Не удивительно поэтому, что Державный отнесся к доносу Геннадия прохладно. Его инквизиторское усердие не встретило поощрения в Кремле. Разногласия в сем вопросе между Новгородом и Москвой были столь значительны, что владыке стало казаться, будто «Новъгород с Москвою не едино православие». Из всех преступлений, инкриминируемых еретикам Геннадием, государь признал только обвинение в иконоборстве и, скрепя сердце, дал ему разрешение «обыскать» и в случае необходимости «понаказать» еретиков. Однако наказанию подверглись лишь несколько (третьестепенных по значению) участников движения, виновных в открытом иконоборстве. Наиболее же видные еретики, так или иначе связанные с великокняжеской властью, никак не пострадали и всемерно противодействовали уничтожению секты.
Но ревнители Христовой веры шли в решительное наступление, и тучи над новгородцами сгущались. В 1489 году новым митрополитом Руси стал Симоновский архимандрит Зосима, которого ортодоксы тут же окрестили «вторым Иудой» за то, что тот не был склонен к жестокой расправе над еретиками. На церковном соборе 149° года (под водительством того же Зосимы) ересь подверглась осуждению, а ее сторонники были названы «сущими прелестниками и отступниками». Еретики упорно отрицали свою вину, но собор лишил их духовного сана, предал проклятию и осудил на заточение. Многих из них отправили к Геннадию в Новгород, и архиепископ распорядился за чинимые святотатства «бить их кнутом», а также встретить их за сорок верст от города, надеть на них вывороченную одежду, шлемы из бересты с мочальными кистями и соломенные венцы с надписью «се есть сатаниново воинство». Их сажали на лошадей лицом к хвосту, а народу было велено плевать на них и улюлюкать: «Вот хулители Христа, враги Божий!». Затем на головах «поганых» зажигали шлемы из бересты…
Для борьбы с «неверными» были наново прочитаны основные церковные книги, и все чуждое православной традиции из них нещадно изымалось. По инициативе неистощимого Геннадия была полностью переведена на русский язык Библия (с изобретением книгопечатания она потом будет напечатана в Остроге в 1580-1582 гг.), а также некоторые полемические сочинения. Свою роль в идейной борьбе с «еретиками» сыграли и составленные преподобным Нилом Сорским Жития Феодора Студита и Иоанна Дамаскина, где открыто осуждалось иконоборчество.
Тема отступничества стала особенно актуальной в 1492 году, когда, согласно христианскому исчислению, окончились семь тысяч лет от сотворения мира. Час пришел, а предсказываемый конец света почему-то не наступал, что дало повод к еретическим мыслям, сомнениям в вере, превратным толкованиям Библии. «Если бы Христос был Мессией, – говорили сектанты православным, – то почему же он не является в славе, по вашим ожиданиям?» Понятно, что это было весомым аргументом в пользу учения еретиков.
Изображение семьи Ивана III на шитой пелене того времени
Наиболее ярким, сильным и неустрашимым противником ереси стал игумен Волоцкого монастыря Иосиф (Санин), возгласивший: «Ныне шипит тамо змий пагубный, изрыгая хулу на Господа и Его матерь». Наиболее полно критика сектантов изложена в его сочинении «Просветитель». Он вопиял: «С того времени, как солнце православия воссияло в земле нашей, у нас никогда не бывало такой ереси. В домах, на дорогах, на рынке все, иноки и миряне с сомнением рассуждают о вере, основываясь не на учении о вере пророков, апостолов и святых отцов, а на словах еретиков, отступников Христа: с ними дружат, пьют и едят и учатся у них жидовству». Примечательно, что, составляя сию «книгу на еретиков», преподобный Иосиф был весьма тенденциозен. Он всячески стремился слить воедино «ересь Алексея» и «ересь Федора Курицына», изобразив их единой жидовской ересью, сиречь чистым иудаизмом. Понятно, что обвинение в жидовстве крылось в обычной манере средневековой полемики обвинять своих противников в наиболее зловредных с христианской точки зрения взглядах.
Между тем, его предшественник Геннадий уличал в этом лишь некоторых новгородцев. Что до московских еретиков, то их в «жидовстве» не обвинял никто. Да и трудно было отыскать черты иудаизма в похвалах «апостольских и евангельских», вышедших из под пера Федора Курицына и его товарищей. К тому же, многие факты, приводимые Волоцким, в пользу «жидовства» своих противников, оказывались голословными и доверия не вызывали. Откуда, к примеру, ведомо было, что они хулу на евангельские и апостольские писания изрыгали, если делали это, только встретив кого «из простых», причем с глазу на глаз? Озадачивало и то, почему у этих самых жидовствующих не было малейших признаков иудейской обрядности? Иосиф утверждал, что так повелели сами жиды, дабы держать в тайне свое учение, но было совершенно непонятно, отчего русские вольнодумцы так слепо и безропотно им подчинились. Чтобы доказать свое в ход шли сомнительные, не поддававшиеся проверке факты: якобы Ивашка Черный и Игнат Зубов пустились в бега за море и перед тем обратились в жидовство.