Но в конце концов, рассудили чекисты, ничто не мешает Смирнову руководить своими единомышленниками и из тюрьмы, особенно учитывая существующий в политизоляторах довольно либеральный режим содержания.
На то, чтобы добиться от арестованных троцкистов соответствующих показаний, ушло сравнительно немного времени, и к началу апреля 1936 года у чекистов уже имелись «признания» и о контактах за границей с сыном Троцкого, и о террористических намерениях в отношении Сталина, правда, сам Смирнов, в отличие от своих новых «сообщников», держался твердо и ни на какие серьезные уступки не шел. Кроме того, никак не удавалось совместить данное направление с горьковским (не было точек соприкосновения), и они продолжали существовать каждое само по себе, опровергая тем самым версию о едином центре.
Тем временем некоторые из арестованных, не вполне понимая, чего от них хотят, но желая угодить следователям (которые, впрочем, и сами не всегда понимали, чего от них хочет руководство), начали в своих показаниях упоминать о якобы существующем блоке между бывшими троцкистами и зиновьевцами, которые будто бы снова, как в 1927 г., объединились для совместной борьбы против лидеров партии. Руководящий центр этого мифического блока разными подследственными определялся по-разному, но чаще всего назывались фамилии: от зиновьевцев — Г. Е. Зиновьева, Л. Б. Каменева и И. П. Бакаева, а от троцкистов — И. Н. Смирнова и С. В. Мрачковского. Это были отголоски тех разговоров, которые велись в 1932 г., когда, в результате начавшегося во многих регионах голода и связанных с ним антиправительственных выступлений, стали вполне очевидными последствия проводимого в стране политического курса, и появилась надежда, что, может быть, теперь, объединившись, удастся каким-нибудь образом избавиться от сталинской клики. Ничего конкретного в этом направлении сделано не было, тем более что в конце 1932-го — начале 1933 года Каменев и Зиновьев были отправлены в ссылку, а Смирнов и Мрачковский — в тюрьму. И вот теперь в следственных протоколах идея объединения оппозиции четырехлетней давности начала обретать новую жизнь, на этот раз виртуальную.
По мере того, как в круговорот следствия вовлекались все новые и новые люди, расширялась и тематика показаний. В конце мая 1936 г. от арестованных Управлением НКВД по Ленинградской области сотрудников ленинградского отделения Академии наук были получены «сведения» об участии лидеров бывшей зиновьевской оппозиции в убийстве С. М. Кирова. Как уже говорилось, на состоявшихся в декабре 1934-го — январе 1935 года процессах по делу «ленинградского» и «московского» центров доказать их причастность к убийству руководителя ленинградских коммунистов не удалось, но теперь ситуация стала, наконец, «проясняться».
Все началось с того, что в начале 1936 года ленинградские чекисты пришли к выводу о существовании среди местных ученых контрреволюционной организации, состоящей из бывших зиновьевцев. Запросили санкцию Москвы на проведение арестов, но там, похоже, сочли представленные доказательства недостаточно убедительными, кроме того, заниматься бывшими зиновьевцами в разгар охоты на троцкистов никому не хотелось, так что инициатива ленинградцев поддержки в центральном аппарате не получила. Однако те продолжали настаивать, и в конце концов Ягода пошел им навстречу. В последних числах марта и в апреле 1936 г. были арестованы заместитель директора Института антропологии А. А. Бусыгин, помощник академика-секретаря отделения Академии наук в Ленинграде С. Н. Седых, ученый секретарь Института истории науки и техники Я. М. Урановский и некоторые другие научные работники. В начале мая 1936 г. от А. А. Бусыгина удалось получить признательные показания, согласно которым он являлся членом контрреволюционной организации, созданной в свое время бывшим заместителем заведующего планово-организационным сектором Академии наук Н. А. Каревым. Последний в апреле 1933 года был осужден на 3 года по делу «антипартийной группы правых» («бухаринская школа»), после чего организацию будто бы возглавил заместитель председателя Монгольского и Тихоокеанского комитетов АН СССР М. Н. Яковлев. В декабре 1934-го после убийства Кирова и он был арестован, но организация, как «выяснили» чекисты, не распалась, а продолжала существовать вплоть до последнего времени. В ходе последующих допросов Бусыгин назвал многих своих «сообщников» из числа работников академических учреждений Ленинграда и рассказал, что главной задачей организации было устранение методами террора партийного руководства страны. В частности, в 1934 году организация по поручению одного из лидеров бывшей зиновьевской оппозиции, И. П. Бакаева, тоже якобы готовила покушение на С. М. Кирова. Директивы тогдашнему руководителю организации М. Н. Яковлеву Бакаев давал будто бы от имени подпольного троцкистско-зиновьевского центра, который готовил также и убийство Сталина, для чего в разных городах страны создавались боевые террористические группы.