Хьюпер познакомился с семьей Дюпон и однажды предложил патриарху Ирене создать "центральный токсикологический институт" для изучения химических веществ в целях защиты работников и потребителей. Дюпон обдумал эту идею, но отказался, сказав Хуперу, что расходы, связанные с подобным предприятием, не могут быть оправданы в условиях Великой депрессии. Тем временем между Хьюпером и его боссом Макдональдом нарастало напряжение. Хьюпер "принял к сведению, - писал он позже, - что перед заседанием Американского химического общества [Макдональд] выпустил сообщение для прессы , в котором утверждал, что в его организации было сделано новое и важное открытие в области причин возникновения раковых заболеваний, а затем продолжил описывать некоторые детали предполагаемых экспериментов в поддержку своего утверждения. Факт заключался в том, что в нашей лаборатории не было сделано никакого подобного открытия и даже не были начаты эксперименты по такому проекту, поскольку он все еще был чисто умозрительным. Я сказал ему, что такой безответственной пропагандой он портит не только свою репутацию, но и репутацию всех своих коллег". Правдоискательство Хупера дорого обошлось: в 1934 году он был уволен из университета, безуспешно искал другую работу в Филадельфии и вернулся с семьей в Германию, чтобы навестить мать и брата и, как он надеялся, найти работу. Несколько его бывших университетских профессоров сообщили ему неутешительные новости. При всей своей жестокости к людям нацисты приняли строгие законы о защите животных. Герман Геринг, чье влияние превосходило только влияние Адольфа Гитлера, издал указ о прекращении того, что он называл "невыносимыми пытками и страданиями при экспериментах на животных". Это предвещало гибель для исследователя, и семья Хупер отплыла обратно через Атлантику.
После непродолжительной работы в больнице на 250 коек в Юнионтауне, штат Пенсильвания, угольном городке недалеко от Питтсбурга, Хьюпер устроился патологоанатомом в лабораторию DuPont в Хаскелле, которая еще только строилась. Директор лаборатории В. Ф. фон Эттинген "упомянул, что они особенно заинтересованы во мне, поскольку я обнаружил опасность рака мочевого пузыря у работников красильного производства и хотел, чтобы я экспериментально работал над этой проблемой", - вспоминает Хьюпер в своей автобиографии. Воодушевление от новой должности прошло, когда он понял, что эксперименты, которые он и его коллеги будут проводить, должны были закончиться до того, как рак или другие хронические последствия могут проявиться. Неудивительно, что большинство этих исследований не выявили никакой связи между воздействием химикатов и болезнями; в одном из них, длившемся три года и включавшем кормление собак BNA, был обнаружен рак мочевого пузыря. Хьюпер пришел к выводу, что коммерческим структурам нельзя доверять защиту здоровья своих сотрудников или клиентов. Его внимание привлекли два эпизода. Первый произошел через несколько месяцев после исследования на собаках, когда он попросил показать ему участок производства БНК на красильном заводе. Менеджер согласился, и Хьюпер был поражен безукоризненной чистотой производства, которое простаивало до его визита. Он похвалил бригадира, который ответил: "Доктор, вы бы видели это вчера вечером. Мы работали всю ночь, чтобы навести порядок для вас". Это, конечно, нарушило цель экскурсии. Затем Хупер попросил показать ему бензидиновый цех, который находился в отдельном здании. "При одном взгляде на это место, - писал он, - сразу становилось ясно, как рабочие подвергались облучению. Белый порошкообразный бензидин был на дороге, погрузочной платформе, подоконниках, на полу и т. д.". Хьюпер пожаловался на эту ловкость рук в служебной записке Ирене дю Пон. "Ответа не последовало, - писал Хупер, - но мне больше не разрешили посетить эти два предприятия".
Во втором случае Хьюпер узнал о планируемом пресс-релизе DuPont, написанном для местной газеты, в котором Германну и фон Эттингену приписывалось выявление агента, ответственного за вспышку рака мочевого пузыря в компании. "Поскольку ни один из них не имел благословенного отношения к этому конкретному исследованию, - писал Хупер, - я рассматривал попытку присвоения заслуг как недопустимое использование власти, граничащее с научным воровством". Он встретился с редактором газеты и убедил его не публиковать статью, что стало актом неповиновения, который разрушил будущее Хьюпера в DuPont. В ноябре 1937 года Герман уволил его, якобы по экономическим причинам, и позже предупредил, чтобы он не публиковал ничего, связанного с его работой в Хаскелле, без согласия компании. По словам Хупера, эта упреждающая цензура продолжалась до конца его карьеры. Она последовала за ним в William R. Warner & Company, нью-йоркскую фармацевтическую компанию, в которую он перешел в 1938 году: в кратком письме Германн предупредил Хупера, чтобы тот не представлял результаты своего эксперимента с собаками на предстоящей встрече Международного союза борьбы с раком. Хьюпер, не имея средств для борьбы с DuPont в суде, сдался. Она также последовала за ним в Национальный институт рака (NCI), где в 1948 году Хьюпер возглавил новую секцию рака окружающей среды. За шесть лет до этого Хьюпер опубликовал свой фундаментальный учебник "Профессиональные опухоли и сопутствующие заболевания" объемом 896 страниц, не получив никакого ответа от компании DuPont. "У меня была слабая надежда, что к этому времени они сбились со следа и оставят меня в покое", - писал он. Но этого не случилось. Через несколько месяцев работы в NCI Хуперу пришло письмо, в котором сообщалось, что он находится под следствием за нелояльность к Соединенным Штатам. Его друга допрашивал агент ФБР , который сказал, что обвинение исходило от медицинского отдела DuPont, "который обвинил меня в нацизме". После энергичной защиты с помощью адвоката Хьюпер был оправдан, но через несколько месяцев узнал, что Герман написал письмо директору NCI, в котором утверждал, что Хьюпер проявлял "коммунистические наклонности". Герман также настаивал на том, что главным виновником эпидемии рака мочевого пузыря на красильном заводе - теперь это завод Чемберс - был BNA, а не бензидин. Это удобно совпадало с экономическими интересами компании DuPont: она начала сокращать производство BNA и прекратила его к 1955 году, хотя продолжала закупать химикат у других производителей до 1962 года. DuPont прекратила производство бензидина только в 1967 году и продолжала использовать его до 1972 года. Хьюпер был убежден, что оба химиката являются канцерогенами. В 1948 году, писал он, в округе Салем, штат Нью-Джерси, где находился завод Chambers Works, был самый высокий в штате уровень смертности от рака мочевого пузыря. Так было и в 1975 году, что "убедительно свидетельствует о том, что эпидемия продолжается без существенного снижения". К 1991 году, согласно служебной записке DuPont, на заводе было зарегистрировано 489 случаев заболевания, 453 из которых были признаны профессиональными. Они были связаны с воздействием BNA и бензидина в начале и середине века. Ортотолуидин, жестко контролируемый на заводе Chambers Works в течение почти четырех десятилетий, не был протестирован на канцерогенность, хотя у DuPont были для этого все возможности.