Конфликт между католиками и протестантами, выражавшийся то в стремлении организовывать новые крестовые походы, то во взаимном обвинении в происламских тенденциях, на всем протяжении XVI и XVII столетий сопровождался развитием арабистики, тюркологии и исламоведения, которые в следующем столетии станут подлинными науками. Важный вклад внес и Постель своей книгой «История и размышления о происхождении, законе и костюме татар, персов, арабов, турок» опубликованной в 1560 году в Париже.
Конечно, и в книгах таких знаменитых авторов, как Гроций, Ботеро и Баронио, встречаются неясные места и ошибки (возможно даже неслучайные); непросто было преодолеть давно сложившуюся полемическую традицию, и потому лишь немногие авторы писали об исламе, не пытаясь (насколько это было возможно) доказывать ложность его доктрин. Устойчивые заблуждения и недостаток информации заметны и позже, в работах таких авторов, как Блез Паскаль, который задавался вопросом о том, содержит ли Писание предсказания о появлении на земле пророка Мухаммеда (демонстрируя свое незнание споров вокруг знаменитого предсказания о «небольшом роге» из Книги Даниила), каким моральным принципам следовал Мухаммед и творил ли он когда-либо чудеса: между тем Паскаль мог узнать, хотя бы из книг Постеля, что в Коране утверждается: Пророк ничего общего не имеет с тем измерением, где происходят чудеса.
Тем временем становилось все больше настоящих специалистов-востоковедов. В 1613 году Эрпений, или Томас ван Эрпен, профессор восточных языков Лейденского университета, опубликовал арабскую грамматику; в 1639 году Эдвард Покок, профессор Оксфордского университета, написал работу «Опыт истории арабов» («Specimen historiae Arabum»); арабист Иоганн Готтингер, преподававший вначале в Цюрихе, затем в Гейдельберге, составлял книги по грамматике, словари и антологии источников; Джибраил ас-Сихйауни (Гавриил Сионит) был арабистом в Риме; сириец Йусуф ас-Сим'ани (Симон Ассемани) при Папе Клименте XII заведовал Ватиканской библиотекой и составил «Восточную библиотеку» («Biblioteca Orientalis»); Ибрахим ал-Хакилани (Авраам Эккелийский), историк и философ, создал «Синопсис основных положений» («Synopsis propositorum»), изданный в 1641 году. В становление науки о Востоке неоценимый вклад внесли путешественники и образованные авторы дневников — например, римлянин Пьетро делла Валле. Формировалась и историография стран Востока, прежде всего входивших в орбиту Турции, что можно наблюдать по работе Джованни Сагредо «Исторические заметки об османских султанах» («Memorie istoriche de' monarchi ottomani»), изданной в 1677 году в Вене.
Поражение турок под стенами Вены в 1683 году стало кульминацией «страха перед турками» (Türkenfurcht), не дававшего покоя Западу мусульманского кошмара, и началом его конца. Теперь к исламу и к истории Османской империи можно было подойти более объективно. Не было недостатка, разумеется, и в подходах эмоциональных. Многие утверждали, что победа христианских армий была знамением божьей милости, потоком хлынули сочинения, посвященные обращению неверных: считалось, что оно должно пойти быстрее, поскольку Бог наказал мусульман за дерзость. Так утверждал Тирсо Гонсалес де Санталья в своем «Руководстве к обращению магометан» («Manuduction ad conversionem mahumetanorum»), опубликованном в Мадриде через четыре года после победы под Веной. Отступление страха и постепенное затухание споров, веками подпитывавших полемическую литературу, способствовало появлению в конце XVII века монументального труда Лодовико Марраччи, монаха из города Лукка. Он сделал точный и полный перевод Корана на латинский язык и снабдил его непредвзятыми комментариями; и «Полный текст Корана» («Alcorani textus universus»), и «Опровержение Корана» («Refutatio Alcorani») были отпечатаны в Падуе в 1691 и 1698 годах соответственно.
В 1697 году, через два года после смерти автора, Бартелеми д'Эрбло, в Париже была издана «Восточная библиотека» («Bibliotheque Orientale») вместе с «Рассуждением» («Discours») Антуана Галлана. Это положило начало систематическому изучению ислама.
Тюркология, которая должна была бы идти рука об руку с арабистикой и исламоведением, немного запаздывала в развитии. Но, тем не менее, она развивалась на протяжении всего восемнадцатого столетия, и в 1794 году в Риме было опубликовано замечательное исследование под названием «Начала турецкой грамматики для миссионеров Апостольской церкви в Константинополе» («Principii della grammatica turca ad uso dei missionari apostolici a Costantinopoli»), написанное Козимо де Карбоньяно, переводчиком дипломатической миссии Неаполитанского королевства в Константинополе. Вскоре после этого работы Абрахама Гиацинта Анктиля дю Перрона положили начало изучению Персии, а труды доминиканского священника Маурицио Гарцони — изучению курдов.