Прихильники ісламу оголосили роман Рушді віровідступницьким і блюзнірським. Власті Індії, Судану, Єгипту, Саудівської Аравії і багатьох інших мусульманських країн заборонили видавати книги людини, яка образила їхню віру.
14 лютого 1989 року духовний лідер Ірану аятола Хомейні видав релігійний едикт — фетву, в якій назвав вбивство Рушді богоугодною справою. За голову письменника різні радикальні ісламські організації призначали нагороди, їх величина доходила до 2,8 мільйонів доларів. Більше того, переслідуванням піддавалися всі, хто брався видавати або продавати роман. Від рук релігійних екстремістів загинув перекладач «Сатанинських віршів» на японську мову, були поранені італійський перекладач і норвезький видавець. В Англії були підірвані бомби біля магазину фірми «Penguin Books», де книга була виставлена на продаж. У березні 1989 року фетва привела до розриву дипломатичних відносин між Великобританією й Іраном.
Незважаючи на небезпеку, редактори і критики американського видання USA Today включили «Сатанинські вірші» у список із 25 книг, які найбільше вплинули на читачів і видавничий бізнес в останню чверть XX століття.
Загроза замаху змусила Рушді тривалий час переховуватись: він таємно переїздив з однієї конспіративної квартири на іншу, і його цілодобово охороняла поліція.
Пізніше Салман Рушді випустив ще низку романів: «Гарун і море історій» («Нагоип and the Sea of Stories», 1990), «Останнє зітхання мавра» («The Moor’s Last Sigh», 1995), «Земля під її ногами» («Ground Beneath Her Feet», 1999), «Лють» («Fury», 2001), «Клоун Шалімар» («Shalimar the Clown», 2005, номінація на Букерівську премію того ж року), «Недбалі господарі» («Careless Masters», 2007) і «Паралельвіль» («Parallelville», 2007), «Флорентійська чарівниця» («The Enchantress of Florence», 2008).
Рушді назвав серед письменників, які найбільше вплинули на його творчість, італійця Італо Кальвіно, американця Томаса Пінчона, а також Джеймса Джойса, Гюнтера Ґраса, Борхеса, Булгакова і Люїса Керрола.
У вересні 1998 року британський уряд відновив дипломатичні відносини з Іраном, розірвані раніше через фетву аятоли Хомейні. Незважаючи на те, що фетва залишалася в силі (аятола Хомейні помер, не відмінивши її), Рушді знову став з’являтися на публіці. Він навіть знявся в епізоді кінофільму «Щоденник Бриджіт Джоне» («Bridget Jones’s Diary», 2001), зігравши самого себе. Рушді зміг знову відвідувати і країни Сходу. Але візит у Делі все одно потребував від нього ретельного маскування.
7 серпня 2005 року в газеті The Washington Post була надрукована стаття Рушді «Час для реформування ісламу» («The Right Time for An Islamic Reformation»). У публікації письменник пропонував мусульманам ставитися до релігії з історичної точки зору, усвідомити, що вона заснована на легендах, а не на реальності. Він закликав до терпимості і неупередженості, які, на його думку, сприятимуть миру.
Чергову хвилю незадоволеності в Пакистані, Ірані та Індії викликало присудження Рушді лицарського титулу. 16 червня 2007 року з нагоди дня народження королеви Єлизавети II «за служіння літературі» Салман Рушді був посвячений у лицарі Британської Імперії. Відтепер письменник має іменуватися сером.
Офіційний представник іранського міністерства закордонних справ Мохаммад Алі Хоссейні назвав присудження лицарства Рушді ознакою ісламофобії серед високопоставлених британських чиновників. «Цей вчинок доводить, що порушення святинь ісламу зовсім не випадкове, а організовано і здійснено за підтримки і під керівництвом ряду західних держав».
В Ірані й Пакистані почалися безлади, пов’язані з нагородженням письменника: у пакистанському місті Мултан сотні чоловік спалили опудало британської королеви і Рушді, вимагаючи судити його за ісламськими законами. За голову Рушді знов було призначено винагороду. Тегеранське радикальне угруповання «Організація за увічнення мучеників мусульманського світу» запропонувала за вбивство Рушді 150 тисяч доларів.
Через два тижні після скандалу з приводу присудження Рушді титулу його четверта дружина Падма Лакшмі, актриса, модель і телеведуча індійського походження, подала на розлучення.
У липні 2008 року книга Рушді «Діти півночі» перемогла в читацькому конкурсі, влаштованому організаторами британської літературної премії Man Booker, на найкращий роман, який коли-небудь отримував «Букера». Твір Рушді вибрали близько 36 відсотків відвідувачів сайту премії, що взяли участь у голосуванні.