Получив показания на М. Н. Яковлева еще от нескольких «членов организации», чекисты взяли в работу его самого, и на допросе 27 мая 1936 года им были сделаны «признания», существенно повлиявшие на ход всего дальнейшего расследования. Яковлев сообщил, что в июне 1934 г. он встречался с приезжавшим в Ленинград Л. Б. Каменевым и получил от него директивы относительно дальнейшей контрреволюционной работы.
«Каменев передал мне решение центра об организации борьбы против руководителей ВКП(б) и правительства путем террора. Он спросил, как я отношусь к этому, и, получив мой положительный ответ, сделал прямое предложение о необходимости подготовки теракта над Кировым, сообщив одновременно, что в Москве организацией подготовляется покушение на Сталина»{174}.
По словам Яковлева, Каменев будто бы сообщил ему, что подготовка убийства Кирова параллельно ведется также группой Румянцева-Котолынова (которая его якобы в конце концов и совершила) и группой, возглавляемой бывшим секретарем Зиновьева Н. М. Моториным. Сам Яковлев, в свою очередь, будто бы сообщил Каменеву об объединении своей группы с троцкистской группой, руководимой заместителем председателя ленинградского отделения Коммунистической академии Г. С. Зайделем, «на основе признания террора как единственного метода борьбы против руководства партии». «Каменев сказал, что объединение зиновьевской организации, возглавляемой мною, с троцкистской группой Зайделя полностью соответствует установкам московского центра зиновьевской организации. Тогда же Каменев сообщил мне, что в Москве на этой же основе террористической борьбы против партийного руководства зиновьевский центр давно уже объединился с троцкистской организацией Смирнова-Мрачковского. Каменев сказал, что в объединенный центр зиновьевско-троцкистской организации входят Зиновьев, он, Каменев, Бакаев, Смирнов, Тер-Ваганян и Мрачковский»{175}.
Допрошенный на следующий день после Яковлева бывший директор Института антропологии и этнографии Н. М. Моторин подтвердил, что по поручению И. П. Бакаева его группа вела в 1934 году подготовку убийства Кирова (наряду с группами Румянцева-Котолынова и Яковлева) и что, со слов Бакаева, ему известно об объединении в Москве троцкистов и зиновьевцев в один блок для совместной борьбы методами террора с руководством ВКП(б).
Направляя 1 июня 1936 г. Сталину и Ежову протоколы допросов ленинградских научных работников, Ягода в сопроводительной записке указывал:
«Этими допросами вскрыты новые, ранее не известные данные по делу об убийстве тов. Кирова, о роли т. н. московского контрреволюционного зиновьевского центра, и особенно Каменева, Зиновьева и Бакаева, в подготовке теракта над тов. Сталиным и организации убийства тов. Кирова» {176}.
Хотя Ягода и переслал ленинградские протоколы Сталину и Ежову, сам он, судя по всему, в них не поверил и дальнейшее расследование пытался вести таким образом, будто бы этих протоколов и не существовало. Но этого ему сделать не позволили.
1—4 июня 1936 года проходил очередной пленум ЦК ВКП(б). Обсуждался проект новой конституции, а также вопросы уборки урожая и заготовки сельхозпродукции. Вечером 3 июня на закрытом заседании пленума его участники заслушали сообщение Ягоды о проводимом органами НКВД расследовании. Стенограмма заседания не велась, и судить о том, что происходило за закрытыми дверями, можно лишь по чрезвычайно скупым и отрывочным воспоминаниям некоторых участников. Из этих воспоминаний следует, что, докладывая об имеющихся на тот момент результатах следствия, Ягода будто бы сделал вывод, что непосредственной связи с Троцким представители троцкистского подполья в СССР не имели, то есть действовали автономно. Кроме того, в своем выступлении Ягода не упомянул о ленинградских протоколах, и это пришлось сделать Сталину, который, выступив вслед за ним, зачитал наиболее важные места из показаний ленинградских ученых. Сталин, в противоположность мнению Ягоды, высказался в том духе, что за действиями троцкистов внутри страны явно чувствуется рука Троцкого и что необходимо поймать его за эту самую руку {177}.