Все эпизоды романа могут быть разбиты на три основные группы, призванные иллюстрировать и внедрить в сознание читателя главные положения философии и мироощущения автора, среди которых первое место по своей силе и общественной значимости занимают мысли о несправедливом и жестоком социальном устройстве мира.
Мы видим нищету и бесправие крестьян, тупость, алчность и подлость германских феодалов, бессмысленную тиранию и жестокость французского абсолютизма, отвратительные интриги и преступления членов английской правящей династии, бесстыдное стяжательство и разврат в резиденции «…наместника бога на земле», папы римского Александра VI. Клингер делает Фауста свидетелем самых ужасных эпизодов истории феодального общества: жестоких кровопролитий, политических убийств, страшных пыток и надругательств над человеческими чувствами. На глазах Фауста гибнут французский принц и его возлюбленная, отравленные по приказу «христианнейшего» короля Людовика XI. Дьявол знакомит Фауста с методами, которыми пользовался этот монарх для осуществления своих замыслов: с тайными заговорами, с игрой на честолюбии придворных, с казнями без суда и следствия. На страницах, посвященных пребыванию во Франции, содержится описание того, как слуги короля тайно скупают младенцев у доведенных до отчаяния бедняков, чтобы король кровью малюток мог лечить свое изнуренное болезнью тело. Все дворы мира сходны между собой; повсюду знатные и богатые приобретают милости и получают награды за труды и заслуги малых и незаметных, — вот вывод, к которому приводят Фауста его наблюдения.
Страницы, на которых описывается жизнь крестьян, свидетельствуют о зрелости демократического, гуманистического мировоззрения писателя. Для того чтобы описать расправу графа с населением деревни, один из жителей которой убил оленя в графском лесу, для того чтобы написать историю Ганса Рупрехта, писателю XVIII века нужно было обладать большой смелостью и самостоятельностью. В «Фаусте» Клингер создает потрясающие по своей реалистической силе картины страданий немецкого народа.
Особое место занимает в романе эпизод с доктором Робертусом, поборником свободы. В его уста писатель вкладывает свои собственные мысли. В страстном рассказе Робертуса о том, как зрело в нем возмущение общественной несправедливостью, слышится негодование самого писателя, его страдания и порывы. Клингер формулирует здесь свое понимание свободы. И это Уже не штюрмерское, бунтарское требование свободы от каких бы то ни было ограничений, от каких бы то ни было обязанностей, — это Зрелое требование свободы от тирании и деспотизма. Здесь сатира уступает место высокому гражданскому пафосу.
Параллельно с разоблачением жестокой сущности феодализма в романе развертывается уничтожающая критика церкви. Традиция просветительского антиклерикализма, достигшая наивысшего развития во Франции, была присуща всей литературе Просвещения. Но ни у кого из немецких писателей-просветителей она не была выражена с такой силой, так последовательно и непримиримо, как у Клингера.
Антиклерикальные высказывания имеются уже в самом первом произведении Клингера, в его юношеской трагедии «Отто»; антиклерикализм сопутствует всему творчеству писателя, но в «Фаусте» нападки Клингера на церковь принимают особенно ожесточенный характер. Роман содержит множество эпизодов, обличающих корыстолюбие служителей церкви, лицемерие и ханжество монахов, разврат, царящий при дворе папы, и «коммерцию католицизма» — торговлю индульгенциями.
Клингер разоблачает корыстное вмешательство папы в политические дела Европы, вмешательство на стороне самых темных сил, приносящее народам кровопролитные войны и другие бедствия.