С той поры след Шмаковых теряется до тех славных времен, когда начиналась на Руси эпоха великих преобразований Петра I. Тут мы встречаем Шмаковых во всех уголках государства Российского и на самых разнообразных местах. Ферапонт Шмаков был в стремянном, приказе, оберегал государя и сопровождал его во всех походах. Известны Шмаковы — полуголовы в стрелецких полках, известны и сотники. Служили Шмаковы и в других приказахг казенном, сытенном, житном и Конюшенном.
И все-таки обращает на себя внимание удивительно постоянное стремление представителей рода Шмаковых к морскому делу. Так, Панкрат Шмаков, которого царь зашиб ставнем, за какую-то провинность был разжалован в корабельные плотники и в тысяча семьсот двадцатом году определен к постройке «потаенного судна», которое сооружалось по мысли под руководством Ефима сына Прокофия Никонова на верфи Галерного двора. Таясь от чужого глазу, трудились плотники пять лет, но, как известно, первая в истории кораблестроения подводная лодка так и не смогла выйти в плавание по причине того, что вода проникала в корпус лодки, обшитый для герметичности «кожами юхотными». После смерти Петра I Панкрат Шмаков был отправлен вместе со своим старшим товарищем Никоновым в Архангельск, для работы на тамошних верфях, где и умер вскорости, не выдержав полуарестантского житья.
Можно высказать предположение, что замечательная идея Никонова, правильная в своей сути, но неспособная к осуществлению в те времена, юхотные кожи были мало годны для такого дела, — оставалась жить в роду Шмаковых и, подобно магниту, влекла его отдельных представителей к освоению морских глубин. Сохранился собственноручный доклад адмирала Кушелева императору Павлу Первому, в котором писалось:
«…Означенный Данилка Шмаков тщится удобно плавающее судно под водами морей и рек построить, но понеже изобретение оное, будучи выдумано без смысла и правил, не может быть употреблено на дело с пользой, то покорнейшая просьба к Вашему Императорскому Величеству тому Данилке Шмакову отказать».
Император Павел I, знавший, как известно, пять европейских языков и своей начитанностью далеко превосходивший всех российских царей прошлого и будущего, собственноручно начертал на рапорте:
«Проверить надлежит, а что, тому следуют пункты:
1. Не имел ли означенный Данилка Шмаков каких сношений с Американскими Штатами, генерал которых по имени Джордж Вашингтон, по точным сведениям, интересант до подводных лодок.
2. По сведениям посла английского, противу флота английского употреблена была подводная лодка под названием «Черепаха» на веслах, которая произвела такой силы взрыв мины вблизи фрегата «Игл», что многие английские офицеры растеряли свои парики, нарушив тем все правила воинского устава.
3. Буде в тех пунктах Данилка Шмаков окажется без вины, то для острастки бить его плетьми и отправить под строгим надзором в Сибирь до той поры, пока не будет потребен».
Над Шмаковым тяготел какой-то морской рок. Уже в двадцатом веке, когда во время русско-японской войны с Балтийского завода были отправлены во Владивосток подводные лодки «Сом» и «Дельфин», в команде которых не было ни одного Шмакова, произошел памятный трагический случай, в котором все-таки был замешан некий Афанасий Шмаков, судя по всему, прадед Василия Шмакова, впоследствии получившего имя Нептуна Великого.
Лодка «Дельфин» выходила в Тихий океан на испытания и боевой поиск по бухтам, где могли оказаться японские боевые суда. Неисправность вертикальных рулей заставила ее капитана поставить лодку на ремонт, причем были вскрыты горловины кормовых бензиновых цистерн. Команда была вынуждена покинуть лодку из-за сильной густоты бензиновых паров, а для наблюдения за вентиляцией лодки были оставлены вахтенными матросы Сюткин и Хамченко. И нужно было так случиться, что к Хамченко в тот вечер пришел его друг с крейсера «Громобой» — Иван Шмаков. Остальное известно из рапорта капитана «Дельфина». Хамченко, поддавшись на уговоры своего приятеля Шмакова, спустился с ним вместе внутрь лодки для ее осмотра. По всей вероятности, взволнованный необычным устройством подводного корабля, которым он уже давно интересовался, Шмаков закурил папироску, в результате чего произошел взрыв паров бензина и лодка затонула на глубине семи саженей. Хамченко едва спасся, а Шмакова нашли, когда лодка была поднята и доставлена к ремонтному причалу военного порта Владивостока.