Делегация российских сионистов, отправившихся в Париж для участия в работе Политического Бюро партии на Версальской мирной конференции, вначале состояла только из петроградских деятелей. Первым во Францию уехал член Исполкома Всемирной сионистской организации Израиль Розов. В декабре 1918 г. в состав делегации были дополнительно включены Б. Гольдберг, М. Алейников и редактор Рассвета Абрам Идельсон. В марте 1919 г. они покинули Россию. Временный Национальный Совет признал сионистских делегатов частью своей делегации и присоединил к ним еще Мейра Крейнина и Оскара Грузенберга. Председатель Совета Петроградской общины Александр Залкинд был включен в состав делегации сионистов Украины.
Роспуск в июне 1919 г. построенных по национальному принципу еврейских общин и их центрального органа ЦЕВААДа еще более затруднил работу сионистов среди жителей Петрограда, и без того осложненную отъездом партийных лидеров, гонениями на печать и участившимися обвинениями СО в шпионаже в пользу Англии. Для опровержения этих обвинений из Петрограда в Москву ездила делегация ЦК СО. В результате ее встречи с Калининым 21 июля 1919 г. ВЦИК принял постановление, в котором всем советским учреждениям предлагалось не чинить препятствий сионистам, «поскольку культурно-просветительная деятельность сионистских организаций не идет вразрез с постановлениями советской власти». Однако этот с трудом пробитый документ не оградил партию от преследований, и в том же месяце под давлением Евсекции ЦК РКП(б) принял секретное постановление об усилении репрессий против сионистов и об образовании при ВЧК специальной Группы по борьбе с еврейской контрреволюцией. Вследствие этого 1 сентября 1919 г. ВЧК устроила обыск в помещении ЦК СО в Петрограде, опечатала его и конфисковала 120 тыс. руб. Одновременно был проведен обыск в помещении редакции газеты Хроника еврейской жизни. Газета была закрыта, а члены и секретари ЦК Юлиус Бруцкус, Шломо Гепштейн, Арнольд Зейдеман, Александр Раппопорт, Реувен Рубинштейн, Нахум Шахнович арестованы. Раппопорт был освобожден на третий день, Геппггейна продержали в заключении полтора месяца, остальные арестованные были отпущены через месяц. Только через пять месяцев была снята печать с квартиры ЦК.
Постепенно почти все члены ЦК, избранные в 1917 г., покинули Петроград. На их места кооптировали сначала секретаря Мерказа Р.Рубинштейна (он же был секретарем раввина Айзенштадта), а также А.3ейдемана, который вскоре уехал на юг России с целью пробраться в Палестину. Затем в ЦК был введен работник Палестинского отдела Арье-Лейб Слицан, а также Н.Шахнович, Борис Кауфман и Иехошуа-Арье (Лейб) Гуревич, который впоследствии стал центральной фигурой еврейской жизни Ленинграда 20-х.
Желая консолидировать силы и укрепить дух активистов, уставших от явных и завуалированных притеснений властей, 20 апреля 1920 г. сионисты созвали Всероссийскую конференцию (съезд) своей организации в Москве. Однако на третий день конференция была разогнана, а ее участники арестованы. После этого Сионистская организация была фактически объявлена вне закона. Секретный циркуляр от 1 июля 1920 г., разосланный руководством ВЧК в ее губернские отделения, разъяснял, что почти вся еврейская интеллигенция России проникнута сионистскими идеями и что это чревато потерей советской властью большого числа необходимых ей специалистов: врачей, инженеров, архитекторов и пр. В борьбе с сионизмом ВЧК предлагала не выходить за рамки следующих мер: а) наблюдать и регистрировать; б) отказывать в помещениях для собраний, а в случаях тайных собраний арестовывать на сутки их участников; в) перехватывать партийную переписку; г) не выдавать проездных билетов по мандатам сионистских организаций; д) под разными предлогами отнимать у них помещения. При этом власти, опасаясь обвинений в антисемитизме, пока избегали официального запрещения сионизма. После ареста участников Московской конференции руководство сионистской организацией переместилось в Москву, где образовалось нелегальное Центральное Бюро во главе с Элиэзером Чериковером. В его работе участвовали оставшиеся члены Петроградского ЦК.