Основано Элементом Магии Твайлайт Спаркл в годы правления Принцессы Луны. Официальной миссией министерства считалась разработка новых заклинаний и технологий, которые были призваны одержать победу в войне. Неофициально же они проводили множество запрещенных исследований с целью создать максимально эффективное и разрушительное оружие.
В отличие от своих подруг Твайлайт всерьез стремилась одержать победу в войне, поэтому не гнушалась никакими средствами. Огромные успехи министерства (Селестия Один) перемежались с ужасающими неудачами (Порча). Так лабораторным ученым удалось создать технологию СтелсБаков на основе зебринского стелс-плаща, а позже и запустить их в серийное производство. Многочисленные же попытки создать Зелье Вынужденной Трансформации для превращения единорогов в аликорнов привели к появлению огромных запасов токсичного вещества, беспорядочно разбросанных по всей Эквестрии, которое со временем получило название «Порча».
На базе Министерства Тайных Наук в Мэйнхеттене возникла Башня Тенпони – одно из самых защищенных и безопасных мест на Эквестрийской Пустоши. Благодаря надежным стенам и водным талисманам население города процветает, однако из-за сильно ограниченной площади проживание там является уделом избранных. Именно в Башне Тенпони расположился загадочный DJ Pon3, который вот уже более сотни лет транслирует эфиры своего радио на всю Эквестрийскую Пустошь.
По секретным базам министерств разбросано множество прототипов устройств, по различным причинам не вошедших в серийное производство – «Камера Регенерации» (Главный офис министерства в Кантерлоте), «Лунар Призм» (Солар Армс), «Небесный Клинок» (Солар Армс), «Радужное Возмездие» (Солар Армс), «Сады Эквестрии» (Пик Наблюдателя), «Селестия Один» (Башня Тенпони), «Сияние» (Солар Армс), СтелсБак 01 (Главный офис министерства в Кантерлоте), Тви-икс (Особняк Арк Нексуса) и т.д.
Неофициальное название Министерства Тайных Наук – Министерство Магии.
Мусорщики (Scavengers) – Мирные пони, которые живут в небольших поселениях и существуют за счет сбора мусора. Среди их находок нередко можно встретить ценные предметы, поэтому некоторые странствующие торговцы курсируют между жалкими деревушками, снабжая их патронами и едой. Обычно крупные поселения мусорщиков, расположенные около огромных свалок или заброшенных заводов министерств, находятся под защитой более сильных фракций вроде кланов грифонов или Стальных Рейнджеров.
Научный Институт Медицинских Исследований Пустоши (Scientific Istitute of Wasteland Medical Research) – Когда одно из Стойл Западного Сектора стало непригодно для жизни, его жители спешно отправились на поиски нового дома. К счастью, довольно скоро они наткнулись на заброшенное здание Министерства Мира и успешно его заняли, ассимилировав живущих там мусорщиков. Благодаря грамотной политике тогдашней Смотрительницы (в будущем главного врача) им удалось договориться с соседними фракциями. Хорошие познания в медицине и вечный нейтралитет позволили превратить исследовательский центр Министерства Мира в лучшую больницу Западного Сектора.
Ученые НИМИП дают хорошую цену за любое медицинское оборудование и книги, предлагая в обмен исцеление Порчи, тяжелых ран и всевозможных болезней. Они лечат всех, у кого есть крышки – наемников, рейдеров, мародеров, Стальных Рейнджеров, обычных путешественников. На землях института объявлено вечное перемирие.
Одновременное покровительство Союза Стойл, клана «Белого щита» и банды «Гадюк» превратили НИМИП в одно из самых безопасных мест Западного Сектора Эквестрийской Пустоши.
Небесный Бандит (Sky Bandit) – Облачная машина на пегасьей тяге. По сути, представляет собой большой автобус по типу школьного, который летает с помощью специального устройства, разработанного в Министерстве Тайных Наук. Оно взаимодействует с природной магией пегасов, позволяя поднимать в небо и перевозить большие грузы на дальние расстояния.
Небесный танк (Sky Tank) – По принципу передвижения похож на Небесного Бандит, однако существуют и различия. Небесный танк держится в воздухе благодаря облачной подушке, распределенной по днищу машины. Приводится в движение одним или двумя пегасами, оснащен энергомагическим орудием и прорезями для копытного оружия. Броня обеспечивает хорошую защиту от стандартных винтовок, однако гранатометы и ракетницы могут доставить ему несколько неприятных минут.