В странах Европы, где не сложилось системы университетских корпораций, имеющих поддержку городских коммун, монашеских орденов и всей церковной системы в рамках действующего канонического права, а не личных начинаний отдельных епископов, высшее образование складывалось иначе. Православный мир, от Валахии до Московии и от литовско-белорусских земель до греческих общин передней Азии и Грузии, равно как Армения, Эфиопия и другие страны восточной христианской традиции, создали альтернативу университетам. Для учебных заведений этого мира было важно, не в каком правовом поле они существуют, но каким риторическим способом они себя позиционируют, отстаивая и тем самым право на существование. Ритуалы сравнения себя с учебными заведениями древности и других стран, снискание благоволения государя и города заменяли им правовые основания независимости.
В греческом мире под турецким игом было два способа создать университет: скопировать итальянскую модель, например Падуанского университета, где училось множество греков, или создать свой вариант академии как места, где осваивают самые сложные курсы философии и богословия. Второй вариант преобладал в славянских землях, так как позволял лучше контролировать эти заведения и превращать их в экспертно- административную службу при государственном или церковном аппарате. Тогда как греки могли еще равняться на школу великой церкви в Константинополе, задачи которой были растворены в задачах церковного управления: учиться в этой школе означало учиться быть чиновником или церковным ритором, а не приобретать знания, которые потом можно применять в разных местах.
В 1622 году в Риме была создана Конгрегация пропаганды веры, одной из целей которой стало печатание догматических книг на всех языках, включая восточные, а равно как и создание униатских церквей со своими учебными заведениями. В греческом мире этому проекту Рима противостояли с большим трудом: ведь нужно было и создавать не менее привлекательную интеллектуальную программу, и доказывать непрерывность греческой философии и богословия от Платона. Вся тяжесть создания новых учебных планов легла на плечи одного человека: Феофила Коридаллевса (1574?—1646), который реформировал патриаршью школу, а впоследствии создал академию в Бухаресте для детей греческой диаспоры, и потому даже иногда считается «отцом румынской философии».
Феофил Коридаллевс, издатель и интерпретатор Аристотеля, понял главный недостаток образовательной программы Контрреформации: она допускает самостоятельное или под руководством одного преподавателя изучение множества дисциплин, от оснований наук до вершин философии. Контрреформация настаивала на существовании некоего метода, с помощью которого легко можно проходить курс обучения. Греки строго различали «энциклопедию» как систему среднего образования и «философию» и «богословие» как искусство спорить, делать собственные выводы и обосновывать сложные положения, которые не вполне понятны людям с только лишь средним образованием. Следовательно, целью Коридаллевса стало реформирование высшего образования так, чтобы оно меньше всего было похоже на среднее. Для этого надлежало комментировать Аристотеля так, чтобы это было не просто разрешением недоумений, а поводом к дальнейшим систематическим обсуждениям и уточнением уже современных словоупотреблений. На место методического усвоения мудрости было поставлено изобретение высокого стиля философской речи.
Коридаллевс бранил иезуитов, дающих знания отдельными порциями, и призывал учеников «подняться на вершины созерцаний». Тогда они смогут научиться не только строго и последовательно рассуждать, но и ясно мыслить и ярко запоминать прочитанное, и главное, смогут переспорить католиков, показав всю парадоксальную остроту православных догматов.
Еще радикальнее вел себя Георгий Корессий (ок. 1570–1660) с острова Хиос, который хотя и не смог до конца реализовать свою программу, он сделал немало для развития знания в оккупированной Греции. Он считал, что «энциклопедия» вполне может включать в себя все философские знания, включая самые возвышенные, тогда как высшее образование должно быть богословским, систематизируя эти знания исходя из того, что только богословские доказательства работают и в области небесной, и области земной. Программа Коридаллевса была реализована полутора веками позже, когда афонские монахи во главе с Никодимом Святогорцем (1749–1809) создадут на Афоне центр образования. При жизни на Коридаллевса нападали за чрезмерный интеллектуализм в богословии, видя в нем протестанта, для которого нет мистической реальности, а есть только формулировки и символы.