Против немедленного образования Совета (но не против самой идеи) высказались только Еврейская социал-демократическая рабочая партия Поалей Цион и Объединенная еврейская социалистическая рабочая партия (сокращенно — Объединенные социалисты, или Фарейнигте (Объединенцы — идиш)). Бунд же вообще отказался от участия в общенациональном органе, так как, с его точки зрения, контролируемый петроградскими сионистами Национальный Совет не представлял бы народа и не мог бы выступать от его имени.
В результате в Совете оказались представлены все, кроме Бунда. Для того чтобы малые партии не блокировали создание Совета, сионисты согласились на некоторое увеличение их представительства по сравнению с результатами выборов в ВЕС. Из 70 мест в Совете сионистам досталось 28 мандатов, религиозной ортодоксальной партии «Ахдус» (Единство — иврит) — 12, Еврейской народной партии (Фолкспартей) и Поалей Цион — по 8, Объединенным социалистам и Еврейской народной группе — по 7 мандатов. Во временный Президиум Совета были выбраны Моисей Айзенштадт («Ахдус»), М.Алейников и Юлиус Бруцкус (сионисты), С.Дубнов (Фолкспартей) и Г.Слиозберг (Народная группа).
За свою недолгую жизнь Национальный Совет не сумел сыграть какой-либо общественно значимой роли. Каждый обсуждавшийся вопрос выявлял серьезные разногласия между его членами. Так, Например, проект противопогромного заявления, выдвинутый сионистами на обсуждение Совета в апреле 1918 г., подвергся резкой критике. Слиозберг выступил против призыва сионистов к организации самообороны, так как считал, что это лишь приведет к дополнительным жертвам. Вместо этого он предложил протестовать против гражданской войны и прямо указать, что еврейский народ не повинен в большевизме. Представитель Фолкспартей Израиль Ефройкин сказал, что он исключил бы из текста слова о том, что погромы проистекают от галута (рассеяния еврейского народа), и указал бы на бездействие властей по их предотвращению. Другой фолкист Израиль Цинберг предложил осудить демагогию, которая привела к погромам. Против призыва к самообороне высказался М.Айзенштадт («Ахдус») и фолкист Иосиф Клейнман. Последний хотел также указать на инициаторов гражданской войны (читай: большевиков), как на истинных виновников погромов. В заключительный текст противопогромного заявления не вошли призыв к самообороне и слова о галуте. В заявлении указывалось на повсеместное бездействие властей и на их нередкое противодействие созданию еврейской самообороны. Было также отмечено, что правящая партия, как и оппозиция, пользуются еврейской кровью, как оружием в политической борьбе.
Так как Совет не имел устава и программы действий, то одно из его заседаний (30 мая) было почти полностью потрачено на процедурные вопросы и на обсуждение того, должен ли Президиум Совета составлять определенный план работы. Выборы постоянного Президиума и разработка плана были отложены на следующее заседание, но потом сняты с повестки из-за малочисленности явившихся членов. Тяжелые условия петроградской жизни снижали посещаемость заседаний Национального Совета, а информация о его работе не доходила до народа.
Когда в июле того же года в Москве был образован ЦЕВААД (Центральный Ваад (Совет) Союза еврейских общин), фракция Фолкспартей первой выступила за передачу ему общероссийского руководства и за самороспуск Национального Совета. Представитель «Ахдуса» согласился с фолкистами. Сионисты и Народная группа возражали, заявив, что внесение политики в общинные дела, которыми только и должен заниматься ЦЕВААД, поставит общины под удар и внесет излишние раздоры в их деятельность. Пока ЦЕВААД не укрепится, считали они, желательно, чтобы Национальный Совет продолжал формулировать еврейскую политику. Вопреки аргументам сионистов, Фолкспартей объявила о выходе своей фракции из Совета, который вскоре распался.
Можно предположить, что за возражениями против роспуска Национального Совета стояло и нежелание некоторых петроградских деятелей упустить из своих рук руководство еврейской общественно-политической жизнью страны. Ведь власть большевиков еще не укрепилась, и поэтому перенос столицы в Москву многими не воспринимался как окончательный. Образование же ЦЕВААДа предоставило москвичам удобный случай перехватить лидерство у петроградской общественности, которая все больше подвергалась критике в провинции. Этот факт отмечал побывавший на съезде общин председатель ОЗЕ (Общества охранения здоровья еврейского населения в России) Яков Эйгер в своем разговоре с секретарем ОПЕ (Общества распространения просвещения среди евреев) Самуилом Каменецким: