мы космополиты» и тут же признал, что у еврейского рабочего класса имеются специфические особенности и что большевики даже готовы поддержать сионистские стремления еврейской массы. В заключение докладчик призвал приобщить отставший еврейский пролетариат к «великому перевороту».
Гораздо резче высказались большевики, несогласные с компромиссной позицией левого эсера. Они нападали, главным образом, на ВЕС, называя его «гнездом еврейской черной сотни». Один из выступавших предложил запретить Съезд и вместо него созвать другой — Съезд еврейских Советов рабочих, солдатских и крестьянских депутатов. Собрание приняло резолюцию, призывавшую разоблачать перед еврейскими массами контрреволюционную сущность ВЕСа, принять меры к созыву конференции «подлинных представителей еврейских масс», бороться против мировой буржуазии ради торжества социализма. Слов о поддержке большевиков резолюция не содержала. Речь последнего выступавшего состояла из брани по адресу Бунда и одного из ораторов, который обвинял большевиков в пролитии крови рабочих, протестовавших против разгона Учредительного собрания. Собрание завершилось потасовкой между большевиками и остальными участниками, после чего последние с пением бундовского гимна «Ди Швуе» (клятва — идиш) покинули зал.
Путаная речь Добковского на злополучном собрании верно отражала амбивалентность положения Евкома, который, с одной стороны, стремился подчинить себе независимые еврейские общественные учреждения и партии, а с другой — нуждался в их поддержке, не будучи в состоянии осуществить никакого проекта без их помощи. Эта политика окрика и заигрывания отражала общую линию большевиков, стремившихся использовать старых специалистов, чиновников, ученых, военных для укрепления своей власти.
Стремление нового режима сосредоточить всю власть в своих руках в принципе исключало возможность существования независимых вооруженных формирований. Поэтому одной из первых акций Еврейского комиссариата было взятие под контроль петроградского отряда еврейской самообороны. На собрании, созванном по инициативе Евкома 10 марта 1918 г., выступил Иосиф Трумпельдор. Он объяснил необходимость существования отряда самообороны опасностью погрома, который может разразиться в случае оставления большевиками Петрограда. Учитывая критическое положение в городе, откуда уже начался выезд центральных советских учреждений, большинство присутствующих, включая Диманштейна и Добковского, высказались — по крайней мере, на словах — за еврейскую самооборону. Менее гибкие члены коллегии при Евкоме выступили резко против. Один из них, Шенкман, пообещал: «Я этого не допущу. Я член штаба, и если вы получите оружие, я вас из пулемета всех расстреляю».
В результате было принято на вид компромиссное, а на самом деле практически неосуществимое решение о создании единой самообороны, во главе которой будет стоять комиссия из представителей Евкома, Союза еврейских воинов, сводного еврейского отряда и участников самого собрания. Комиссия была поставлена под контроль Евкома. Однако этому решению не суждено было воплотиться в жизнь. Несмотря на резкий рост погромных настроений в городе, уже в конце апреля собрание еврейских рабочих клуба «Дер И дишер Арбейтер» приняло резолюцию против самообороны. «Пролетариат Петрограда во главе с Советом не допустит устройства погромов», — решило собрание. После подписания Брестского мира в марте 1918 г. опасность оставления Петрограда Красной армией временно отпала, поэтому в апреле-мае Евком запретил организацию еврейской самообороны, несмотря на протесты Союза евреев-воинов. В ноябре постановлением коллегии Еврейского комиссариата был упразднен и сам Союз.