Аналогичным образом по мере развития Гражданской войны на окраинах страны и в связи растущей враждебностью почти всех других партий в центре страны, большевики были вынуждены переходить к более жесткой позиции и в отношении оппозиционных к ним политических сил. Уже 26 октября (9 ноября) 1917 года по постановлению Военно-революционного комитета Петроградского совета были закрыты правые газеты «Речь», «День» и ряд других, которые вели особенно ожесточенную антисоветскую пропаганду. О том, что эта пропаганда направлена на поддержку вооруженных выступлений против советской власти свидетельство-ват мятеж юнкеров в Петрограде 29 октября (11 ноября). Мятеж был организован Комитетом спасения родины и революции во главе с правым эсером Гоцем. (Мятеж был разгромлен в тот же день.)
3 ноября был раскрыт заговор, во главе которого стоял крайне правый политический деятель России В.М. Пуришкевич (он был великим мастером заговоров, о чем свидетельствовало его участие в организации убийства Григория Распутина.) Незадолго до своего ареста Пуришкевич писал Каледину: «Организация, во главе которой я стою, работает не покладая рук над спайкой офицеров и всех остатков военных училищ и над их вооружением. Спасти положение может только создание офицерских и юнкерских полков. Ударив ими и добившись первоначального успеха, можно будет затем получить и здешние воинские части… Мы ждем вас сюда, генерал, и к моменту вашего подхода выступим со всеми наличными силами». (3 (16) января 1918 года Пуришкевич был открытым судом приговорен к 4 годам принудительных работ, но 1 мая 1918 года был амнистирован. Затем он уехал на юг, где примкнул к контрреволюционному движению.)
Обострялись отношения у большевиков и с социалистическими партиями. В день, когда юнкера подняли мятеж, возник острый конфликт в связи с Всероссийским исполнительным комитетом железнодорожного профессионального союза (Викжель), в котором решающую роль играли эсеры и меньшевики. 29 октября (11 ноября) 1917 года Викжель принял резолюцию с требованием сформирования правительства из представителей всех социалистических партий, а не только из большевиков. В случае отказа принять его требования Викжель отказывался обеспечить переправку просоветских воинских частей из Петрограда в Москву, которая еще находилась в руках противников Советов.
Обострение отношений с другими социалистическими партиями вызвали кризис и внутри большевистского руководства. В ходе переговоров между ЦК большевистской партии и Викжелем представители последнего предложили не только ввести в состав Совнаркома представителей эсеров, меньшевиков и народных социалистов, но и заменить Ленина правыми эсерами Авксентьевым или Черновым. Хотя представители ЦК (Каменев, Сокольников, Ногин, Милютин, Рыков) отвергли предложение о смене председателя СНК, они согласились с требованиями Викжеля о введении представителей других социалистических партий. Большинством голосов ЦК осудил позицию Каменева и других. В знак протеста против этого решения Зиновьев, Каменев и другие вышли из состава ЦК, Рыков, Милютин, Ногин и Теодорович ушли с постов наркомов, а Каменев подал в отставку с поста председателя ВЦИК. Эти отставки свидетельствовали о том, что видные руководители большевистской партии считали немыслимым установление монополии своей партии на власть.
Кризис внутри руководства большевистской партии и в отношениях большевиков с другими партиями принял такие масштабы, что Ленин подготовил специальное обращение «Ко всем членам партии и ко всем трудящимся классам России», которое было опубликовано от ЦК РСДРП(б) 5(18) ноября 1917 года. В нем Ленин вновь объявлял о готовности большевиков «разделить власть с меньшинством Советов, при условии лояльного, честного обязательства этого меньшинства подчиняться большинству и проводить программу, одобренную всем Всероссийским Вторым съездом Советов и состоящую в постепенных, но твердых и неуклонных шагах к социализму».
Слова Ленина о готовности большевиков «разделить власть с меньшинством Советов» нашли отражение в решении ВЦИК от 25 ноября (8 декабря) назначить левого эсера А.Л. Колегаева комиссаром земледелия. 9 (22) декабря в состав Совнаркома было введено еще несколько левых эсеров: И.З. Штейнберг(ко-миссар юстиции), П.П. Прошьян (комиссар почт и телеграфа), В.Е. Трутовский (комиссар городского и местного самоуправления), А.А. Измайлович (комиссар по дворцам республики), В.А. Алгасов и В.А. Карелин (комиссары без портфеля для работы в коллегии по внутренним делам). Так Советское правительство стало коалиционным.
В то же время, говоря в своем обращении от 25 ноября (8 декабря) о наличии в Петрограде «корниловцев», Ленин не преувеличивал. Гражданская война велась не только в отдаленных городах между сторонниками советской власти и ее противниками, не только на окраинах страны между рабочими отрядами и казачьими частями Дутова и Каледина, но и на невидимом фронте, который проходил в контролируемых советской властью землях, в том числе в столице России.
Многие враги революции исходили из того, что большевики, свергнув правительство Керенского, фактически лишь расчистили путь для военной диктатуры правого толка. После установления советской власти в Петрограде продолжала открыто заседать городская дума, не признававшая власти Советов. Участник этих заседаний, написавший свои воспоминания под псевдонимом «Ан-ский», замечал: «Настроение думы… оставалось все-таки оптимистическим настолько, что целые заседания посвящались обсуждению вопроса об учреждении нового правительства: все были убеждены, что через несколько дней большевики падут».
Параллельно Совнаркому существовали другие органы власти, не признававшие Октябрьскую революцию. А. Демьянов вспоминал: «В дни перехода власти к большевикам жизнь в министерствах шла своим чередом… Министерства как учреждения продолжали существовать, а вместе с ними продолжали существовать и чиновники… Они выделили из себя особые комитеты для выработки общих директив, как вести себя с большевистским начальством. Комитеты отдельных министерств снеслись между собою, и в конце концов создался единый центральный орган, руководивший деятельностью чиновников в этом отношении. Этот центральный комитет объединил в себе почти все ведомства, он действовал почти открыто. В секрете не могли держаться его заседания, и большевики отлично знали о его существовании… Чиновники решили применить на службе саботаж… Этот саботаж чиновников на первое время много крови испортил большевистским комиссарам».
В то же время центральный комитет министерств попытался стать параллельным правительством России. Во главе его встали люди из так называемого малого совета министров, существовавшего еще при Временном правительстве и председателем которого был А. Дементьев. Сразу после ареста Временного правительства Дементьев собрал на частной квартире заместителей арестованных министров (их именовали «товарищами министров»). Он вспоминал: «С этого дня заседания совета министров сначала в составе одних товарищей министров, а затем тех же товарищей министров и министров, выпущенных из Петропавловской крепости на волю». (Вопреки легенде о том, что министры Временного правительства были казнены, многие из них вскоре после ареста были освобождены.)
Первое время председателем Совета министров России считался А.Ф. Керенский. По словам А. Дементьева, «с ним удалось снестись… Популярность и авторитет Керенского после неудачи его наступления на Петербург катастрофически падали. Керенский сам, по-видимому, это сознавал и, не желая мешать деятельности подпольного правительства, послал ему свой отказ от звания председателя совета». Председателем Совета министров был избран бывший министр продовольствия Временного правительства С.Н. Прокопович (он был уже освобожден из заключения).
Продолжали собираться и члены разогнанного после Октябрьской революции Совета республики (так называемого предпарламента), которых возглавлял председатель Совета правый эсер Н.Д. Авксентьев. С целью объединить антибольшевистские силы А. Дементьев пригласил на одно из заседаний представителей Совета республики, а также Комитета спасения родины и революции. По решению подпольного правительства А. Дементьев был направлен на юг к Каледину, с тем чтобы согласовать действия антибольшевистского подполья в Петрограде и мятежников на Дону.
Несмотря на почти открытую антисоветскую деятельность этих центров в Петрограде, большевики не предпринимали ничего для того, чтобы их остановить. В значительной степени это было вызвано слабостью новой власти, которая не могла еще взять ситуацию под контроль. К этому времени покинули госучреждения многие опытные служащие. На место бездушных, но компетентных чиновников приходили молодые комиссары, полные идей о прекрасном коммунистическом будущем, но лишенные реальных представлений о промышленности и сельском хозяйстве, коммунальных услугах и делопроизводстве.