Три года провел Афанасий в маленьком прибалтийском городке, сплошь населенном немцами, и позже вспоминал это время только с радостным чувством. Но подростка угнетало его «изгнание» из родной семьи, отлучение от отчего дома, он чувствовал себя «собакой, потерявшей хозяина».
Из Верро в начале 1838 года Фет по решению отца был отвезен в Москву и определен для подготовки в Московский университет в частный пансион М. П. Погодина. Во флигеле доме историка Погодина на Девичьем поле Афанасий прожил полгода. В это время его часто можно было застать в кругу веселой компании в трактире на Зубовской площади или в обществе цыганки из хора, к которой испытывал любовное влечение.
Осенью 1838 года Фет поступил в университет, где учился сначала на юридическом факультете, потом на словесном отделении философского факультета.
О начале пребывания в Московском университете в книге «Ранние годы моей жизни» Фет говорит следующее: «Ни один из профессоров, за исключением декана Ив. Ив. Давыдова, читавшего эстетику, не умел ни на минуту привлечь моего внимания, и, посещая по временам лекции, я или дремал, поставивши кулак на кулак, или старался думать о другом, чтобы не слыхать тоску наводящей болтовни».
Любимым занятием вскоре стало сочинение стихов. Поселившись в семье Григорьевых в Замоскворечье на Малой Полянке, Фет нашел в сыне хозяина дома, университетском студенте и будущем литературном критике Аполлоне Григорьеве, ревностного поклонника своей поэзии. Тот первым подметил и духовный кризис молодого поэта: «Я не видел человека, которого бы так душила тоска, за которого бы я более боялся самоубийства… Я боялся за него, я проводил часто ночи у его постели, стараясь чем бы то ни было рассеять… страшное хаотическое брожение стихий его души».
Дружескому сближению молодых людей немало способствовала присущая им страсть к искусству во всех его проявлениях. На литературные беседы к Фету и Григорьеву собирались любители словесности из университетского студенчества: С.M Соловьев, Я. П. Полонский, К. Д. Кавелин, князь В. А. Черкасский, Н. К. Калайдович… Они стали первыми слушателями поэзии Фета. С их одобрения он стал часто печататься в журналах «Москвитянин» и «Отечественные записки». Талант его был замечен Белинским. Ободренный похвалами друзей, молодой поэт в 1840 году издал под инициалами «А. Ф.» первый сборник своих стихотворений «Лирический пантеон». В него вошли баллады, элегии, идиллии и эпитафии, в которых отразились его увлечения Гете, Шиллером, Пушкиным, Жуковским и модным в то время поэтом Бенедиктовым.
Зная в совершенстве немецкий язык, на третьем курсе университета Фет начал переводить поэму Гете «Герман и Доротея», стихотворения Гейне, Шиллера. Продолжал сочинять и публиковать в журналах свои оригинальные стихи. В 1843 году некоторые из них были напечатаны в популярной «Хрестоматии» А. Д. Галахова.
В 1844 году Фет завершил учебу в университете. В этот году он стал еще более одинок после кончины матери и горячо любимого дяди Петра Шеншина. Надо было научиться жить самостоятельно.
По давнему своему стремлению к военной службе (военной службой он хотел вернуть себе дворянство), Фет 21 апреля 1845 года поступил унтер-офицером в кирасирский полк (штаб его находился в Новогеоргиевске Херсонской губернии), в котором 14 августа 1846 года произведен в корнеты, а 6 декабря 1851 года — в штабс-ротмистры.
Оторванный от российских культурных центров, Фет почти полностью перестал печататься в журналах. Поэтический сборник, разрешенный цензурой в 1847 году, ему удалось напечатать лишь три года спустя. Выход в 1850 году «Стихотворений А. Фета» стал ярким событием отечественной словесности. Автор продекламировал о своем радостном приходе в русскую литературу: