Здесь необходим краткий экскурс об общей религиозной политике царя, напрямую связанной с судьбами российского еврейства. Истый ревнитель православия, Тишайший был сторонником деятельного прозелитизма среди иноверцев. Причём к крещению их нередко побуждали самыми жёсткими мерами. «Немцам» было законодательно возбранено носить русскую одежду и селиться в тех местах, где проживали московиты. Иногда прибегали к вероломству, пуская в ход облыжные обвинения. Так, на шотландца-полковника Александра Лесли донесли, будто они с женой «заставляли русских слуг есть в пост собачье мясо» и над святыми иконами ругались, после чего их взяли под стражу. Тогда-то боярин Илья Милославский ненавязчиво предложил «проштрафившемуся» католику обратиться в православие, что тот, понятно, и свершил, и сразу же был помилован, произведён в генералы и пожалован угодьями и подарками на сумму три тысячи рублей. На миссионерской ниве немало усердствовал духовник царя Стефан Вонифатьев, который в 1652 году просил Его Величество не стеснять его в действиях, и тогда все служилые иноземцы обратятся в праведную веру. Как отмечал американский историк Джозеф Фурман, «государь надеялся показать русским ортодоксам, что убеждение и щедрая награда вызовут огромный приток обращенных, ибо иноземцы скоро поймут все преимущества и выгоды крещения в православную веру». Неофит, помимо прочих наград, получал ещё и дворянство «по московскому списку». Всё же крещение не приобрело тогда массового характера среди «немцев».
Зато обращение татар и мордвы проводилось столь энергичными темпами, что вызывало даже вооружённые протесты басурман. Архиепископ Рязанский Мисаил, успевший окрестить в Шацком и Тамбовском уездах более четырёх тысяч иноверцев, был затем атакован толпой из пяти сотен бунтовщиков, которые «учинились сильны и непослушны и во крещение не пошли», и некто мордвин Гаречишка «устрелил» святого отца насмерть. Но настойчивый прозелитизм ничуть не утишился. За неофитами были законодательно закреплены всяческие привилегии: им надлежало незамедлительно выдать 15 рублей; предоставлялось право пожизненного и наследственного владения своими поместьями; после смерти феодала-мусульманина его поместье переходило к любому, даже дальнему, крещеному родственнику, невзирая на претензии более близких наследников-мусульман. Иногда татары крестились из-за боязни царского гнева. Рассказывают, что представитель средней ветви известного княжеского рода Юсуповых, Абдул-Мирза Секшевич, принимая в своём доме патриарха Никона, по незнанию православных норм, угостил его гусем, приготовленным «под рыбу». Проведав о том, что его обманом накормили скоромным, Его Святейшество пожаловался государю, и тот так разъярился, что наложил на Абдул-Мирзу опалу. Чтобы сохранить за собой свои имения, испуганный князь решил принять православие и умилостивить тем царя и патриарха, и судя по всему, в этом преуспел.
Был, однако, богослов, который возвысил голос против политики обращения иноземцев в православие, осуществляемой государем. То был униат и панславист, серб Юрий Крижанич (ок. 1617-1683), сосланный в 1661 году за свои «крамольные» писания в неблизкий Тобольск. В главном своём труде, трактате «Политика», он изображает инородцев ненавистными поработителями славян: «Затопило нас множество инородников; они нас дурачат, за нос водят, больше того – сидят на хребтах наших и ездят на нас, как на скотине, свиньями и псами нас обзывают». И провозглашает, что первейшее благо для России есть «запертие рубежей» (говоря современным языком, «железный занавес») и «гостегонство» (непринятие и изгнание всех иноземцев). Такую изоляционистскую политику он объявляет «палладиумом» (щитом) для государства, обусловливающим самую возможность его политического существования. Указав на примеры такого «гостегонства» в Польше, Германии, Испании, Франции и даже Китае, он желает, чтобы и Московия последовала сему «благотворному» историческому опыту. Крещение иноверных он решительно порицает, более того, предостерегает: «Если Русское царство когда-нибудь погибнет, то оно примет гибель от перекрестов и их потомков». При этом метит, прежде всего, в протестантов-немцев, но питает недобрые чувства даже к единоверцам – православным грекам, которых корит за плутовство в торговле. Убеждённый шовинист, он пышет злобой ко всем, кто только не русский и не славянин. А уж представителей таких «скитальческих народов», как цыгане и жиды, по Крижаничу, и на пушечный выстрел к Святой Руси подпускать не следует.