С ликвидацией ЛЕРО оказалась в опасности не только Хоральная синагога, но и Дом омовения (Кладбищенская синагога) на Преображенском кладбище, который, как и сам обряд погребения, находился прежде под контролем общины. На кладбище работало погребальное братство, имевшее своих представителей в составе Правления ЛЕРО. На средства общины в Доме омовения в 1928-1929 гг. проводились ремонтные работы. Оказавшись без хозяина, члены погребального братства 29 января 1930 г. обратились в Леноблисполком с просьбой образовать на кладбище отдельную «двадцатку», которая бы ведала Домом омовения. Передача Кладбищенской синагоги в руки нового органа проходила болезненно, в атмосфере антирелигиозной истерии. Дело осложнялось параллельным расследованием анонимного доноса о том, что на кладбище продолжают работать бывшие служащие ЛЕРО, которые бесконтрольно получают оплату за погребения одновременно со своими пенсиями и пособиями по безработице. Страсти успокоились не прежде, чем кладбищенских служащих исключили из профсоюза и лишили избирательного права.
Закрытие ЛЕРО, осуществленное властями параллельно с ликвидацией ОПЕ, ЕИЭО, ЛЕКОПО, Еврейского музея и библиотеки, в сущности не оставило больше места для деятельности «старой еврейской общественности» в Ленинграде.
Сохранение большой Хоральной синагоги отнюдь не исключало, а скорее подразумевало ликвидацию меньших молитвенных собраний с целью упростить контроль над религией со стороны властей. Обычно процесс ликвидации синагог инициировался областными комиссиями по вопросам культов, которые подчинялись одновременно президиумам облисполкомов и Комиссии по вопросам культов при ВЦИК, функционировавшей с 1929 г. Как правило, вначале комиссии действовали через другие учреждения — ЖАКТы, санитарные и пожарные службы, органы финансового контроля. Направляемые ими в синагогу инспекции фиксировали грязь, шум, невыполнение технических и пожарных условий, недостаточную сохранность вверенного «двадцатке» имущества и другие нарушения. Затем выводы инспекторов использовались как предлог для прекращения арендного договора с правлением синагоги. При закрытии синагоги членов «двадцатки» нередко штрафовали, а порой и привлекали к суду, как материально ответственных за утраченное имущество.
Типичным примером такой политики явилась ликвидация хасидской синагоги «Цемах Цедек». Осенью 1927 г. хабадникам был передан в пользование полуразрушенный двухэтажный дом на углу улиц Жуковского и Восстания, в восстановление которого община вложила много труда и средств. По воскресеньям в синагоге происходили собрания, на которых наряду с проблемами религиозного образования и благотворительности решались вопросы организации артелей для ремесленников, соблюдавших субботу. С точки зрения властей эта деятельность выходила за рамки прав религиозных объединений, поэтому, воспользовавшись ужесточением антирелигиозной политики, Исполком принял меры по ликвидации «Цемах Цедек», одной из трех последних действовавших в Ленинграде синагог. Его задача облегчалась тем, что раввин Лазаров был арестован в 1930 г. по обвинению в организации религиозного обучения и связях с Любавичским ребе. Сначала ЖАКТ добился выселения синагоги с первого этажа здания. Руководители общины всячески протестовали, однако отвоевать назад первый этаж им не удалось. 1 января 1932 г. райисполком отказался продлить договор с синагогой об аренде помещения. Ни жалобы «двадцатки» на несправедливость, ни ее клятвы в верности советской власти, ни даже обвинения исполнителей в «антисемитских тенденциях» не помогли; Ленсовет твердо решил закрыть синагогу. 17 марта 1932 г. она была опечатана. При этом с членов «двадцатки» взыскали стоимость утраченного синагогального имущества, которое было оценено абсолютно произвольно.