После смерти Подебрада на престол был избран польский король Владислав II Ягеллон, и образовалась уния с Польшей. Его сын Людовик II Ягеллон возглавил объединенные чешско-венгерские войска против Османской империи, однако в битве при Мохаче его войска были разбиты, а король погиб. После его гибели королем был избран австрийский эрцгерцог Фердинанд, а Чехия на долгие годы оказалась под гнетом Габсбургов, восстановив свою независимость лишь в 1918 г. Фердинанд объединил под своей властью Чехию и часть Венгрии.
При императоре Рудольфе II Габсбурге в конце 16 в. Прага вновь становится столицей Священной римской империи и местопребыванием императора. Хотя это не оказало на город такого существенного влияния, как при Карле IV, однако вызвало еще один расцвет Праги.
После смерти Рудольфа и коронации его брата Матиаса в Чехии усилилось недовольство властью Габсбургов и стремление к самостоятельности. Повстанцы выбросили из окна Пражского замка двух католических священников, это событие известно под названием дефенетрации и послужило поводом к началу Чешского восстания, переросшего в Тридцатилетнюю войну. Само восстание, однако, было вскоре подавлено, а страна полностью потеряла свой суверенитет и подверглась «германизации» населения, протестантство было запрещено. Лишь в 1781 г. был обнародован эдикт о веротерпимости, положивший конец монополии католицизма. Во время Первой мировой войны чехи всячески противились призыву в армию Австро-Венгрии, а после ее поражения была создана объединенная Чехословацкая республика, просуществовавшая до Второй мировой войны.
Прага. Столица Чехии, этот чудесный таинственный и романтический город, являет сплав всех направлений искусства. Здесь можно найти памятники романской, готической эпох, представителей ренессанса, барокко, классицизма и нового времени. Разные архитектурные ансамбли гармонируют друг с другом, создавая в городе уголки различных эпох, которые придутся по душе самому взыскательному вкусу.
Прага была основана в 9 в. Ее основание, также как и основание Чешского княжества, связано с княжной Либушей. Благодаря своему дару пророчества, Либуше однажды привиделся город в излучине реки Влтавы. Она послала своих слуг посмотреть, что находится на этом месте. Там оказалось небольшое поселение, и около первого же дома посланцы Либуши увидели человека, обтесывавшего порог своего дома – по-чешски «праг». На этом месте и был основан город, название которому было дано по этому событию.
Было ли так на самом деле, неизвестно, однако город в излучине Влтавы был основан в очень удобном месте. Уже в 10 в. Прага стала самым большим рынком западно-славянских земель. В городе обосновываются чешские князья, а затем короли из династии Пжемысловичей. К концу века на противоположных берегах Влтавы было построено две крепости – Вышеград и Градчаны, где находился княжеский двор. Вокруг Градчан и на противоположном берегу Влтавы, в Старом месте, возникают купеческие поселения. После вхождения Чехии в состав Священной римской империи, доля немецких купцов в городском населении возрастает, и специально для них вблизи Градчан был заложен квартал Малая Страна.
Наивысшего расцвета Прага, как и вся Чехия, достигает при чешском короле и императоре Священной римской империи Карле IV. Прага становится столицей империи, в город перебирается множество купцов и зажиточных людей, которые привлекают большое число мастеровых, и Прага переживает свой первый Золотой век. В городе начинается строительный бум, в 1348 г. основывается Пражский Университет, строится великолепный Карлов мост через Влтаву, соединивший Градчаны со Старым местом. В Пражском замке заложен городской кафедральный собор Св. Вита, строившийся на протяжении многих веков. В квартале Новое Место поселились студенты и духовенство. Территория города увеличилась в 2 раза, и он стал третьим после Рима и Константинополя торговым и культурным центром христианского мира.