В первые же дни оккупации в городе была проведена всеобщая регистрация населения, на которую явилось около 13 тысяч человек. Каждому из пришедших был присвоен личный номер. Затем немецким командованием была проведена отдельная регистрация мужчин в возрасте от четырнадцати до шестидесяти лет, которых оказалось достаточно много – около 4000 человек. После регистрации их загнали в помещения железнодорожной школы и подвалы дворца, а утром под охраной автоматчиков отправили в Гатчину. Там они содержались в концентрационном лагере в нечеловеческих условиях и большинство из них, около 3500 человек, погибли от голода, пыток и непосильного подневольного труда. То же самое происходило в это время и в соседнем Пушкине, где было собрано и отправлено в Гатчину около десяти тысяч (!) мужчин в возрасте от шестнадцати до пятидесяти пяти лет. Удивляет только, что такое большое количество мужчин почему-то до оккупации обоих городов не были призваны в ополчение или истребительные батальоны, а оставлены на территории, к которой быстрыми темпами приближались вражеские войска. После того, как были изолированы мужчины, немцы провели специальную регистрацию всего еврейского населения. Евреям было приказано пришить к одежде на спине и груди специальные знаки отличия в виде шестиконечной звезды. После этого оккупанты приступили к их массовому уничтожению. С целью выявления евреев все население города неоднократно собиралось для проведения медицинского осмотра. Помимо этого немецкие солдаты обходили квартиры мирных жителей и в случае обнаружения евреев, их арестовывали, а затем расстреливали на территории Павловского парка, не щадя детей и стариков.
Известны случаи, когда евреев предавали соседи. В Иерусалимском институте Яд Вашем хранится свидетельство о том, что жителей Павловска Библина Боруха и его жену Софью Марковну выдал сосед, и их сожгли в сарае. Очевидцы рассказывают, что немцами в 1941 году были расстреляны две группы евреев, одна численностью 16 человек, и вторая – 25 человек, всего 41 человек. Евреев вели по улице Красных Зорь (ныне Конюшенной), а затем по ул. Революции (ныне Садовой). Расстрел был произведен на территории Павловского парка в районе ул. Революции (Садовой) за домом №8 (бывшей дачи Нечаева) в районе наблюдательной вышки. В числе расстрелянных были Иргал Серафима Яковлевна 1921 года рождения и её двухлетний сын Иргал Виктор. Очевидец событий Никитин рассказывал, что он находился недалеко от места расстрела у Паркового колодца, где брал воду. Он слышал, как Серафима Иргал просила немецких палачей пощадить её ребенка, говоря о том, что отец его не еврей, а русский. Немецкие солдаты на глазах матери выстрелили в ребенка, которого, по всей вероятности, только ранили, так как были слышны вместе с отчаянными криками матери и стоны мальчика. Затем залповыми выстрелами были расстреляны все взрослые и сброшены в заранее выкопанную яму. После этого в эту же могилу был сброшен ещё живой ребёнок. Немцы не скрывали время проведения акции по уничтожению еврейского населения и даже приказывали мирным гражданам прибыть к месту расстрела.
Уничтожив евреев, нацисты приступили к целенаправленному уничтожению остального населения города. В подвалах Павловского дворца-музея, превращенных в гестаповский застенок, немецкие палачи пытали и истязали мирных жителей города. Затем их расстреливали на территории Павловского парка в основном в районе Братской Могилы и Белой Берёзы. Подходить к этим местам после проведения казни не разрешалось. За нарушение запрета грозил расстрел. Несколько свидетелей событий военных лет рассказывали о том, что на ул. Запасной (Пушкинской), у дома 6а (бывший дом Варгунина) в конце сентября 1941 года они видели пепелище костра с обгоревшими человеческими трупами.
Сохранились сведения о том, что местные жители отказывались покупать или даже просто брать вещи убитых евреев, не ходили, несмотря на приказы смотреть на казни, и нередко громко выражали свое возмущение этими мерами. Об этом поступали донесения в контрразведку, и Абвер вынужден был рекомендовать отказаться от публичного расстрела евреев. С лета 1942 г. эти публичные казни прекратились, правда, и евреев на территории Ленинградской области к этому времени уже не осталось.