Меж тем Иоанну пришла пора жениться. Для него находят невесту — первую красавицу двора Прасковью Федоровну Салтыкову. Однако у царя Ивана и Прасковьи рождались только девочки.
Наталья Кирилловна спешно ищет невесту и для Петра. Ею стала Евдокия Федоровна Лопухина. Свадьбу сыграли в феврале 1689 года. Вскоре молодая царица забеременела.
Теперь, когда оба царя женаты, у Софьи формально нет причин оставаться их опекуншей. Шакловитый от ее имени пытается уговорить стрельцов просить Софью на царство, но те не поддерживают эту затею.
Позже Петр будет утверждать, что Софья и Шакловитый сговаривались, чтобы убить его. Но даже если такие разговоры и велись, то никаких практических действий не предпринималось.
Ясно одно, что царевна и новый глава Стрелецкого приказа теперь очень близки. Позже князь Борис Иванович Куракин, крестник царя Федора Алексеевича, будет утверждать, что они стали любовниками. В своей «Гиштории о царе Петре Алексеевиче» он пишет: «Надо ж и о том упомянуть, что в отбытие князя Василия Голицына с полками на Крым, Федор Шакловитый весьма в амуре при царевне Софье профитовал, и уже в тех плезирах ночных был в большой конфиденции при ней, нежели князь Голицын, хотя и не так явно. И предусматривали все, что ежели бы правление царевны Софьи еще продолжалось, конечно же, князю Голицыну было бы от нее падение, или б содержан был для фигуры за первого правителя, но в самой силе и делах был бы помянутый Шакловитый». Но Куракин — верный сподвижник Петра, и можно ли верить ему?
А Петр больше не хочет ждать, он готов действовать.
Прежде царь Петр появлялся на торжественных царских выходах лишь изредка и лишь в самых торжественных случаях. Теперь же, 8 июля 1689 года, на Крестном ходе из Кремля в Казанский собор в память освобождения Москвы от поляков и в честь торжественного возвращения из второго крымского похода князя Голицына, царь Петр решил дать сестре бой. В Успенском соборе цари и царевна приложились к иконам и святым мощам при пении многолетия, после чего должно было идти за иконами и крестами в церковь к Казанской.
Тут Петр прилюдно заявил сестре, что она не должна принимать участия в процессии, когда же Софья не пожелала его слушать, разгневанный Петр уехал в Коломенское. А царевна с братом Иваном торжественно вышла с крестами из собора.
Подобный «демарш» Петра оскорбил и напугал Софью, она снова обратилась к стрельцам, но те выказали мало воодушевления. В их глазах Петр уже совершеннолетний полноправный царь, а кроме того, они не простили Софье понижения их статуса до «надворной пехоты».
Царевна продолжала свои выходы. Она отпраздновала встречу Голицына и его войска так, как это подобало одному царю, после молебна угощала воевод «фряжскими винами», а «ратных людей» — водкой.
Меж тем Петр переезжает из Коломенского в Преображенское и празднует там именины жены, лишний раз подчеркивая свой статус мужа и отца. В полночь 8 августа он неожиданно срывается с места и скачет в Троице-Сергиев монастырь, бросив жену, надеясь, что Софья не станет ее губить. До него дошли известия, что в ночь Софья собрала в Кремле под ружьем до 700 стрельцов. Теперь она просит у них защиты не от Петра, а от его ближайших друзей: Бориса Голицына (кравчего у Петра) и Льва Нарышкина. Они-де спаивают Петра и настраивают его против сестры и брата и к тому же злоумышляют против Василия Голицына. В то же время по московскому дворцу расходятся слухи, что в эту ночь придут из Преображенского потешные конюхи и побьют царя Ивана и всех его сестер. Царевна молится у гробов своих родителей, желая напомнить своим сторонникам о том, что она принадлежит к старшей ветви царской семьи. 11 августа вечером она торжественно, в сопровождении боярства и дворянства, проводит из дворца в Донской монастырь чудотворную икону Донской Богоматери, которая сопутствовала полкам в крымском походе, слушает там всенощную, а на следующий день снова идет туда к ранней обедне. Такое количество визитов в храмы и молебнов может поразить современного читателя. Создается впечатление, что брат и сестра соревновались в том, «кто кого перемолит». Но в ту эпоху, когда церковь была главным орудием легитимизации власти, участие в «статусных» церковных службах было важно, особенно для царевны, чья легитимность таяла на глазах. Такая «позиционная война» продолжалась до конца августа.