После завоевания Китая Чингизханом и прихода к власти монгольской династии Юань (1280–1368 гг.) китайцами под страхом смерти запрещалось заниматься любыми боевыми искусствами и владением оружием, однако популяризировался спортивный вариант борьбы Шуай-цзяо и монгольская борьба. Истинное ушу ушло в подполье и передавалось от учителей к малочисленным, но тщательно отбираемым ученикам. Некоторые мастера трансформировали свои стили в различные виды акробатики пластической театральной драмы. Этот шаг позволял практически легально проводить тренировки в воинских искусствах, однако зачастую снижал боевую ценность данных систем.
Примерно в это же время в Китай стали переселять персов и арабов, исповедующих ислам. Этй люди постепенно образовали нацию Хуэйцяо («мусульман»). В их среде практиковались системы ушу, возникшие на стыке своих коренных и местных традиций боевых искусств.
В 1351–1368 годах народное восстание «красных повязок» под предводительством Чжу Юаньчжана, который сам был большим любителем ушу, положило конец монгольскому владычеству и привело на трон Поднебесной династию Мин, первым императором которой стал сам Чжу Юаньчан. Время правления династии Мин (1366–1644 г.) считается «золотым веком ушу». Все запреты на занятия боевыми искусствами были сняты. Многие мастера вышли из подполья и стали открыто преподавать свое искусство. Благодаря общению между носителями традиций различных боевых систем школы взаимно обогащались теорией и практикой друг друга, что поднимало их на небывалую высоту.
В 16 в. приморские провинции Китая стали подвергаться опустошительным набегам японских пиратов. В тех областях войска были малочисленны, плохо организованы и неважно обучены, почему и не могли противостоять прекрасно подготовленным японским самураям. Для борьбы с захватчиками был направлен талантливый чиновник Ци Цзигуан, который, будучи хорошо знаком с боевыми искусствами, привлек в местное ополчение бойцов ушу и народных мастеров. В 1561 году японцы в провинциях Чжецзян, Фуцзян и Гуандун были разбиты. Получив звание генерала, Ци Цзигуан предписал всем своим воинам и даже высшему офицерскому составу заниматься ушу. Сведя воедино многие системы того времени, присовокупив к этому свой личный опыт, он написал трактат «Цзисяо синьшу» («Новая книга об эффективности дисциплины»).
Правление династии Мин было эпохой стабильного, методичного совершенствования и мирного сосуществования различный школ. Более того, именно в эту эпоху боевые искусства Китая вышли за пределы Поднебесной и оказали огромное влияние на развитие воинского искусства в сопредельных странах. Так, например, в 1619 г. Мастер шаолиньского ушу Чен Юаньбин перебрался в Японию и положил начало одной из популярнейших впоследствии школ дзюдзюцу.
К началу 17 века проявилось вырождение минского императорского двора и местной аристократии, страну сотрясали мощнейшие крестьянские восстания. Воспользовавшись внутренней нестабильностью в стране, с севера на Китай обрушилось огромное войско Маньчжуров, и в июне 1644 года Пекин был ими взят. Минский император повесился, чтобы не попасть живым в руки завоевателей. Была установлена новая династии — Цин, которая, несмотря на грандиозный размах национально-освободительной борьбы, сумела удержать власть до 1911 года.
В течение всего периода правления маньчжуров Китай сотрясали народные восстания, у истоков которых стояли мастера ушу, объединенные в различные тайные общества. Апофеозом деятельности мастеров стало восстание ихстуаней (1911–1913 гг.), Китай стал республикой. Новое правительство во главе с президентом Сунь Ятсеном оказывало большую поддержку развитию ушу. Было основано множество клубов и организаций, пропагандирующих национальные боевые искусства. Крупнейшими из ни» был и Центральный институт Гоушу («Национальное искусство») и Шанхайская Ассоциация Циньу («Ассоциация истинных боевых искусств»).
Обе эти организации имели филиалы практически во всех провинциях Китая и за рубежом, в местах компактного проживания китайцев во Вьетнаме, в Малайзии, Сингапуре, Филиппинах и др.
Во время второй мировой войны многие мастера ушу воевали в армии или партизанских отрядах, внося свой вклад в дело победы над Японией.
После прихода к власти коммунистической партии и образования КНР правительство обратилось к мастерам Ушу с призывом выйти из подполья, аргументируя это тем, что все мотивы тайной деятельности остались в прошлом. Правительству поверили, и в 1953 году в Тяньцине, с 8 по 12 ноября, прошла первая Всекитайская национальная спартакиада, большую часть которой заняли выступления мастеров ушу.